Пока на конференции Медико-хирургической академии деятельно и неизменно присутствовал Зинин, никто, в сущности, не замечал, какое огромное влияние оказывал ученый секретарь на ход дел в академии. Но как только Николай Николаевич покинул свой кабинет, все почувствовали крутой поворот в академической жизни.
Возвратившегося из Парижа Зинина профессора ловили на ходу, чтобы сообщить о происходящих событиях:
— Военный министр делает из академии школу. Растить кадры военных врачей, а не заниматься теоретическими исследованиями, вот что с нас требуют теперь, — жаловался Николай Мартынович Якубович, явно не одобряя политики Д. А. Милютина, сменившего И. О. Сухозанета на посту военного министра. — И Дубовицкий теперь с ним заодно, — добавил он.
С уходом Сухозанета, приятеля Дубовицкого, Петру Александровичу ничего не оставалось, как следовать взглядам военного министра: влиять на такого деятеля, как Милютин, он и не покушался.
Якубович не один выражал сожаление о новейших требованиях министерства да заодно и об уходе Зинина с должности ученого секретаря. Все видели, что Медико-хирургическая академия за последние десять лет начала сильно возвышаться и процветать. Но большая часть профессуры, состоявшая из средних ученых, скучавших на теоретических докладах, поддерживала новую политику. В ожесточенных спорах о том, должна ли быть Медико-хирургическая академия школой или подлинной академией врачебной науки, как довод то с той, то с другой стороны фигурировали «Рефлексы головного мозга».
В 1866 году «Рефлексы головного мозга» вышли отдельной книгою. Вскоре после выхода ее в свет на книгу по распоряжению цензуры был наложен арест. Под арестом она находилась более года, в течение которого между министрами внутренних дел и Министерством юстиции шла переписка и переговоры об уничтожении книги и предании автора суду по одной из статей Уложения о наказаниях.
Статья эта карала авторов сочинений, развращающих нравы или противных нравственности и благопристойности. Однако прокурор Петербургской судебной палаты нашел, что «в помянутом сочинении профессора Сеченова нет ни одного места, которое можно было бы осудить с этой стороны».
«Таким образом, — указывал прокурор дальше, — учение, заключающееся в сочинении «Рефлексы головного мозга», если и есть основание признавать оное заблуждением, может быть опровергаемо только путем научных доводов, но не путем судебных прений в уголовном суде».
Так как в Уложении о наказаниях статьи о наказании за материалистические взгляды не было, то в конце концов книгу Сеченова из-под ареста освободили и пустили в продажу. Но репутация неблагонадежного человека сопровождала автора до последних дней жизни. Тень неблагонадежности упала и на Медико-хирургическую академию.
В самый разгар ожесточения и споров, весной 1868 года, умер от рака легкого Дубовицкий. Если раковые опухоли развиваются на нервной почве, то можно сказать, что Дубовицкий был первой жертвой разыгрывавшихся событий. Президентом назначили добродушного старика, хирурга Павла Андреевича Нароновича, но его вскоре пришлось сменить более жестким человеком.
Охватившее ряд учебных заведений страны студенческое движение за свободу академических сходок, кружков, землячеств в Медико-хирургической академии не выходило за пределы академических зданий, пока ученым секретарем — «первым лицом после президента» — был Зинин.
Николай Николаевич считал законным желание студентов собираться для обсуждения своих академических дел. Он не возражал против отстаиваемого ими права критиковать своих профессоров или выражать аплодисментами им свое одобрение. Благодаря его смягчающему влиянию в глазах правительства Медико-хирургическая академия как будто стояла в стороне от «беспорядков», охвативших ряд высших учебных заведений в Петербурге.
Но с уходом Зинина из ученых секретарей положение изменилось. Весной 1869 года произошло несколько столкновений с администрацией из-за запрещения сходок и ареста студенческих старост. Студенты решили провести широкую демонстрацию. Узнав об этом намерении, правительство немедленно закрыло Медико-хирургическую академию, уволило Нароновича и даже запретило появление студентов в районе академии.
Нелепое распоряжение вызвало протесты и демонстрации в университете, в технологическом институте. Туда уже была направлена жандармерия.
В комиссию по расследованию беспорядков в Медико-хирургической академии назначили Зинина. Уволенного Нароновича заменили Николаем Илларионовичем Козловым; Николай Николаевич, однако, со всем своим авторитетом и у студентов и у правительства уже не мог ничего сделать. 15 июня 1869 года было опубликовано новое положение о Военно-медицинской академии. Все студенты числились состоящими на военной службе, получали стипендии, а при поступлении — обмундировочные и подъемные, жили же на частных квартирах. На прохождение курса в трех высших классах принимались студенты университетов из естественников и медиков, прошедших два первых курса.