Еще до этого Ли, должно быть, впервые почувствовал, что что-то пошло не так. Около четырех часов дня он послал молодого лейтенанта Томаса У. Сиднора, хорошо знавшего местность, предупредить А. П. Хилла, чьи люди уже находились в Механиксвилле, чтобы тот "приостановил все движения до дальнейших распоряжений". Когда федералы отступили от Механиксвилла, на сломанный мост через Чикахомини перед Ли было спешно переброшено несколько досок, и первая из бригад Д. Х. Хилла переправилась через реку. Одно дело, когда пехота переправляется через реку по доскам, другое - артиллерия, и для этой цели не были предусмотрены пионеры - несомненно, ошибка в планировании, поэтому Ли поехал вниз, чтобы взять все на себя, пока президент и его свита переправляются через реку перед ним. Уже после пяти часов вечера Ли добрался до Механиксвилля и обнаружил, что А. П. Хилл "проигнорировал приказ и... двинулся в путь под свою ответственность", фактически начав сражение еще до того, как получил представление о том, где и как далеко может находиться Джексон. К этому времени битва фактически вышла из-под контроля Ли. Большая часть дивизии А. П. Хилла была прижата к ручью Бивер-Дам и несла большие потери; дивизии Д. Х. Хилла и Лонгстрита переправлялись через реку и формировались за его спиной. Наконец появилась бригада генерала Бранча, но Джексона все еще не было видно.
Внимание Ли было на мгновение отвлечено присутствием президента Дэвиса и его свиты, которые теперь находились под сильным артиллерийским огнем и были окружены ранеными, мертвыми или умирающими людьми и лошадьми. Вежливо, но твердо он оттолкнул Дэвиса, сказав: "Господин президент, кто вся эта армия и что она здесь делает?" Он жестом указал на членов кабинета и политиков. Дэвис, явно смутившись, отказался понимать, почему его сопровождало так много гражданских лиц. "Это не моя армия, генерал", - сказал он. Ли сурово сказал ему, что здесь "не место для этого", и Дэвис, несомненно, впечатленный "фригидным" тоном Ли, добавил: "Что ж, генерал, если я уйду, возможно, они последуют за мной", - и поскакал вниз с холма, пока не скрылся из виду Ли, хотя и оставался на поле боя. Можно понять, что Ли хотел получить время для изучения своего затруднительного положения, не будучи окруженным галереей гражданских зрителей. Солнце начинало садиться; он уже знал из опыта А. П. Хилла, что прямая лобовая атака на линию Портера почти наверняка обернется кровавым провалом; и его беспокоило, что Макклеллан, поняв, что атака конфедератов к северу от Чикахомини провалилась, может использовать эту возможность для атаки на Ричмонд - именно того результата, которого опасался Дэвис.
Ли действовал с той решительностью, которая всегда была присуща его командованию. Он продиктовал генералу Хьюджеру приказ о том, что траншеи вокруг Ричмонда должны удерживаться, по словам Фримена, "на острие штыка, если понадобится" - старомодный эвфемизм, означающий "до последнего человека"; и, понимая, что Портера можно отбросить назад, только развернув его правый фланг, приказал двум бригадам - бригадного генерала Уильяма Дорси Пендера и бригадного генерала Розуэлла С. Рипли - попытаться сделать это, пока еще достаточно светло. Успешное разворотное движение с последующей лобовой атакой могло бы спасти положение, но этого не произошло. Бригады Пендера и Рипли понесли тяжелые потери и не смогли обойти Портера слева; первый день сражения закончился кровавой, но бесполезной артиллерийской дуэлью, которая продолжалась до самой ночи.
К счастью для Ли, генерал Макклеллан, прибывший к Портеру в конце дня, не отдал приказ атаковать Ричмонд и не усилил Портера. Вместо этого Макклеллан привел в движение именно то, чего добивался Ли, - приказал Портеру оставить рубежи, которые он так успешно защищал вдоль Бивер-Дам-Крик, и отступить на "более защищенную позицию" у Гейнс Милл. Макклеллан также отдал приказ начать переброску содержимого своих баз снабжения на кораблях из Уайтхауса и Вест-Пойнта к реке Джеймс, тем самым отказавшись от линий снабжения к северу от Чикахомини, которые Ли намеревался перерезать.