Первые дни своего пребывания в Вильне М. Н. Муравьев посвятил заботам об улучшении состояния войск, находившихся в пределах Северо-Западного края. Прежде всего он улучшил их материальное положение, потом постарался поднять их упавший дух и затем правильно распределил их по губерниям и уездам для скорейшего уничтожения бродивших мятежных шаек. По словам очевидцев, войска с первых же дней приезда Михаила Николаевича Муравьева в Вильну привязались к нему в высшей степени, особенно гвардейцы, и готовы были идти на все.
После этого М. Н. Муравьев с целью скорейшего подавления восстания издал так называемую полицейскую инструкцию. Суть ее в следующем: военное положение вводилось по всему Северо-Западному краю; устраивались сельские караулы по деревням и селам для надзора за проезжающими и для ограждения жителей от нападения мятежников;
приказывалось в три дня обезоружить всех помещиков, шляхтичей, ксендзов и католических монахов;
предписывалось войскам разыскивать и истреблять мятежные шайки; на имения помещиков, духовных лиц и монастырей, содействующих прямо или косвенно мятежу, налагается секвестр и самые хозяева предаются военному суду.
Обнародовав свою военно-полицейскую инструкцию, Михаил Николаевич занялся рассмотрением виновности тех лиц, которые арестованы были еще при Назимове и подвергались суду. Немедленно приказал постановить приговоры и привести в исполнение.
Во второй месяц своего пребывания в Вильне Михаил Николаевич Муравьев занялся рассмотрением просьб тех служащих лиц польского происхождения, которые еще при Назимове изъявили желание выйти в отставку.
Дело вот в чем: в начале мая 1863 года большая часть мировых посредников и предводителей дворянства из поляков, а также масса чиновников-поляков, служивших в разных ведомствах, подали прошения об отставке.
В этих просьбах было употреблено много дерзких выражений против русского правительства. Цель подачи прошения была, конечно, одна: усилить смуту.
Назимов был испуган этим общим заговором чиновников, оставлявших службу, а потому оставил эти просьбы без разрешения. Но Михаил Николаевич Муравьев, рассмотрев эти просьбы и зная настоящую цель этой манифестации, ответил на нее по-своему; он немедленно отрешил от должностей всех подавших прошения, а тех из них, которые употребили дерзкие выражения в своих просьбах или были замечены в тайных заговорах против правительства, приказал арестовать и предать военному суду.
Меры, принятые против чиновников, произвели всеобщий страх. Чиновники-поляки десятками стали являться к Михаилу Николаевичу Муравьеву и просить прощения. Многие из прощенных чиновников сделались очень преданными правительству и энергично содействовали усмирению восстания.
В то же время Михаил Николаевич Муравьев сделал воззвание ко всем мятежникам, призывая их смириться и просить прощения. Мера эта имела выдающийся успех: мятежники тысячами стали являться из лесов. Им все было прощено. С них брали только так называемую очистительную присягу и затем водворяли на прежних местах.
Благодаря такого рода энергичной деятельности М. Н. Муравьева, а также быстрому уничтожению шаек и поимки важных преступников, мятеж стал быстро утихать, а к ноябрю и совсем утих.
Между тем о действиях Михаила Николаевича Муравьева и его необыкновенной энергии сделалось известным всей России. Имя его, как великого человека, стало повторяться миллионами уст русского народа, и портреты его появились в сотнях тысяч домов и преимущественно простого народа. Посылались со всех концов России благодарственные адреса с приложением ценных подарков. Первый благодарственный адрес был прислан из Москвы, от знаменитого русского иерарха, митрополита Филарета, с приложением дорогой иконы Архистратига Михаила. Глубоко тронули Михаила Николаевича эти адресы, особенно первый. Относительно этого адреса он сам говорит в оставленных им записках: «Адрес митрополита Филарета был для меня небесным даром; он поддержал нравственные силы мои и укрепил в борьбе с крамолою».
В то же время о деятельности М. Н. Муравьева сделалось известным и за границею. Но там его деятельность представлена была в страшно искаженном виде: там он, благодаря польским выселенцам и польским газетам, очерчен был мрачными красками и изображен каким-то чудовищем, человеком с демоническою натурою, которая только и жаждет крови. По этому поводу из-за границы приехало много иностранных агентов, чтобы воочию убедиться в справедливости тех рассказов, которые распространены по Западной Европе о Михаиле Николаевиче Муравьеве. В числе прибывших, между прочим, особенно замечательны были два лица: корреспондент английского журнала «Daily News» Дей и член английского парламента О’Брейн. Последний приехал с своим секретарем. Г-ну О’Брейну дано было от английского парламента официальное поручение подробно исследовать, что делается в Северо-Западном крае России.