Результатом стало крупнейшее кавалерийское сражение Гражданской войны, произошедшее 9 июня у станции Брэнди, где Стюарт собрал свой кавалерийский корпус для смотра Ли. Трудно предположить, кто из двух генералов был больше удивлен: Плезантон, обнаруживший, что наткнулся на 9 500 конфедератов, или Стюарт, узнавший, что его атакуют 11 000 федеральных кавалеристов. К 1863 году кавалерия в любом случае чаще сражалась в пешем строю в роли "конной пехоты", чем в конном строю, но при Брэнди-Стейшн был целый день старомодных конных атак и контр-атак, которые велись в основном с помощью сабель (хотя пехота и легкая "конная артиллерия" тоже участвовали). Встревоженный возможностью того, что федеральная кавалерия может прорваться и достичь Калпепера, где расположились две трети его армии, Ли приказал пехотной бригаде выступить вперед, чтобы поддержать всадников Стюарта, и прибыл к месту сражения как раз вовремя, чтобы увидеть, как его второго сына, Руни, * уносят с поля боя с тяжелой раной в ногу. В конце концов, люди Стюарта нанесли почти вдвое больше потерь, чем получили, но это была не совсем чистая победа Стюарта, и, возможно, это оставило у него неприятные ощущения и привело к печальным последствиям. Что касается Плезантона, то его людям удалось переправиться через Раппаханнок, не дойдя до Калпепера, расположенного всего в шести с половиной милях, где расположились целых два корпуса пехоты Ли, оставив после себя более 900 убитых, раненых и пропавших без вести, а также три орудия - не совсем триумф разведки.
В любом случае подозрения Хукера уже были возбуждены. Он догадывался, что Ли куда-то перебрасывает свою армию - Ли, в конце концов, не был человеком, который стал бы тратить весь летний сезон кампании на охрану Фредериксбурга; он был апостолом наступления, - и видел в этом движении Ли возможность. Если все разведданные Хукера и его собственная интуиция были верны, Ли должен был двигаться на запад в долину Шенандоа, затем на север через Потомак, прикрытый Голубыми горами, оставляя Ричмонд незащищенным. Если Хукер быстро двинет свою армию на юг через Раппаханнок, он сможет не только отрезать Ли от коммуникаций к столице, но и "двинуться прямо" на Ричмонд. Это был смелый план, и он мог бы даже сработать - чем дальше Ли отодвигал свою армию, тем выше были шансы Хукера достичь Ричмонда. Но, как оказалось, этот план был слишком смелым для Линкольна и Хэллека, которые хотели, чтобы Хукер прикрывал Вашингтон своей армией. Хукер не очень хорошо воспринял их вмешательство и не скрывал своего недовольства.
Только 12 июня Хукер окончательно убедился, что Ли перебрасывает армию Северной Вирджинии в долину Шенандоа, и начал продвигать свою армию к Манассас-Джанкшен, намереваясь перебросить ее в Мэриленд, переправившись через Потомак у Конрадс-Ферри и Эдвардс-Ферри. Ему могло показаться, что Ли повторяет свое наступление на Шарпсбург, на этот раз с юга, а не с востока: один за другим Ли брал форпосты федералов, продвигаясь по долине: сначала Берривилль, потом Винчестер, потом Мартинсбург, пока оставшиеся федеральные войска не покинули долину, не отошли от Харперс-Ферри и не сосредоточились на Мэриленд-Хайтс, на северном берегу Потомака, оставив в руках конфедератов 4000 пленных, "вместе с 29 артиллерийскими орудиями, 300 лошадьми, 270 повозками и большим количеством всевозможных припасов"." Конечно, для армии, испытывавшей недостаток во всех видах снабжения, это были значительные успехи, но стоит отметить, что Ли не мог остановить или дать отдых своей армии - как только она начинала двигаться, она прожорливо пожирала продовольствие и фураж по обе стороны от себя. Ли гордился тем, что не допускал грабежей со стороны своих войск, и часто издавал приказы, запрещающие это и обещающие быстрое и строгое наказание для тех, кто ослушался, хотя это не всегда могло помешать полуголодным солдатам захватывать все продукты, которые они могли найти на линии марша. Более того, приказы Ли предписывали начальникам "комиссарского, квартирмейстерского, орденского и медицинского отделов" "запрашивать припасы для своих отделов" у "местных властей или жителей" и платить "справедливую рыночную цену" за взятое в долларах Конфедерации или ваучерах, оплачиваемых правительством Конфедерации. Эти доллары с большой неохотой принимались людьми к югу от Потомака и ничего не стоили для людей к северу от него. Хотя Ли и не хотел признавать этого, он "жил за счет страны", как это делали армии с начала времен, но необходимость постоянно перемещать свою армию, чтобы прокормить ее, приведет к серьезным последствиям в ближайшие недели.