— Как же следует понимать слова вашего высочества относительно освобождения от жалованья? Что, ваше высочество считает нужным для академиков, подписавших «Записку», уйти из академии? — спрашивал непременный секретарь.
— Да, я полагаю, что они не имели права, состоя на службе, подписывать такую «Записку».
Оскорбительное порицание от президента вызвало энергические протесты даже тех академиков, которые никогда не отличались резкостью суждений, как, например, Шахматов. Почти все они указывали в своих ответах, что жалованье им платят из средств, собираемых с народа, а не из каких-то особых сумм и не за какие-то особые услуги правительству. «Это жалованье дается не для того, чтобы мы не порицали правительство, а для того, чтобы мы работали на благо русского народа и русского государства», — заявил Алексей Александрович Шахматов в письме к великому князю.
Формы протеста академиков были весьма различны, порой прямо противоположны. Академик Бородин, получив президентский циркуляр, тотчас подал прошение об отставке. В противность ему академик Фаминцын вызывающе высказался в письме к президенту: «Не подавать в отставку, а твердо бороться за свои взгляды, хотя бы с риском потерять занимаемый на государственной службе пост, представляется мне прямою обязанностью гражданина…»
Именно запальчивое заявление Бородина привело к незамедлительной встрече Ольденбурга с великим князем 22 февраля 1905 года.
— Я выразил свое отношение к «Записке 342-х», — произнес великий князь после некоторого молчания и, словно бы оправдываясь, присовокупил — Не можете же вы запретить мне иметь свое мнение!
— Конечно, нет, ваше высочество, — со всей учтивостью отвечал Ольденбург. — Но и подписавшие записку имели тоже свое мнение. Ваше высочество говорите в своем циркуляре о том, что академики не исполняют своих прямых обязанностей. Позвольте спросить лично, в чем я не исполнил своих прямых обязанностей?
— В том, что вы подписали «Записку».
— Но это было мое убеждение, а какой закон запрещает мне высказывать свои взгляды по вопросу, близко мне известному?
Великий князь молчал, не находя ничего возразить против. Так и не дождавшись ответа, Ольденбург продолжил:
— При такой постановке дела многие академики, может быть, даже из не подписавших «Записку», сочтут нужным уйти или заявить об этом конференции.
Ляпунов тоже почел необходимым оспорить утверждение президента о том, что он и его коллеги не радеют ревностно исполнять свой ученый и учебный долг. «Что касается, наконец, упрека в недобросовестном исполнении нами наших прямых обязанностей, то на чем основано это тяжкое обвинение? Неужели же основанием ему послужило лишь подписание известной «Записки»? Бывают моменты, когда честные люди не должны и не могут молчать, и когда даже люди, исключительно посвятившие себя науке и никогда раньше не интересовавшиеся политикой, не могут оставаться безучастными к общественным вопросам, и если люди науки высказываются в такой момент, то это не значит, что они забыли свои прямые обязанности. Ведь между подписавшими «Записку» немало встречается всем известных имен — профессоров, которые своею деятельностью заслужили всеобщее уважение, и ученых, которые своими трудами приобрели всемирную известность».
Президент вынужден был признать, что циркулярное письмо его подействовало совершенно навыворот. Вместо того чтоб смирить академиков и преподать им урок поучительного свойства, оно возбудило среди них почти общее негодование и укрепило их солидарность. Получился спор, а не нравоученье. Никто из академиков свою подпись не снял и виновным себя не признал.
Надо было как-то покончить дело, но президент не мог придумать благополучный исход, не умаляющий его достоинства. В затруднительных случаях он прибегал обыкновенно к помощи В. Е. Кеппена, правителя дел академии. Так поступил и ныне. Кеппен, скрывая за учтивыми словами наставительный тон, заметил, что если президент не ответит академикам, то последнее слово останется за ними. Удобный момент, по мнению Кеппена, наступит пятого марта, когда состоится общее собрание академиков. Президент должен выступить с примирительной речью, в которой укажет, что хоть и остается при своем мнении относительно происшедшего, все же не перестает уважать академиков, подписавших «Записку», потому, де, что заблуждаются они искренне, движимые честностью стремлений и в сознании долга перед государством и народом. «Вы, не поступаясь своими взглядами, оставляете за ними нравственное право иметь другие взгляды, — внушал Кеппен великому князю, — не порицаете их начальническим выговором, а выражаете свое разномыслие с ними… Закончить же ваше столкновение как-нибудь надо».
Президент последовал совету преданного помощника. В начале заседания пятого марта он прочел текст речи, составленной для него Кеппеном, повторив даже подсказанную им формулу перехода к очередным делам: «А теперь, господа, откроем наше собрание и в исполнение устава и дорогих преданий академии не будем отвлекаться политическим разномыслием от ученых занятий».