Распад СССР и непростая ситуация в экономике России, повлекшие отказ от многих программ в области разработки и закупок новой военной техники, привели к тому, что после 1992 г. финансирование работ по теме МФИ значительно сократилось. Тем не менее, опытному производству ОКБ им. А.И. Микояна удалось построить макет самолета, элементы планера для статических испытаний и, совместно с серийными заводами, создать задел для постройки опытных образцов. В начале 1994 г. завершилась сборка первого летного прототипа МФИ — опытно-экспериментального самолета «1.44», и летом того же года он был доставлен на летную станцию ОКБ на аэродроме ЛИИ в Жуковском, где продолжилась наземная отработка его систем и началась подготовка к летным испытаниям. В декабре 1994 г. машина, управляемая летчиком-испытателем Романом Таскаевым, совершила первую скоростную рулежку по взлетно-посадочной полосе ЛИИ. Впрочем, из-за резкого сокращения бюджетных ассигнований по теме МФИ в связи с экономическими трудностями в стране довести истребитель до стадии летных испытаний тогда не удалось. В 1995 г. финансирование программы было практически прекращено.
Однако в конце 90-х, после смены руководства компании «МиГ», машину все же смогли довести до этапа летных испытаний, и ровно десять лет назад, 29 февраля 2000 г., летчик-испытатель Владимир Горбунов поднял «1.44» в первый полет. Но уже тогда всем было понятно, что испытания «1.44» — это скорее попытка сохранить «реноме» прославленной фирмы, нежели свидетельство практических перспектив проекта: при выбранных, с учетом ставших уже не вполне актуальными требований, размерности (которая определяла и стоимость машины), отдельных компоновочных решениях и технологиях, будущего у самолета по сути не просматривалось. В итоге, «1.44» смог лишь еще только один раз подняться в воздух: второй полет, состоявшийся 27 апреля 2000 г., стал последним в его биографии. С тех пор самолет находится на хранении на территории ЛИИ в Жуковском. Вместе с тем, нельзя сказать, что кратковременная «реанимация» проекта на рубеже веков прошла даром. Опыт, полученный при разработке, постройке и испытаниях самолета «1.44», некоторых его систем, в первую очередь комплексной системы управления и установленных на борту двигателей пятого поколения АЛ-41Ф, стал основой для дальнейших работ по модернизированным и перспективным авиационным комплексам как в самой РСК «МиГ», так и на других предприятиях авиационной промышленности.
Еще в первой половине 80-х гг к предварительным исследованиям по перспективным самолетам пятого поколения приступили и на Машиностроительном заводе им. П.О. Сухого, как тогда именовалось нынешнее ОАО «ОКБ Сухого». В 1983 г. в ОКБ начались проектные работы по экспериментальному самолету С-22 с крылом обратной стреловидности, применение которого сулило ряд преимуществ перед традиционными компоновками: высокие несущие свойства на дозвуковых скоростях, устойчивость к сваливанию на больших углах атаки, снижение радиолокационной заметности в передней полусфере и т. д. В течение пяти лет совместно с ЦАГИ было проработано несколько вариантов компоновки машины, на основе чего в 1988 г. был подготовлен и позднее защищен аванпроект, а, по согласованию с ВВС, принято решение о полномасштабной разработке экспериментального самолета, который рассматривался в качестве прототипа перспективного истребителя пятого поколения. Для самолета, получившего новое обозначение С-32, была выбрана оригинальная схема «интегрального несущего триплана» с крылом обратной стреловидности, традиционным хвостовым и передним горизонтальным оперением.
В связи с тем, что Военно-воздушные силы к тому времени уже заключили договор с ММЗ им. А.И. Микояна на создание Многофункционального истребителя пятого поколения МФИ (проект «1.42»), в ОКБ Сухого приняли решение ориентировать свой проект, в первую очередь, на решение задач перспективного многоцелевого корабельного истребителя для авиации ВМФ. Поэтому на этапе аванпроекта С-32 получил также название Су-27КМ, а в его конструкции, оборудовании и вооружении учитывались особенности корабельного базирования (в т. ч. на строящемся авианесущем крейсере с атомной энергоустановкой «Ульяновск») и боевого применения на морских театрах военных действий.