В записке, поданной Государю 14 мая 1864 года, он говорит, что в интересах усмирения мятежа и умиротворения края необходимо заселять его русскими, в том числе и старообрядцами, а также отводить землю отставным солдатам, которых помещики изгоняют из селений. Для русских поселенцев предполагалось отводить как казенные, так и особенно конфискованные и секвестрованные имения, а также земли, оставшиеся после выселения в центральные губернии России неблагонадежных в политическом отношении лиц с их семействами из непривилегированного сословия.
После Высочайшего одобрения и утверждения этой записки Михаил Николаевич Муравьев исходатайствовал для русских поселенцев некоторые льготы по отношению разных повинностей.
Так, русские поселенцы в Северо-Западном крае в течение трех лет освобождались от платежа оброка за земли и от всех других повинностей, даже от рекрутской. Русским переселенцам отводились преимущественно земли, оставшиеся после выселения неблагонадежных семейств, а из казенных и других свободных земель (конфискованные и секвестрованные) отводились только пограничные с Царством Польским да в лесах, где были гнезда мятежников.
Непродолжительность службы М. Н. Муравьева в Северо-Западном крае была причиною того, что вопрос о поселенцах не мог осуществиться в тех широких размерах, в каких он предполагал.
Далее, М. Н. Муравьев обратил внимание на состояние Православия в Северо-Западном крае.
Прежде всего он улучшил материальное состояние лиц православного духовенства, как главных проводников русских начал среди польско-католического населения. Для этой цели он исходатайствовал у правительства на содержание духовенства ежегодной прибавки четыреста тысяч рублей. Кроме того наделил их достаточным количеством земли и приказал построить для духовных лиц казенные помещения.
Затем для поднятия Православия М. Н. Муравьев исходатайствовал у правительства огромную сумму денег на приведение в более благолепный вид православных храмов в Северо-Западном крае, которые, как известно, до 1863 года находились в самом печальном положении, тогда как костелы блистали своею внешностью.
Приступая к обновлению православных храмов в Северо-Западном крае, Михаил Николаевич начал с города Вильны. В этом городе он поправил и обновил четыре храма, именно:
Пречистенский собор. Это, как известно, один из древнейших православных храмов в г. Вильне. Храм этот построен Ольгердом (в православии Алексеем) в 1346 году, где он и сам похоронен. В 1609 году храм этот был отнят у православных и отдан униатам. В 1800 году в нем прекращено было богослужение и самый храм обращен был в хлебный магазин, а потом - по ходатайству польского магната Адама Чарторыйского - в анатомический театр, и наконец - в еврейскую кузницу. В настоящее время этот храм, благодаря М. Н. Муравьеву, представляет один из величественных храмов в Северо-Западном крае.
Пятницкую церковь. Эта церковь основана первою супругою Ольгерда Мариею Васильевною в 1345 году. Она тоже была отнята у православных и находилась в развалинах.
Николаевскую церковь. Это самая древнейшая из православных церквей в Вильне: она уже была при Гедимине, т.е. в 1316 году.
Кафедральный Николаевский собор.
В других городах Северо-Западного края, а также в селах и деревнях Михаил Николаевич Муравьев много воздвигнул новых храмов и массу старых ремонтировал. К сему времени, между прочим, относится восстановление при церквах древних православных братств и попечительств.
После этого Михаил Николаевич Муравьев обратил внимание на народное образование, на школы. Зная хорошо, что школа после религии имеет громадное значение в деле упрочения православно-русских начал в Северо-Западном крае, М. Н. Муравьев совершенно преобразовал ее: из польской сделал русскую. Прежде всего вырвал учебные заведения из рук католического духовенства. Затем уволил (с пенсиями, впрочем) от службы в учебных заведениях всех преподавателей польской национальности и сделал распоряжение, чтобы во всех заведениях шло преподавание исключительно на русском языке, не исключая и Закона Божия, а также чтобы и вся переписка шла на русском языке. Особенно же душевное внимание он обращал на образование и воспитание крестьян; при его щедрой денежной поддержке и указаниях учебным начальством открыт целый ряд народных училищ даже в самых глухих углах Северо-Западного края. Таким образом положено было крепкое начало народного развития в духе православной веры и любви к Царю и Отечеству.
Вслед за этим М. Н. Муравьев обратил внимание на книги и брошюры и другие предметы, распространенные среди народа. Оказалось, что большинство их имело целью пропаганду в чисто польско-латинском духе. Поэтому Михаил Николаевич Муравьев распорядился выписать для распространения в народе Северо-Западного края десятки тысяч православных молитвенников для православных и учебников для школ, написанных в русском духе, картин духовного содержания, портретов Государя Императора и Государыни Императрицы и т.п.