Во второй половине 90-х гг. в ОКБ рассматривался и модифицированный боевой вариант «Беркута», в котором он мог бы стать полноценным многофункциональным сверхманевренным малозаметным истребителем пятого поколения с возможностью сверхзвукового крейсерского полета. В частности, прорабатывалось применение двигателей нового поколения АМНТК «Союз» типа Р-179 в классе тяги 20 000 кгс (дальнейшее развитие семейства мощных ТРДДФ «Союза», родоначальником которого был подъемно-маршевый двигатель Р79В-300 вертикально взлетающего истребителя Як-41М), новых сверхзвуковых регулируемых воздухозаборников (что сулило расширение диапазона скоростей самолета), рассматривалась новая компоновка отсеков вооружения и т. д. Разумеется, в отличие от опытно-экспериментального Су-47, боевой вариант «Беркута» предполагалось оснастить полноценным современным комплексом бортового оборудования и вооружения. Самолет в итоге получался истребителем тяжелого класса — даже немного тяжелее микояновского МФИ: его нормальная взлетная масса превышала 30 тонн, а максимальная «зашкаливала» за 40 тонн! Военно-воздушные силы же связывали к этому времени будущее истребительной авиации с самолетом значительно меньшей размерности: на рубеже веков ВВС, на основе исследований отраслевых и военных институтов, определили новую концепцию истребителя пятого поколения — как машины в классе «между» МиГ-29 и Су-27, т. е. с нормальной взлетной массой порядка 20–22 тонн. По такой концепции ОКБ Сухого в 1999 г. и приступило к разработке принципиально нового проекта истребителя пятого поколения, позднее получившего известность как ПАК ФА или Т-50.
Однако построенный уже почти полтора десятилетия назад экспериментальный «Беркут» забыт не был: начиная с 2004 г. и по сей день он активно используется в качестве летающей лаборатории по программе ПАК ФА — на нем проходят летную отработку отдельные технические решения и системы, которые найдут применение на серийных истребителях пятого поколения, проводятся другие летные эксперименты в интересах темы Т-50. На сегодня на Су-47 выполнено уже более 330 полетов, в т. ч. не менее сотни — в качестве летающей лаборатории. Помимо Игоря Вотинцева, машину поднимали в воздух летчики-испытатели ОКБ Сухого Юрий Ващук, Сергей Богдан, Сергей Костин и Роман Кондратьев.
Стартовав практически одновременно с нами в начале 80-х, американцам в последнее десятилетие прошлого века удалось вырваться значительно вперед. Первые прототипы истребителей пятого поколения там были готовы уже в 1990 г., т. е. на четыре года раньше российского «1.44» и на семь лет — раньше С-37. Более того, уже в 1991 г. в США были подведены результаты тендера, причем по практическим результатам сравнительных летных испытаний двух пар прототипов с двумя типами двигателей, и стартовала разработка серийного варианта победившего проекта «Локхида». У нас же даже начавшиеся в 1997 и 2000 гг. летные испытания «Беркута» и «1.44» еще вовсе не означали, что ВВС сколько-нибудь приблизились к моменту получения на вооружение серийных истребителей пятого поколения: только к началу нового тысячелетия они определились с новой концепцией такого самолета и в 2001 г. объявили новый тендер — причем на уровне техпредложений, без постройки опытных самолетов для сравнительных летных испытаний. Конечно, такому положению дел нетрудно найти объяснение — причина кроется в поистине бедственном положении с бюджетным финансированием НИОКР и закупками новой авиационной техники для российского Минобороны на протяжении более чем десятилетия после распада Советского Союза.