Вслед за внедрением системы дозаправки топливом в полете на малайзийских МиГ-29N планировалось усовершенствовать радиолокационный прицельный комплекс, доработав его до варианта Н019МЭ («Топаз»), и расширить номеклатуру вооружения, введя в нее новые управляемые ракеты средней дальности с активными радиолокационными головками самонаведения РВВ-АЕ, а также «энергетические» версии ракет средней дальности предыдущего поколения – полуактивную радиолокационную Р-27ЭР1 и тепловую Р-27ЭТ1. Подобные усовершенствования были проработаны для предлагавшихся в то время «МиГом» зарубежным заказчикам модернизированных экспортных модификаций истребителя – МиГ-29СД (на базе МиГ-29 типа «9-12») и МиГ-29СЭ (на основе МиГ-29 типа «9-13» с увеличенным запасом топлива и встроенной аппаратурой РЭП). Но заказа на такую доработку МиГ-29N от Малайзии так и не последовало. В результате, по системе вооружения они, вероятно, до сих пор остаются на уровне стандартных экспортных МиГ-29 «вариант Б» с обычной БРЛС типа Н019Э и способны применять только ракеты Р-27Р1 и Р-73Э.
За время эксплуатации «МиГов» в Малайзии два из них были потеряны в авариях. 4 сентября 1998 г. неподалеку от авиабазы Куантан разбился борт М43-17 (№5313), летчик 19-й эскадрильи майор Мохамад Фаузи бин Саллех благополучно катапультировался и был подобран поисково-спасательным вертолетом S-61. По данным в зарубежной печати, причиной происшествия стал разряд аккумуляторной батареи в процессе вынужденного возврата на аэродром после отказа в гидросистеме.
Спустя шесть лет, 9 ноября 2004 г., вскоре после взлета с базы Куантан катапультироваться пришлось и пилоту самолета М43-07 (№5303) – майору Фаджиму Мохамаду Мустаффе. Как заявил тогда министр обороны страны Наджиб Тун Разак, самолет упал на пальмовую плантацию в 30 км северо-западнее авиабазы Куантан. «По предварительным данным, аварии предшествовало возгорание двигателя, которое наблюдали пилоты двух других МиГ-29», – сообщил г-н Наджиб.
Таким образом, к середине прошлого десятилетия ВВС Малайзии располагали 16 «МиГами» – 14 одноместными МиГ-29N и двумя МиГ-29УБ. Однако, в дальнейшем из-за нехватки запчастей число самолетов в летном состоянии стало снижаться. К настоящему времени оно сократилось до десяти. По некоторые данным, еще два «МиГа» используются на базе Куантан как «доноры» запчастей, остальные четыре находятся на хранении в нелетном состоянии.
К концу «нулевых» ВВС Малайзии объявили о своем намерении в скором времени снять с вооружения все остающиеся МиГ-29, заменив их современными многоцелевыми истребителями (программа MRCA). Вот что рассказывал в декабре 2009 г. в интервью нашему журналу генерал Родзали бин Дауд, Главнокомандующий Королевскими ВВС Малайзии с сентября 2009 по сентябрь 2014 гг.: «Основная проблема с самолетами МиГ-29^ состоящими на вооружении ВВС Малайзии, – в том, что они поставлены нам еще в середине 90-х гг. и на сегодня уже не вполне отвечают требованиям к современному истребителю. Функции, которые они могут выполнять, сейчас нас уже не устраивают. Нам нужен многофункциональный истребитель, способный как вести воздушный бой, так и обеспечивать поражение наземных и морских целей. А МиГ-29N может решать только первую из этих задач. Для того, чтобы продлить срок их службы в ВВС Малайзии, «МиГам» требуется радикальная модернизация, но стоимость этой модернизации весьма высока. И нами принято решение не тратить средства на модернизацию, а закупить в перспективе новые истребители, удовлетворяющие всем нашим требованиям. Поэтому мы начинаем выводить МиГ-29N из эксплуатации с 2010 г., постепенно уменьшая их численность. До конца декабря 2010 г. с вооружения будут сняты последние МиГ-29N. Решение нами уже принято» (см. «Взлёт» №1-2/2010, с. 42-43).