28 мая капитан 1 ранга К. П. Никонов и консул Сакс совершили визит к губернатору острова генералу Фримантлу. Бесперебойно продолжавшуюся выгрузку боезапаса окончили 1 июня. Но для экипажа это не означало наступление отдыха. Работ еще предстояло очень много. Боезапас же отправили к береговым складам, где его уже будут выгружать портовые рабочие, труд которых, правда, будет оплачен русским консульством. Англичане выдвинули подобные условия для того, чтобы обеспечить работой своих простаивающих рабочих, a главное — с целью не допускать ни под каким предлогом наших моряков в свои артиллерийские арсеналы. По той же причине весьма логичным был и отказ от хранения в арсеналах мин Уайтхеда и сфероконических мин заграждения. Поэтому мины, более взрывоопасные при хранении, чем снаряды, с корабля не выгрузили, и они оставались на борту на весь период докования. Произошло это потому, что сложные и дорогие мины могли храниться на берегу только под охраной специальных вахт с броненосца, присутствие которых в своих арсеналах англичане считали недопустимым.
Согласовав все свои действия, утром 2 июня командир корабля с помощью двух буксиров ввел «Александра II» в док Сомерсет. Сразу же докеры, искусно работая, выровняли диаметральную плоскость броненосца с осью дока, a носовые и кормовые очертания стали строго против своих отметок, из него начали откачивать воду. По мере ее «опускания» по бортам «Александра II» ставили специальные упоры, a само днище обливалось из шлангов и спешно соскабливалось скребками. При доковании любого корабля эта работа считалась авральной, и в ней участвовал весь свободный от вахт экипаж. Быстро работая скребками, моряки счищали еще не ставшие каменными траву и ракушки, покрывшие ровным 5 -6-см ковром все днище. К вечеру док осушили, a подводную часть очистили.
Осмотр днища показал, что фальшкиль совершенно изъеден червем-древоточцем, весьма распространенным в теплых водах, и во многих местах продавился киль-блоками и оказался даже «провисшим и измочаленным». К исправлению фальшкиля приступили английские рабочие. Ежедневно их ра- ботало с утра до позднего вечера до 50 человек.
Тем не менее докование затянулось, и только 21 июня «Александр II» вновь «увидел» воду. 24 июня его уже встречали в Суде. Здесь на его борт прибыл командующий эскадрой в Средиземном море контр-адмирал П. П. Андреев, и его флаг взвился на гафеле. Плавание между греческими портами или, как тогда говорили моряки, «плавание в греческих водах» возобновилось. 14 июля в Суде «Александр II» встретился с «Николаем I», a спустя неделю с минным отрядом посетил порт Ретимо, где для учений собралась вся эскадра. Утром 9 сентября, будучи флагманом, «Александр II» повел за собой «Николая I», «Наварин», «Грозящий» и весь минный отряд на учения. Так оставшуюся часть 1897 г. броненосец провел в непродолжительных переходах из порта в порт, учениях и стрельбах.
В декабре к отряду присоединились крейсера «Россия», «Владимир Мономах». В начале 1898 г. по- явилась острая необходимость усиления эскадры Тихого океана, базировавшейся на Порт-Артур, и отремонтированный в Гавре «Сисой Великий», a также и «Наварин» ушли на Дальний Восток. В конце марта «Николай I», находившийся в дальнем плавании с мая 1893 г. и побывавший за это время на Дальнем Востоке, с изрядно изношенными механизмами отправили в Кронштадт для ремонта и замены котлов. В Средиземном море остался лишь один «Александр II», который вместе с «Грозящим», «Уральцем» и «Посадником» продолжал участвовать в затянувшейся осаде Крита. Только в конце сентября к ним присоединился крейсер «Герцог Эдинбургский». Его вместо дальнего похода по Атлантике с учениками машинных школ направили в Средиземное море.
В течение плаваний в машине приходилось производить обычные для механиков работы: исправлять топочные двери, кое-где менять дымогарные трубки. В целом машины, несмотря на длительную их работу, находились в удовлетворительном состоянии, и происшедшая 2 июня 1898 г. катастрофа стала все же явлением более случайным, чем закономерным. В левом бортовом коридоре у угольных ям произошел взрыв, в результате которого пострадало восемь кочегаров. Двоих из них спасти не удалось. Через несколько дней они умерли в лазарете.
При выявлении причин взрыва оказалось, что он произошел от возгорания скопившихся углеродистых газов, проникших в коридор из соседней ямы. Ничего не подозревавшие кочегары знали как следовало обращаться с огнем в самой яме, но, потеряв бдительность, зажгли в темном смежном помещении свечу, что и вызвало сильный взрыв. Этот случай еще раз подтвердил, насколько взрывоопасны бесчисленные трюмные отсеки большого корабля.
Однако, несмотря на утраты, плавание «Александра II» продолжалось. 28 октября на борт броненосца, стоявшего в Судской бухте, поднялся новый командующий эскадрой контр-адмирал Н. И. Скрыдлов — ветеран средиземноморского отряда.