На процессе выяснились и некоторые неудобные для следствия моменты. По актам следственной комиссии подсудимый Лапкин (включенный во вторую группу из 25 человек) виделся страшным преступником, сознавшимся в том, что хотел истребить царский дом, всех сановников и все дворянство. А перед судьями вместо изверга предстал тихий юноша, с плачем уверявший, что жизнь каждого человека для него священна, а наговорил он на себя таких ужасов потому, что члены комиссии угрожали отправить его к графу Муравьеву, если не сознается «во всем». Он полагал, что Муравьев его будет пытать, и «сознался». После того пытался лишить себя жизни в камере, начал резать руку разбитой склянкой, но едва потекла кровь, его спасли. Никто из судей не усомнился в искренности рассказа Лапкина. «Жалкие эти юноши и смешные, – думал Есипович, – если бы им не приходилось расплачиваться своими жизнями за нелепую и опасную игру с огнем».
Между тем сочувствие проявляли не все члены суда. Дряхлый Матвей Михайлович Корниолин-Пинский не мог даже доходить от кареты до своего кресла и был вносим в залу суда на носилках. При таком состоянии не удивительны его желчность, суровость и беспощадность. Увидев в первый раз подсудимых, он довольно громко заметил, что «все это добыча виселицы». Граф Панин подчеркнуто любезно обращался за советами к этому мизантропу. Да и князь Гагарин перед началом заседаний объявил, что не может обращаться к Каракозову иначе чем на ты, потому что нет возможности такому злодею говорить вы. Есиповичу стоило немало трудов убедить князя в неприличности такого обращения для председателя суда.
11 августа граф Муравьев уведомил князя Гагарина, что он докладывал государю о том, что все дела Санкт-Петербургской и Московской следственных комиссий о лицах, бывших в составе кружка «Ад» и общества Организация, уже окончены и переданы министру юстиции и, по его мнению, не могут уже быть отложенными. Государь изволил написать на докладе графа: «Вполне разделяю мнение графа Муравьева». Гагарин был недоволен таким понуканием, но смолчал. На следующий день он дал распоряжение о допущении защитников к свиданию с подсудимыми наедине. Члены суда погрузились в изучение материалов дела, составивших несколько томов.
Между тем распоряжение председателя Верховного уголовного суда в высшей степени удивило и расстроило коменданта Петропавловской крепости генерала Сорокина, добрейшего человека, уважаемого всеми арестантами. Почтенный генерал не мог и представить себе такую вольность в стенах крепости. В то время Алексеевским равелином заведовал неженатый офицер, живший один-одинешенек в окружении кошек и собак и отлично содержавший своих арестантов в строгом соответствии с законом. Он тоже был поражен. Есиповичу пришлось зачитать генералу Сорокину статьи Устава уголовного судопроизводства 1864 года, и тот сдался. Но, обернувшись к молчавшему начальнику Алексеевского равелина, на лице которого читался немой протест служаки, уточнил, что все-таки адвокатов в самый равелин пускать не будут, а свидания будут происходить на гауптвахте крепости.
Отношение к обвиняемым со стороны общества, света и двора заметно различалось, хотя само преступление осуждалось везде безоговорочно. В обществе указывали на необходимость продолжения реформ и задавались вопросом, почему процесс закрытый. В свете почти никто не верил сказке, сочиненной Тотлебеном, будто бы Комиссаров спас государя, но из уважения к особе императора все высказывали этому субъекту уважение. При дворе были крайне встревожены показаниями Каракозова о «конституционной партии», что и повлекло указание провести судебное расследование в закрытом порядке. Хотя если бы что и было, то граф Муравьев, ненавидевший великого князя Константина Николаевича, не упустил бы случая.
18 августа состоялось первое заседание Верховного уголовного суда, на котором прошло следствие о Каракозове и Худякове. На столе вещественных доказательств лежали пистолет Каракозова, его шкатулка и яды, у него найденные. По недосмотру Каракозов сидел близко от стола, стоило ему протянуть руку к пузырьку, и не стало бы главного обвиняемого. Заметив его внимательный и сосредоточенный взгляд, граф Панин распорядился отодвинуть стол на два аршина дальше.
В обвинительном заключении были определены главные преступления: 1) выстрел 4 апреля, 2) образование кружка «Ад», в котором, будто в Женевских комитетах, рассуждалось о возможности проводить революции посредством убийства коронованных особ и государственных людей, 3) образование общества «Организация», имевшего целью своей произвести социальный и государственный переворот в России насильственными мерами, для чего среди прочего планировалось обворовать некоего купца через подставное лицо, ограбить почту, отравить помещика Федосеева через его же родного сына и так далее, 4) следы чисто польской интриги в лице Маевского и других членов общества.