Организация Химического общества, открытие периодического закона, журнал общества, брошюра Зинина об анилиновых красках объективно свидетельствовали о быстрых теоретических и практических достижениях химической науки и широчайших перспективах ее развития. Николай Николаевич совмести но с Фрицше поднял вопрос об увеличении мест по химии в системе Академии наук.
«Для Академии наук, которая по выходящим из нее научным работам должна быть представительницей научного развития России, мало двух деятелей по химии, пустившей корни свои и ветви в области самых разнородных знаний», — писали два представителя химии в академии, требуя хотя бы еще одного места для своей науки.
Располагавшее свободными адъюнктскими вакансиями физико-химическое отделение академии решило положительно вопрос большинством в семнадцать голосов против трех.
Тогда Фрицше, Зинин и Кокшаров предложили кандидатом на отведенную для химии вакансию Бутлерова. В январе 1870 года Бутлеров был избран адъюнктом, через год — экстраординарным академиком.
— Ура, один только черный! — такой записочкой уведомил Николай Николаевич своего старого друга и ученика.
Бутлеров занял кресло умершего в 1871 году Юлия Федоровича Фрицше. Вскоре по праву академика он занял квартиру, освобожденную семьей Фрицше. Так началась лучшая пора жизни старых друзей, учителя и ученика, в одном доме, в постоянном человеческом и научном общении.
Не давал твердого ответа научный опыт — Николай Николаевич из своей лаборатории шел в соседнюю, к Бутлерову, и спрашивал:
— Как там по вашей новой теории — амаровая кислота имеет изомеры или не имеет?
Александр Михайлович отвечал, но, когда его теория не давала ясного ответа на какое-нибудь сомнительное предположение, ученик шел к учителю:
— У вас такой опыт и такое химическое чутье, что, может быть, вы скажете — есть разница в химическом строении или в атомном весе у желтого и красного фосфора?
Собирались в очередной понедельник гости наверху, у Зинина; Александр Михайлович брал из прихожей щетку, служившую для подметания полов, я стучал ею в потолок, приглашая таким условным знаком спуститься всех к нему: будет какое-то особенное угощение.
Возвращался Николай Николаевич из академии с ворохом новостей, требующих обсуждения, и в кабинет Бутлерова по каменной стене доходил условный стук головкой бронзового пресс-папье.
Избрание Бутлерова в Академию наук усилило не только химическую группу академии. Рука об руку ученик и учитель при поддержке других передовых русских ученых вступают в борьбу с темными силами реакционеров, карьеристов и бюрократов.
Поводы для столкновений возникали постоянно.
По предложению Зинина и Бутлерова Академия наук присудила Ломоносовскую премию в 1870 году известным химикам А. Н. Энгельгардту и Н. А. Лачинову за исследование креозолов и нитросоединений.
Прежде чем присужденная премия была выдана, Энгельгардт подвергся аресту, заключению в Петропавловскую крепость и высылке затем в свое имение за революционную деятельность. Непременный секретарь академик Веселовский, игравший в академии главную роль, предложил отменить присуждение премии.
— Мы — храм чистой науки, — проповедовал он, — мы должны стоять в стороне от политики!
— Это довод не научный! — отвечал Бутлеров.
— Да неужели же Энгельгардт в самом деле заслуживает премии? — с злобной язвительностью спросил Веселовский.
— Я имею привычку руководствоваться в своих мнениях и поступках искренним убеждением, — отвечал непокорный адъюнкт.
Не раз в жизни приходилось Бутлерову сталкиваться во мнениях с учеными-собратьями, не раз из-за таких столкновений он вставал в резкие отношения с некоторыми из них. Но никогда еще и никто не сомневался в чистоте и искренности его намерений и побуждений.
— Для этих господ искренность убеждения, чистота намерений гроша медного не стоят, — говорил Николай Николаевич в ответ на возмущение Бутлерова после столкновения с Веселовским. — А вот возьмите-ка, друг мой, устав академии, проштудируйте его, да на него в таких случаях и ссылайтесь!
Устав гласил, что «Академия наук есть первенствующее ученое сословие в Российской империи», что «академии надлежит обращать труды свои непосредственно в пользу России», что «академии предоставляется право избрания на открывающиеся места академиков и адъюнктов»; причем «при равных достоинствах ученый русский предпочитается иноземцу».
То, что Зинин, а теперь и Бутлеров увидели в академии, не соответствовало благим намерениям авторов устава. Вакантные места в академии существовали, а оставались незамещенными, хотя русских ученых, имевших все права на избрание, было немало. Такое положение дела было тем более странным, что устав давал академии право избирать в свой состав отличных ученых «хотя бы и не было вакансий».
Непризнание русских ученых «первенствующим ученым сословием России» подтвердилось вскоре скандальным фактом с присуждением премии К. М. Бэра дерптскому ботанику Эдмунду Руссову.