24 декабря 1815 года император Александр назначил графа Аракчеева своим докладчиком по делам Комитета министров. Должность председателя в этом органе занимал тогда престарелый, часто болевший генерал-фельдмаршал князь Н. И. Салтыков, и назначение аккуратного, исполнительного в службе Аракчеева «для доклада и надзора за комитетом» было воспринято как вынужденная мера: считалось, что император решил дать престарелому князю деятельного помощника. Но спустя пять месяцев — 16 мая 1816 года — Н. И. Салтыков умер. На его место был определен 25 мая князь П. В. Лопухин, заместителем — граф В. П. Кочубей. Казалось, Аракчеев перестанет теперь быть докладчиком по делам Комитета, но нет — граф, бывший рядовым его членом, остался в этой роли и при вполне работоспособном Лопухине, занимавшем до этого пост председателя в департаменте законов.
По правилу, установленному изданным 20 марта 1812 года «Учреждением Комитета министров», председатель Комитета являлся одновременно и председателем Государственного Совета. Аракчеев соответственно стал докладывать и по делам Госсовета, то есть отныне все дела двух важнейших в системе управления Российской империей учреждений проходили через его руки.
Во время войны Государственный Совет утратил, правда, прежнее свое значение, которое получил с момента своего учреждения, но в 1816 году император предпринял некоторые меры для его восстановления. Именным, данным Государственному Совету указом «Об отмене установленного на время Высочайшего отсутствия порядка в заседаниях и в производстве дел Государственного Совета и о приведении онаго в первобытное его состояние» Александр вновь сделал это учреждение высшим совещательным органом при своей персоне.
Четвертым пунктом данного указа генерал от артиллерии граф Аракчеев утверждался в должности председателя военного департамента Государственного Совета. Кроме того, Аракчеев оставался на посту управляющего Собственной Его Императорского Величества канцелярией, который он занимал с 17 июня 1812 года. В его руках оказались, таким образом, практически все сколь-нибудь важные государственные дела: подготовка законопроектов и их исполнение, надзор за деятельностью органов центрального и местного управления, назначения на должности и увольнения, награждения и пенсии. Через посредство Комитета министров Аракчеев мог добиться изменения и даже отмены любого решения Государственного Совета. По фактическому положению в механизме управления империей граф стал выше самого председателя Комитета министров и Государственного Совета.
Представляя государю доклады по тем или иным делам Комитета, Алексей Андреевич часто писал на полях карандашом свое мнение о том, как решать какой-либо вопрос, и Александр в подавляющем большинстве случаев принимал именно его мнение.
Так, в 1821 году Комитет министров по инициативе своего председателя князя Лопухина предложил обер-секретаря Сената Куроедова на должность председателя Казанской палаты Уголовного суда. Император, однако, не спешил утверждать данное предложение. Тогда министр юстиции граф А. У. Болотников вторично внес в Комитет министров вопрос о назначении Куроедова председателем судебной палаты в Казань, объясняя свою настойчивость тем, что множество уголовных дел остается длительное время без разрешения и обвиняемые терпят лишние страдания. Комитет, рассмотрев предложение министра юстиции, постановил довести указанное им обстоятельство до сведения государя императора. Аракчеев приписал под текстом постановления: «О Куроедове сделаны справки: об нем отзываются, что он такой же обер-секретарь, как и прочие; у князя Лопухина об нем не спрашивал, ибо он его покровительствует». Александр наложил резолюцию: «Представьте другого».
В том же 1821 году в Комитете министров рассматривалась жалоба вдовы актера Полякова и жены актера Лебедева на штаб-ротмистра графа Салтыкова. Обе названные женщины воспитывались в малолетстве помещицей Матюшкиной, которая, умирая, оставила им, по словесному завещанию, 10250 рублей. Исполнить возникшее из завещания Матюшкиной обязательство должен был ее родственник граф Салтыков, но он отказывался от уплаты денег и не соглашался на решение дела совестливым судом. Комиссия прошений, в которую обратились воспитанницы умершей помещицы, пришла к выводу, что их спор с Салтыковым должен быть передан в третейский суд. Комитет министров не согласился с выводом Комиссии прошений и указал, что по закону никто не может быть принужден к обращению в совестный или третейский суд. Просительницам Поляковой и Лебедевой было рекомендовано искать удостоверения своих претензий в установленном законом порядке. Аракчеев начертал на полях текста данного решения Комитета министров: «Нет ли тут понаровки графу Салтыкову». Александр вынес резолюцию: «Вероятно, но как закон здесь согласен с мнением Комитета, то нельзя мне решить вопреки. Но справедливым нахожу поручить Министру юстиции дать всю законную защиту просительнице с тем, чтобы решить дело немедленно».