Назначение Михаила Николаевича на пост виленского генерал-губернатора, по словам одного из ближайших его родственников, совершилось так: брат Михаила Николаевича Андрей Николаевич, служивший в Азиатском департаменте, 23-го апреля 1863 года отправился к директору этого департамента Николаю Павловичу Игнатьеву, чтобы взять отпуск в Киев. Будучи в весьма хороших отношениях с Николаем Павловичем Игнатьевым, они разговорились между собою о бедственном состоянии дел в Северо-Западном крае. Во время этого разговора Андрей Николаевич между прочим заметил, что если бы брата его Михаила Николаевича послать туда, то мятеж скоро был бы усмирен, так как Михаил Николаевич хорошо знает этот край по личному опыту. Игнатьев, зная ум, силу воли и энергию М. Н. Муравьева, вполне согласился с Андреем Николаевичем, но при этом спросил его: «Скажите, пожалуйста, как же сделать, чтобы вашему брату вручить управление Литвою, - ведь он, если ему предложить это, не согласится». Андрей Николаевич поспешил ответить на это так: «Правда, брат не согласится принять управление Литвою, если ему предложено будет каким-нибудь министром, но есть другой способ для этого, и он не откажется: пусть сам Государь пришлет к нему фельдъегеря и скажет ему: „Муравьев! Отечество в опасности, спасай его нам, как честный человек и верный сын Отечества! “«.
Между тем, как происходил этот разговор, к Н. П. Игнатьеву явился курьер с требованием его к канцлеру Горчакову с бумагами, которые немедленно нужно везти к Государю Императору. Николай Павлович стал собираться и укладывать нужные бумаги в портфель. Андрей Николаевич Муравьев начал прощаться с Игнатьевым и при этом сказал ему: «Вот ценная минута, воспользуйтесь ею и предложите брата канцлеру». Они расстались.
Николай Павлович Игнатьев, действительно, как теперь известно, воспользовался этою минутою: он сказал Горчакову о Михаиле Николаевиче Муравьеве, а тот Государю.
28-го апреля 1863 года Михаил Николаевич был приглашен к Государю Императору, где ему было объявлено, что он назначается генерал-губернатором в г. Вильну с неограниченною властью для прекращения восстания.
Поблагодарив Государя за оказанную честь и доверие, Михаил Николаевич по выходе из дворца стал немедленно собираться в путь.
1-го мая последовало официальное объявление о назначении Михаила Николаевича Муравьева на новую должность, а 12-го мая М. Н., помолившись в Казанском соборе и приложившись к чудотворной иконе Казанской Божией Матери, находящейся в сем соборе, выехал по железной дороге в г. Вильну.
«Провожавших М. Н., - говорит очевидец, - было множество: сочувствие к нему было большое, на него были устремлены взоры всех, на него все надеялись».
14 мая в 7 часов пополудни Михаил Николаевич прибыл в Вильну и остановился во дворце. На следующий день утром съездил в Духовский монастырь поклониться святым виленским мученикам, а оттуда заехал к известному иерарху Православной русской церкви, митрополиту Иосифу Семашке, у которого пробыл около часу.
По возвращении от митрополита М. Н. сделал общий прием военным и гражданским чиновникам. Он весьма ласково приветствовал военных и благодарил их от имени Государя за труды и верность Престолу и Отечеству; но со строгою и сильною речью обратился к гражданским властям, из которых громадное большинство были поляки. Он напомнил им об их обязанностях, высказал свой взгляд на управление и требовал, чтобы все лица, несогласные с его взглядами на дело, немедленно выходили в отставку.
После приема военных и гражданских чинов М. Н. Муравьев принял православное духовенство; к нему он так же ласково отнесся, как и к военным, и обещал им полную поддержку как нравственную, так и материальную.
На третий день своего приезда, т.е. 16-го мая, М. Н. принял католическое духовенство. Оно явилось к нему вместе со своим епископом Красинским. Михаил Николаевич и католическому духовенству, как и к гражданским чиновникам, обратился со строгою и сильною речью, которую закончил следующими словами: «Я буду милостив и справедлив к честным людям, но строг и беспощаден к тому, кто будет уличен в крамоле. Ни знатность происхождения, ни сан, ни связи, ничто не спасет крамольника от заслуженного наказания».
«Общее впечатление, произведенное генерал-губернатором при приеме, - говорит очевидец, - было самое сильное. Все видели пред собою человека твердого и проницательного; тут уже не приходилось шутить и надо было переходить или в тот или в другой лагерь».
С прибытием М. Н. Муравьева в г. Вильну началась кипучая деятельность: все стали работать, начиная от мелкого чиновника и кончая самим генерал-губернатором. Михаил Николаевич вставал в 6 часов утра; в 7 часов садился за работу и продолжал заниматься без перерыва до 5 часов вечера; в 5 ч. обедал; три часа отдыхал, а затем в 8 часов вечера снова садился за работу и не отрывался от нее до часу ночи.