В 1905 году 10-го декабря, т. е. тогда, когда последняя война уже стала историческим фактом, лейтенантом Щегловым[657] была представлена морскому министру работа под наименованием «Стратегический обзор Русско-японской войны», в которой детально была разобрана обстановка, определенная полным отсутствием в нашем флоте какой-либо подготовки к войне, и вытекающая из этого положения необходимость создания специального органа, который ведал бы этой подготовкой – Генерального штаба. В своих дальнейших работах по этому вопросу, образовавших труд под наименованием «Значение и работа штаба на основании опыта Русско-японской войны», лейтенант Щеглов выяснил детально организацию морского Генерального штаба как штаба высшего командования с выделением его из состава морского министерства и подчинением непосредственно верховной власти, наравне с командующим морскими вооруженными силами. По схеме лейтенанта Щеглова морской Генеральный штаб состоял из двух отделов: 1) стратегического и 2) мобилизационного.
Первый подразделялся на отделения: а) оперативное, б) русской статистики, в) иностранной статистки, г) архивно-историческое. Второй состоял из: а) отделения личного состава и б) отделения материальной части. Отделения стратегического отдела, в свою очередь, подразделялись (кроме архивно-исторического) по трем нашим морским театрам: а) Балтийскому или Северному, б) Черноморскому или Южному и в) Тихоокеанскому или Восточному. При стратегическом отделе состояло особое разведочное бюро, на которое возлагалась тайная разведка. Комплектация морского Генерального штаба определялась лейтенантом Щегловым из 1-го адмирала (начальника), 10-ть штаб и 30-ть обер-офицеров. Таковы были соображения, которые легли в основание учреждения морского Генерального штаба.
Высочайшим рескриптом, данным на имя морского министра 24 апреля 1906 года, было учреждено управление морского Генерального штаба, наименование принятое по аналогии с управлением Генерального штаба армии, и в именном высочайшем указе Правительствующему Сенату от 5-го июня 1906 года Управление морского Генерального штаба именуется уже морским Генеральным штабом. Существеннейшим отличием этого штаба от предлагаемого лейтенантом Щегловым, являлось положение морского Генерального штаба как учреждения, входящего в состав морского министерства, с вытекающим отсюда подчинением начальника морского Генерального штаба непосредственно морскому министру, с представлением ему права личного всеподданнейшего доклада в присутствии морского министра, согласно вышеприведенному высочайшему рескрипту. Соответствующий приказ по морскому ведомству, определивший первоначальную схему и состав морского Генерального штаба, был дан от 29 апреля 1906 года за № 157. Организация морского Генерального штаба первоначально выразилась следующим образом.
Морской Генеральный штаб состоял из трех оперативных отделений, соответствующих трем морским театрам, отделений русской статистики, иностранной статистики и исторического. Мобилизационной части не было образовано, и она осталась при главном морском штабе. Причиной этого, по крайней мере, формальной, явилось преобразование «стратегической части главного морского штаба и связанной с ней организационной части мобилизации флота» в морской Генеральный штаб, согласно высочайшему рескрипту от 24 апреля 1906 года. Таким образом, мобилизационная часть главного морского штаба сохранила свое положение, выделив в морской Генеральный штаб только вопросы организационного характера, сохранив исполнительные функции по производству мобилизационных расчетов и соображений.
Первоначальный личный состав морского Генерального штаба состоял из начальника, помощника его (штаб-офицера) и 16-ти штаб– и обер-офицеров. Дальнейшие преобразования в организации Генерального штаба происходили путем внутренних распорядков и определялись потребностями, вытекающими из характера работы штаба и его положения как одного из центральных учреждений морского министерства. С первых дней своего существования вновь учрежденный морской Генеральный штаб встретил необходимость огромной организационной работы. Вопросы организационные, строго говоря, не входят в круг прямых обязанностей и задач Генерального штаба, но так как они являются основанием всякой деятельности и организация, по существу, определяет работу каждой исполнительной части, а исследования по русской статистике скоро выяснили полное отсутствие правильной организации, как ведомства, так и флота, то мало-помалу отделение русской статистики вылилось в форму организационно-мобилизационной части, причем мобилизационная сторона дела сохранила исключительно организационный характер, русская же статистика была распределена по оперативным отделениям. В таком виде внутреннее устройство морского Генерального штаба сохранилось до настоящего времени.