Портер был слишком занят, окопавшись за Паухайт-Крик слева и за Болотом Ботсвейна впереди, чтобы обращать внимание на то, что происходит с остальными четырьмя корпусами Макклеллана, которые находились в пяти милях от него и на южном берегу реки; но шарада Магрудера произвела значительное впечатление на Макклеллана, который убедил себя, что у Ли 100 000 человек в Ричмонде и вокруг него и что он сам "превосходит числом... всех". Он уже отправил своих инженеров "навести мост через болото Уайт-Оук" - самый прямой путь для отступления его армии на юг к реке Джеймс.
К 9 часам утра Ли имел четыре колонны, двигавшиеся на восток по отдельным дорогам в направлении Нью-Колд-Харбора и Гейнс Милл, чтобы вступить в бой с Портером. Проблема неадекватных карт продолжала мучить Ли, который все еще работал с большой картой, нарисованной от руки, которая была почти лишена топографических деталей и не показывала Болото Боцмана, значительное естественное препятствие прямо на пути Джексона и Д. Х. Хилла.
Сам Ли проследовал за дивизией Лонгстрита к дому Уильяма Гейнса, чья мельница дала название предстоящему сражению, и из персикового сада которого вела огонь федеральная батарея. Там он узнал, что Джексон и А. П. Хилл наконец-то вступили в бой, а голова колонны Джексона достигла церкви Уолнат-Гроув, расположенной примерно в трех милях к северо-западу от дома Гейнса. Ли немедленно поскакал туда и застал Джексона и А. П. Хилла беседующими друг с другом. Хилл тактично удалился, Ли и Джексон разделись, и Ли уселся на пень, а Джексон стоял, имея, по словам его последнего биографа, "убогий вид фермера, который весь день пахал". К сожалению, ни один из них не рассказал о своем разговоре - трудно представить, что даже такой тактичный человек, как Ли, не упомянул бы хотя бы о том, что Джексону не удалось вывести 18 500 человек на поле боя накануне, - но доверие Ли к Джексону не пошатнулось. Они проговорили около часа, пока Ли объяснял свой план на следующий день, подтвердил, что Д. Х. Хилл продолжит поддерживать Джексона, и призвал Джексона поспешить к Колд-Харбору.
Концепция сражения Ли вновь оказалась неполноценной из-за несовершенства его карты. Он предполагал, что Портер, отведя свои силы от Бивер-Дам-Крик, займет аналогичную позицию, двигаясь с севера на юг, вдоль Поухайт-Крик, где возвышенность обеспечивала естественную оборонительную позицию. На прощание Ли приказал Джексону развернуть федеральную линию вдоль Поухайт-Крик - короче говоря, повторить то, что должно было быть его задачей в предыдущий день.
К тому времени, когда Джексон возвращался, чтобы предупредить Д. Х. Хилла, Ли уже знал, что Паухайт-Крик практически не обороняется, и что Макклеллан вместо этого приказал Портеру занять позицию на севере, а не на западе, примерно в миле от Паухайт-Крика, на холме, подход к которому был затруднен болотистым течением вялого ручья Боутсвейна, не обозначенного ни на одной из карт Конфедерации. Язвительный генерал Конфедерации Ричард Тейлор жаловался: "Мы много молились в различных штабах и очень надеялись на особое провидение; но ни облачный, ни огненный столп не помог нам в нашем неведении". Это был не слишком тонкий намек на его командира Стоунволла Джексона. Позднее Тейлор описал новую линию Портера с точностью человека, который воевал на ней: "Макклеллан выбрал отличную позицию, прикрывая свои военные мосты через Чикахомини. Его левый фланг, упирающийся в реку, и центр были прикрыты небольшим ручьем, одним из ее притоков, болотистым и труднопроходимым. Его правая сторона находилась на возвышенности, недалеко от Колд-Харбора, в густых зарослях соснового кустарника, где была сосредоточена артиллерия. Эта позиция, протяженностью в три мили и окруженная спереди тяжелыми орудиями на южной стороне Чикахомини, удерживалась тремя линиями пехоты, расположенными одна над другой на возвышенности, которую венчали многочисленные батареи, скрытые лесом". Эту естественно сильную позицию удерживали около 40 000 человек, и у Портера было достаточно времени, чтобы вырыть неглубокие траншеи и стрелковые ямы, а также возвести абатисы - срубленные деревья и ветви с заостренными концами, направленными в сторону противника, что делало ее еще более грозной.
Более того, в данный момент Джексону и Д. Х. Хиллу пришлось бы пройти по меньшей мере на пять-шесть миль дальше, чем они рассчитывали, чтобы достичь правого фланга Портера; задача усложнялась тем, что, хотя все на стороне Конфедерации ссылались на "Колд-Харбор", на самом деле это были два крошечных поселка - Старый Колд-Харбор и Новый Колд-Харбор, разделенные почти полутора милями, и к ним вели разные дороги. По плану Ли, Джексон и Д. Х. Хилл должны были развернуть правый фланг противника, а А. П. Хилл, поддержанный Лонгстритом, как только тот подойдет, должен был атаковать фронт Портера и отбросить противника "в самое устье артиллерии Джексона".