В средней части фюзеляжа размещаются агрегаты самолетных систем и оборудования, топливные баки, а по оси самолета, в нижней его части, тандемом — два основных отсека вооружения. Наплывы крыла плавно переходят в сопрягаемые с мотогондолами хвостовые балки, к которым крепятся консоли горизонтального и вертикального оперения. Под наплывами крыла расположены регулируемые сверхзвуковые воздухозаборники двигателей, оснащенные створками подпитки на нижней поверхности и решетками для перепуска пограничного слоя на внешней и внутренней стенках. Воздухозаборники оборудованы оригинальным устройством для предотвращения попадания посторонних предметов в двигатели. Под наплывами крыла, по внешним сторонам воздухозаборников, расположены обтекатели, внутри которых, по всей видимости, располагаются дополнительные отсеки для ракет «воздух-воздух» ближнего боя. Между ними и воздушными каналами двигателей расположены отсеки основных опор шасси. В хвостовой части фюзеляжа, в районе сопел двигателей, размещен отсек двухкупольной парашютной тормозной установки с открываемой створкой на верхней поверхности. Центральная хвостовая балка завершается законцовкой из композиционного материала.
Консоли крыла имеют угол стреловидности по передней кромке около 48°, а по задней кромке — отрицательный угол стреловидности около -14°. Наплыв крыла имеет переменный угол стреловидности — около 48° в передней части, выполненной поворотной, и около 74° — в остальной. Поворотная часть наплыва является оригинальным органом управления самолетом в продольном канале совместно со стабилизатором и в целом выполняет те же функции, что и переднее горизонтальное оперение на самолетах типа Су-30МКИ, Су-33 и Су-34. Механизация крыла представлена поворотным носком (в котором на серийных самолетах, вероятно, будут размещаться антенны радиолокационного прицельного комплекса, работающие в L-диапазоне), флаперонами и элеронами. Каждая консоль крыла оборудована точками для крепления двух пилонов внешней подвески вооружения. Углы стреловидности передних и задних кромок цельноповоротных консолей горизонтального и вертикального оперения аналогичны соответствующим углам консолей крыла.
Шасси самолета трехопорное, убираемое. На основных опорах, убираемых вперед по полету в отсеки на стыке центроплана и воздушных каналов двигателей, размещено по одному тормозному колесу. Размер шин колес основных опор шасси, согласно официальной информации холдинга «Сибур — Русские шины», составляет 1050х365 мм. Управляемая передняя опора шасси, также убираемая вперед по полету (в отсек фюзеляжа за кабиной экипажа), оснащена двумя колесами с диаметром шин около 600 мм, снабженными грязезащитным щитком. Колея шасси составляет около 5 м, база — около 6 м.
Общую длину фюзеляжа (без ПВД) можно оценить величиной около 19,8 м, размах крыла — около 14,2 м, а высоту самолета — около 4,8 м (эти оценки сделаны экспертами «Взлёта» на основе имеющихся фотографий, с учетом опубликованной информации о размере колес основных опор шасси, предположения о неизменном, по сравнению с АЛ-31Ф, диаметре двигателей в районе крепления регулируемых реактивных сопел и стандартном расстоянии между точками крепления пилонов подвески вооружения).
С учетом длительности цикла создания принципиально нового двигателя следующего поколения работы по силовой установке ПАК ФА решено было проводить в два этапа. На первом этапе машину предстояло оснастить глубоко модернизированным двигателем, который создавался на базе серийного АЛ-31Ф с использованием ряда технических решений, разработанных и реализованных при постройке и испытаниях опытных двигателей пятого поколения АЛ-41Ф. Благодаря этому планировалось существенно повысить тягу, улучшить расходные характеристики и снизить массу силовой установки.
Председатель НТС (а ранее — генеральный конструктор) НПО «Сатурн» Виктор Чепкин рассказывал в интервью журналу «Двигатель» в январе 2002 г.: «Как вы знаете, был объявлен конкурс на головного разработчика истребителя пятого поколения и, соответственно, на двигатель. Мы в этом конкурсе выступаем совместно с АВПК «Сухой». Проект такого мотора у нас есть, более того, мы такой мотор запустили в производство, не дожидаясь всех распорядительных документов, и в середине мая (2002 г. — прим. ред.) планируем собрать первый такой двигатель. Он называется АЛ-41Ф1А (литера «А» означает, что это первая стадия работы). Это двигатель в размерности АЛ-31Ф, т. е. несколько меньшей, чем АЛ-41Ф, но в него внедрены все технологии, использованные на АЛ-41Ф. Там есть все, что мы наработали за 15 лет: новинки в области применяемых материалов, расчетов, конструкции, высокотемпературного цикла. Хотел подчеркнуть, что мы считаем его не просто двигателем, но программой, которая рассчитана примерно на 15 лет. Т. е. у нас есть программа совершенствования узлов, разработанная как самостоятельно, так и совместно с ЦИАМ, и которая будет постепенно, в три этапа, внедряться».