В 1937 г. в ходе сталинских репрессий был расстрелян М.Н. Тухачевский, курировавший РНИИ, а вслед за этим начались аресты и среди руководства института. И.Т. Клейменов был арестован в ночь со 2 на 3 ноября 1937 г. и расстрелян 10 января 1938 г. как «враг народа». Г.Э. Лангемак был арестован одновременно с И.Т. Клейменовым, вместе судим и вместе расстрелян. С.П. Королев был арестован в ночь с 26 на 27 июня 1937 г., приговорен к 10 годам лишения свободы и отправлен в исправительно-трудовой лагерь в бухте Нагаева на Колыме.
В январе 1939 г. НИИ-3 переходит в ведомство Наркомата боеприпасов. Директор и главный инженер НИИ-3 НКБ – военинженер 1‐го ранга Герой Социалистического Труда А. Костиков. 16 июня 1942 г. Костиков, явно недовольный подчинению какому-то Наркомату боеприпасов, пишет письмо И.В. Сталину. В нем он в кратчайшие сроки обещает создать «новый тип боевого специального самолета без винтомоторной установки, с одним реактивным двигателем, позволяющим обеспечить самолету скорость подъема в 2–2,5 раза более высокую, чем у современных самолетов, скорость 800 и более км в час при продолжительности полета не менее 15–20 мин.». Чего в этом письме больше – непрофессионализма или авантюризма, оставим на совести автора письма. Год 1942‐й, немцы под Москвой, но Сталин реагирует мгновенно. Меньше чем через месяц, 15 июля 1942 г., создается Государственный институт ракетной техники (ГИРТ) с подчинением непосредственно Совету Министров, фактически И. Сталину. А 18 февраля 1944 г. Государственный комитет обороны своим постановлением «О работе Государственного института реактивной техники при СНК СССР и мероприятиях по развитию реактивной авиации» расформировывает ГИРТ за то, что «т. Костиков принимал все меры к тому, чтобы создать видимость активной и плодотворной работы» и т. д. и срыв всех сроков. А.Г. Костикова вскоре арестовывают, подразделения раскидывают по различным организациям авиационной промышленности. В 1‐м пункте этого постановления стоит: «Государственный институт реактивной техники при СНК СССР, как не оправдавший своего назначения, ликвидировать».