Несомненно, крутые события последних дней подтолкнули некоторых колеблющихся, и они присоединились к коллективному обращению ученых, опубликованному в двадцатых числах января рядом газет. Среди шестнадцати академиков, подписавших под него свои имена, были: основатель отечественной школы физико-химиков Н. Н. Бекетов, основатель и первый президент Русского ботанического общества И. П. Бородин (брат знаменитого композитора и химика), зоолог В. В. Заленский, историк А. С. Лаппо-Данилевский, математик А. А. Марков, основоположник нейрофизиологии в России Ф. В. Овсянников, основатель русской индологической школы С. Ф. Ольденбург, востоковед и этнограф В. В. Радлов, основатель Петербургской школы физиологии растений А. С. Фаминцын, геолог и палеонтолог Ф. Н. Чернышев, выдающийся исследователь русского языка, древнерусской литературы и летописания А. А. Шахматов. Под обращением стояли также подписи 125 профессоров, в том числе известного физика А. С. Попова, физиолога И. П. Павлова, зоолога М. Н. Римского-Корсакова (сына знаменитого композитора), и 201 доцента, преподавателя, ассистента и лаборанта.
Ляпунов сразу и без колебаний поставил свою подпись рядом с подписями коллег по академии. Всегда погруженный в одни лишь ученые проблемы и обращенный мыслью к одной лишь науке, последние годы он стал более внимательно оглядываться на происходящие кругом общественные движения. «…Ввиду крайней важности совершающихся теперь политических событий много времени уходит также и на чтение газет, которые раньше я лишь бегло просматривал», — признался Александр Михайлович в письме к младшему брату. Пробуждение его интереса к политической жизни не обошлось без неожиданных открытий. «Узнал я за эту неделю поистине изумительные вещи, — писал он — в 1904 году Стеклову. — Например, я узнал, что каждый русский гражданин, находящийся на государственной службе, находится под негласным надзором жандармского управления, где известны не только все его действия, но и образ мыслей. Вот это-то обстоятельство обыкновенно и служит источником различных неожиданных неприятностей».
Далеко не все, кому предлагали подписать обращение, решились на такой шаг.
— Фортунатов не стал подписывать на том основании, что он человек не политический, — рассказывал Александр Михайлович слушавшему с нескрываемым интересом Стеклову. — Шахматов тоже не тотчас согласился, но потом из солидарности с коллегами оставил свою подпись на обращении. Если бы Фортунатов заранее узнал о решении Шахматова, то наверняка не стал бы отказываться.
— А как же племянник ваш, Алексей Николаевич Крылов? Какова его позиция? — спросил Владимир Андреевич.
— Как человек военный он не мог присоединиться к нам без крайне неприятных для себя последствий. Да притом для него не было и смысла подписывать обращение, в котором отстаивается академическая свобода. Разве может идти речь об академической свободе в военных учреждениях?
К составившим «Записку» петербургским ученым присоединились их коллеги из других городов России. Вместе с профессорами Московского университета подписал ее виднейший историк В. О. Ключевский, ставший семнадцатым академиком. Из Одессы пришло к Александру Михайловичу письмо от Бориса, в которое была вложена вырезка из газеты «Наши дни». Развернув ее, Ляпунов прочел: «Мы, нижеподписавшиеся профессора Новороссийского университета, вполне присоединяем свой голос к правдивому слову наших петербургских товарищей, которые в числе 342 охарактеризовали столь свободно и ясно давно назревшие нужды нашего родного просвещения». Среди подписавшихся был и Борис Михайлович.
Не впервой уже академия навлекала на себя недовольство августейших персон. Великий князь Константин Константинович, как видно, опять получил выговор с высоты престола за предосудительное поведение подопечных ему академиков. Потому в подписанном им четвертого февраля и разосланном всем крамольным членам академии циркуляре поспешил он осудить предпринятое ими деяние. С риторским жаром президент вменял академикам в вину, что занялись они не своим делом и, рассуждая об «элементарной гарантии законности», сами ее нарушают.
«Далекие от мысли, что своим поступком мы нарушили какую-либо законность, мы, напротив, считали, что наша прямая обязанность была высказать, в чем мы видим исход из настоящего тяжелого состояния, — отвечал президенту академик Ляпунов. — На нас лежал этот нравственный долг перед отечеством, которому мы обязаны своим высоким положением, и перед народом, из средств которого составляется получаемое нами казенное содержание».
Неспроста упомянул Ляпунов о том, из чего происходит выплачиваемое ему академическое содержание. То был ответ на еще одно обвинение, высказанное великим князем. Бросил президент упрек своим академикам, что они в одно и то же время порицают правительство и принимают из его рук академическое жалованье. Во время разговора с великим князем Ольденбург пытался откровенно объясниться с ним насчет этого пункта.