Марккуле бурная деятельность и резкость Скотта казалась странной. По мере того как подходили к концу четыре года, которые он обещал работать в Apple, Марккула все больше впадал в спячку. Весь последний год он занимался делами формально, брал длительные отпуска и все больше времени проводил с семьей. Он много катался на лыжах, любил летать на своем новом самолете в такие места, как Сан-Валли, а в свободное время проектировал загородные дома. Марккула явно собирался в отставку. Apple даже согласилась заплатить рекрутинговой компании 60 000 долларов, чтобы найти ему замену. Когда в начале 1980 года начались трудности, Скотт попросил Марккулу взять половину обязанностей по управлению компанией на себя. Марккула отказался, но потом, когда он увидел поведение Скотта, ему пришлось изменить свое решение. Джобс был слишком молод и неопытен, чтобы руководить бизнесом, а подходящего кандидата, способного быстро заполнить брешь, тоже не нашлось; кроме того, никто не знал Apple лучше Марккулы. Таким образом, Марккула скрепя сердце согласился возглавить компанию в переходный период, пока не найдется подходящий кандидат.
Скотт не догадывался о тайном заговоре. В решающий момент он уехал в короткий отпуск на Гавайи, где вылечился наконец от синусита. Он даже не подозревал, что происходит в Купертино, где Марккула пригласил к себе высшее руководство компании. Это было странное совещание, на которое не позвали некоторых руководителей, в том числе верных союзников Скотта. Маркула устроил открытое голосование, обходя стол по кругу и переходя от злейших врагов Скотта к тем, кто его поддерживал. Вернувшись из отпуска, Скотт обнаружил на автоответчике сообщение: это звонил Марккула, он просил разрешения приехать для серьезного разговора. Беседа была недолгой. Марккула объявил: "Скотти, руководящий персонал проголосовал за твое увольнение". Направляясь к двери, Марккула попросил Скотта утром подать заявление об уходе в письменном виде.
Никто не отрицал вклада Скотта в успех компании. За сорок восемь месяцев он помог превратить бизнес, размещавшийся в гараже и объединявший странных упрямцев, в публичную, структурированную, международную корпорацию с ежегодным оборотом в 300 миллионов долларов. Кое-кто в Apple считал, что Скотт стал жертвой нечестной игры и кровавого заговора. Инженер Венделл Сандер считал, что "он умел смотреть вперед, но не любил оглядываться". Венчурный капиталист Дон Валентайн считал деятельность Скотта в Apple самой успешной среди семидесяти компаний, в которые он вкладывал деньги.
Марккула, со своей стороны, объяснял, что увольнение Скотта "было вопросом стиля управления. Скотти предпочитал диктатуру, которая была хороша на ранних этапах, и я надеялся, что с развитием компании этот стиль изменится". С уходом Скотта исчез дисциплинирующий стержень, который пронизывал всю компанию, побуждая принимать жесткие решения, а также обуздывать Джобса, загоняя его в корпоративные рамки.
Многие в Apple тайно радовались — в основном это были те, кто не понимал масштаба достижений Скотта. Серьезные перемены были скрыты от сотрудников малосодержательной служебной запиской, в которой говорилось о перестановках в руководстве компании. Марккула взял на себя обязанности Скотта как президента компании, а Джобс стал председателем совета директоров вместо Марккулы. Скотту же досталась освобожденная Джобсом должность вице-председателя. "Мы решили, — поясняла записка, — провести ротацию обязанностей среди высшего руководства, чтобы максимально эффективно использовать возможности и энергию каждого". Документ получился настолько обтекаемым, а перемены такими незаметными, что директор венчурной фирмы Артур Рок даже похвалил вице-президента по коммуникациям за то, как мастерски это было проделано. После того как Скотт написал заявление об уходе, Джобс и другие попытались компенсировать ущерб, предложив ему руководить переходом Apple на более мощную информационно-управляющую систему, и в течение нескольких недель все делали вид, что ничего особенного не произошло. Скотт даже организовал презентацию новой системы, но в конечном итоге все бросил, оставив гневное письмо, в котором выражал недовольство "лживыми, подхалимскими, авантюрными планами, желанием "прикрыть свою задницу" и строителями империи".
Скотт тяжело переживал расставание с Apple. Пребывая в мрачном настроении, он считал, что его незаконно лишили власти, и мечтал вернуться в компанию и поувольнять всех вице-президентов. Род Холт понимал, как сильно Скотт привязан к Apple: "Скотти всю свою жизнь посвятил Apple Computer. Ему просто некуда было идти. Скотти всегда был занят. Вся его жизнь была отдана работе. Ему было не до эмоциональных переживаний, запоя или похмелья".