Иоаким покинул Москву, нагруженный многочисленными дарами, и дело заглохло. Никто из четырёх Патриархов — Константинопольский, Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский — не горел желанием обрести нового, себе равного Предстоятеля. Однако положение на Востоке было столь сложным, если не сказать, трагическим, что выживать в мире исламской антихристианской ненависти без помощи внешнего «питателя» всего Православия — Руси — было практически невозможно.
Россия оставалась единственным православным государством на земле, единственным Государством-Церковью, где церковные законы и каноны являлись государственными законами и где никогда не забывали о бедственном положение своих братьев во Христе в дальних странах. Потому здесь постоянно проявлялись разного звания просители с Востока, собиравшие «милостыню» и никогда не уезжавшие с пустыми руками. «Хотели» ли представители церковной иерархии восточных патриархатов или «не хотели» давать согласие на учреждение Московского патриархата, но получать помощь со стороны Руси и «не уважить» молитвенную просьбу её правителя они просто не могли.
Летом 1588 года в Москву «за пособием» прибыл Вселенский Константинопольский Патриарх Иеремия II (1530–1595, Патриарх с 1572 года). Патриарх оставался в Москве более гoдa.^^ В первые месяцы после прибытия тема Московского патриархата была одной из главных в переговорах, которые вёл со Святейшим Борис Годунов. Ход этих переговоров в подробностях неизвестен, но результат был положительным.
Первоначально Царь и его советники приглашали на Патриаршество Константинопольского Патриарха, так как Вселенский Патриарх должен пребывать там, где находится «единый во вселенной » Православный Царь. Участник этих событий, входивший в свиту Патриарха Иеремии, Арсений Елассонский^* — греческий епископ, ставший позже русским архиепископом, — свидетельствовал: «Чрез несколько дней царь послал великого боярина своего, родного брата благочестивейший Царицы и Великой княгини госпожи Ирины, господина Бориса Годунова и великого государственного логофета господина Андрея Щелкалова к великому Патриарху. Явились они к нему с просьбою от имени Царя и всего его собора и великого Митрополита московского господина Иова, чтобы он остался в великой Москве, дабы именоваться Патриархом Московским и всей России и быть любящим отцом для царя и царицы. Весьма тронутый их приятными словами. Патриарх решился исполнить волю Царя, если бы ему не воспрепятствовали Монемвасийский^^ митрополит кир Иерофей, племянник Патриарха господин Димитрий, первый канонарх^^, Георгий логофет и Николай Аристотель из Афин, и, таким образом, они возвратились к Царю с великою печалью ».^
Только после того как Иеремия отклонил столь неожиданное и любезное приглашение, сославшись на то, что его клирики подобного не одобрят, только тогда и возникла мысль о поставлении русского патриарха. Как писал Арсений Елассонский: «После немногих дней послал их Царь к Патриарху с просьбою к нему возвести великого митрополита Москвы кир Иова в патриаршее звание, достоинство и на кафедру. Патриарх, выслушавши, таким образом, с радостию принял просьбу Царя и решился исполнить её».
17 января 1589 года в Москве открылся Освященный собор, который позже именовали «Собором Великого росийского (с одной буквой «с». —
23 января прошло общее собрание уже в присутствии и греческой иерархии во главе с Иеремией. Совместными собеседованиями русские и греки избрали трёх кандидатов: Митрополита Московского Иова, архиепископа Новгородского Александра и архиепископа Ростовского Варлаама. Вся каноническая процедура поставления в патриархи соблюдалась неукоснительно.
Иеремия отправился с грамотой об избрании претендентов к Царю Фёдору Иоанновичу, которой его встретил в парадном зале Царского терема, окруженный боярами. Грамота была зачитана вслух, и из числа избранных Царь назвал имя Митрополита Иова. Такова ранее была процедура и в Империи Константина, которая потом соблюдалась и в Московском царстве. Узнав о своём избрании, Иов сказал: «Если меня, грешного, избрал святый Самодержец и Вселенский господин Иеремия со всем Освященным собором, я принимаю столь великий сан с благодарностью »^^ 26 января 1589 года в Успенском соборе Кремля состоялось «поставление Иова в Патриархи», или интронизация.