О накале борьбы «за место» свидетельствует письмо старшего врача Гатчинского госпиталя Придворной медицинской части Г.Г. Надеждина к обер-гофмаршалу князю А.С. Долгорукову, написанное им в 1907 г. Обвиняя Инспектора Придворной медицинской части Н.А. Вельяминова в покровительстве «инородцам, особенно жидам», он пишет: «Я знаю, Вельяминов хочет посоветовать Государю лейб-хирурга, на место Гирша, своего протеже шведа Дидерихса, ничем ровно себя не заявившего. Тогда Вельяминов будет еще более властным, и уже без стеснения будет выгонять русских и заменять их жидами и поляками. Ваше Сиятельство! В этом великая опасность для русского дела! Не говоря о том, что влияние инородцев, жидов при Дворе усилится, может быть такой момент, когда это может кончиться страшной катастрофой для Царя, России и для русских! Неужели не возможно найти на эти, в высокой степени важные, посты русских врачей, преданных Царю и Родине? Несомненно, можно и даже должно! Ваше Сиятельство! Вы столь близко к престолу, у Вас обширные связи между сильнейшими русской аристократии: употребите все Ваши усилия, чтобы не совершилось это ужасное по своим последствиям дело». Что любопытно, в качестве кандидата на вакантное место царского врача Г.Г. Надеждин предлагал себя и в качестве одного из аргументов приводил свою черносотенную деятельность: «В частности, я прошу о себе. За мою черносотенную деятельность и направленность, которая конечно известна пронырливым жидам, мне грозит серьезная опасность уже не от пули революционера, а от слуги Государя Инспектора».
Окончательный выбор был сделан императрицей Александрой Федоровной осенью 1907 г., когда у нее начались серьезные проблемы с сердцем. Как рассказывает С.И. Тютчева, «ко мне пришла очень взволнованная Анна Александровна Вырубова, впоследствии стяжавшая такую печальную известность в связи с Распутиным. Но в то время я была еще с ней в хороших отношениях. Она сказала мне, что императрица чувствует себя плохо, что к ней необходимо пригласить опытного врача и что она рекомендует Евгения Сергеевича Боткина (сына знаменитого клинициста), лечившего ее за год перед тем от брюшного тифа. “Вызовем его к императрице телеграммой за нашими подписями”, – предложила она. Я ответила, что без ведома и разрешения государя мы не имеем на это права, но что есть другой выход. Пусть Вырубова вызовет его к себе (она жила в Царском Селе), а когда он приедет, то спросим императрицу, не желает ли она его принять. Так и было сделано. С тех пор Боткин стал лечить императрицу, а через некоторое время был назначен лейб-медиком. Евгений Сергеевич был, безусловно, хороший врач, опытный и знающий, но ему недоставало твердости и решительности. Когда императрица не хотела исполнять его предписания, он не настаивал, а говорил как многие придворные: “Как будет угодно вашему величеству”».
Сама А.А. Вырубова писала об этом в мемуарах: «Выбор ее остановился на Е.С. Боткине, враче Георгиевской общины, которого она знала с Японской войны, – о знаменитости она и слышать не хотела. Императрица приказала мне позвать его к себе и передать ее волю. Доктор Боткин был очень скромный врач и не без смущения выслушал мои слова. Он начал с того, что положил Государыню на три месяца в постель, а потом совсем запретил ходить, так, что ее возили в кресле по саду. Доктор говорил, что она надорвала сердце, скрывая свое плохое самочувствие».
Дочь Е.С. Боткина описывает этот эпизод, определивший всю последующую жизнь врача, следующим образом: «Императрицу Александру Федоровну спросили, кого она желает пригласить, она сказала: “Боткина… Того который был на войне”». Надо отметить, что семейный врач был нужен прежде всего императрице, у которой к этому времени накопился ряд хронических заболеваний, и ей требовалось постоянное медицинское наблюдение. В числе прочих протежировала Е.С. Боткину его родственница, фрейлина императрицы О.Е. Бюцова. Николаю II, который физически был очень крепок, видимо, импонировало участие Е.С. Боткина в боевых действиях, а также то, что он был сыном знаменитого С.П. Боткина, который лечил Николая в детстве и был лидером «русской» партии в медицине. Нельзя сбрасывать со счетов также то, что царь покровительствовал черносотенному движению в России. Видимо, сочетание этих, достаточно разнородных причин привело к назначению Е.С. Боткина на этот ответственный пост.