Осенью 1898 г. из Петербурга для «Александра II» (в Судскую бухту) на одном из пароходов доставили 400 трубок для вспомогательного и 1500 для основного холодильника с тем, чтобы при ближайшей постановке в док их установить. Сам броненосец начал готовиться к своему второму средиземноморскому докованию, которое планировали провести в итальянском порту Пола.
По пути следования в Полу броненосец 12 ноября попал в сильный 9-балльный шторм и, пройдя через него без повреждений, утром следующего дня бросил якорь на красивейшем рейде. 19 ноября «Александра II» ввели в док За время трехнедельной стоянки в доке очистили подводную часть корпуса и покрыли его суриком или, как указывалось в рапорте командира, «особым составом красного цвета». Несмотря на то, что механизмы находились в хорошем состоянии, командование и механики хорошо осознавали, что максимум через год-полтора их придется полностью перебрать и серьезно ремонтировать, и выполнить это будет возможно только дома — в Кронштадте. Однотипные котлы, построенные Балтийским заводом для «Александра II» и «Памяти Азова», уже дослуживали свой предельный десятилетний срок.
24 декабря броненосец ушел на ходовые испытания. Выход прошел успешно. Очистка днища дала свои положительные результаты: «Александр II» всего при 64 оборотах винта легко достиг 11,75-узловой скорости. 26 декабря контр-адмирал Н. И. Скрыдлов убыл со своим штабом с броненосца и перенес флаг на «ветерана» — броненосный фрегат «Герцог Эдинбургский» и в тот же день ушел на нем в Неаполь. С отъездом адмирала напряженность плаваний для «Александра II» ничуть не уменьшилась. В этот же день он вышел из Пола в Наваринскую бухту.
Однообразное течение корабельной жизни нарушилось в начале января следующего 1899 г. На «Александр II» прибыл представитель родственной российской монархии наследник греческого престола королевич Георгий. С ним броненосец совершил переход в Ретимо. Чуть позднее, уже с «особой», представлявшей русскую монархию, великим князем Михаилом Николаевичем, отдыхавшим в Италии, посетил порт Бриндизи, а затем и Полу.
И все же кажущиеся на первый взгляд несложными переходы в теплых и почти всегда тихих средиземноморских водах на самом деле для моряков, и в первую очередь для машинной команды, оборачивались тяжелыми испытаниями. Лишь якорные стоянки позволяли не задействованным на вахтах увидеть ту неописуемую красоту побережья Греции или Италии, с неизгладимыми впечатлениями о которой каждый матрос вернется на Родину.
В начале 20-го столетия произошло заметное изменение обстановки во всем мире. Появляются четко выраженные блоковые политические союзы ведущих стран. Основная тяжесть в российской политике с Средиземного моря переместилась на Дальний Восток Только подобострастная, подобранная исключительно по «удобству» общения с императором, правящая верхушка Российской империи не могла тогда и подозревать, что «несколько» охладившиеся отношения с Японией через несколько лет обернутся войной. Все деяния Мор- ского ведомства ограничились лишь посылкой из Средиземного моря на Дальний Восток новейших кораблей. Их же база — Порт-Артур строилась медленно и не могла технически обеспечить корабли. В середине 1900 г. находившиеся в Средиземном море броненосцы «Полтава» и «Севастополь» отправили в Порт- Артур, что заметно ослабило эскадру. Из-за этого «Александру II», с изношенными механизмами и заметно уступавшему новым кораблям, возвращение домой, о котором уже давно поговаривали в ГМШ отменили. Стоявший на ремонте в Кронштадте «Николай I» еще не был готов. И только ему после ухода на Дальний Восток многих кораблей предстояло заменить «уставшего» в четырехлетнем плавании «Александра II».
В сентябре броненосец в третий раз совершил плавание с королевичем Георгием. Затем с канлодкой «Запорожец» и минным крейсером «Абрек» произвел артиллерийские и минные стрельбы. 18 января 1901 г. «Александр II», стоя в Пирее, провожал идущие на Дальний Восток крейсер «Громобой» и миноносцы «Касатка», «Скат», «Сом», «Кит» и «Дельфин». В апреле командир корабля наконец-то получил приказ готовить броненосец к возвращению в Россию. «Александр II» покинул «греческие воды» и взял курс на испанский порт Барселона, a затем и в Гавр, где ему предписали пройти третье докование. 4 июля броненосец с очищенным днищем вышел из дока, a за день до этого командующий эскадрой контр-адмирал A. А. Бирилев перенес свой флаг с «Александра II» на канонерскую лодку «Храбрый», которая ушла к греческим берегам. Путь броненосца теперь лежал в Копенгаген, a оттуда в Кронштадт.