Кровотечение продолжалось у Фрунзе и в Крыму. Он на глазах худел, его валила слабость. Лечащий врач рекомендовал Михаилу Васильевичу отменить прогулки, охоту, предписал абсолютный покой. Сталин выразил озабоченность состоянием здоровья Фрунзе и настойчиво советовал ему ехать в Москву, чтобы лечь в больницу и фундаментально лечиться, но тот не соглашался. Тогда из столицы были вызваны медицинские светила — профессора В. Н. Розанов и А. М. Касаткин с высококвалифицированным обслуживающим медперсоналом. После двухнедельного наблюдения за больным и интенсивного лечения профессора пришли к выводу: нужно пациента вести в Москву, там будут определены дальнейшие действия — либо продолжать терапию, либо делать операцию.
«Приехавшие врачи убедили Фрунзе ехать в Москву», — вспоминал позже Ворошилов.
29 сентября Михаил Васильевич с доктором Мандрыкой и с ними семья Ворошиловых на двух автомобилях отправились из Мухалатки в Симферополь, где сели в поезд и — в столицу.
Фрунзе положили в Кремлёвскую больницу. Личного врача Мандрыку к Михаилу Васильевичу не подпустили. Несколько дней шло лечение и обследование. Всё это время палата № 19, куда поместили наркома, напоминала собой его рабочий кабинет. Он читал документы, подписывал приносимые работниками наркомата бумаги, встречался с должностными лицами, беседовал с друзьями, соратниками.
8 октября 1925 года состоялся первый консилиум. В нём участвовали наркомздрава Николай Семашко, врачи Николай Бурденко, Алексей Мартынов, Владимир Розанов и другие специалисты. Они сделали заключение:
«1. М. В. Фрунзе болен язвой в области двенадцатиперстной кишки и остатками инфлуэнции[259], начавшейся по пути из Крыма в Москву.
2. Болезнь, ввиду её упорства и наклонности к кровотечению, требует оперативного вмешательства.
3. Для ликвидации явлений инфлуэнции, дополнительных исследований и подготовки к операции больной должен ещё некоторое время (не меньше 10 дней) оставаться в больнице».
Второй консилиум 24 октября подтвердил диагноз — язва двенадцатиперстной кишки. Рекомендация — «предложить оперативное вмешательство». Рекомендацию подписали консультанты: Левин, Плетнёв, Розанов, Греков Френкель, Мартынов, Ланг, Крамер, Бурденко, Капкин.
Узнав об этом решении, Мандрыка запротестовал: на каком основании вынесен безапелляционный вердикт «оперировать!»? Доктор Павел Иванович Елистратов свидетельствует, что многие из консультантов не только не участвовали в глубоком обследовании Фрунзе, но даже не осматривали его. Мандрыка требовал отменить операцию. Но ему сказали: решение консилиума утвердил товарищ Сталин. Мандрыка просил — уж если поступило такое распоряжение, то не применяйте при операции общей анестезии. Ни в коем случае не давайте Фрунзе наркоз...
В последней декаде октября «Правда», «Известия», «Рабочая газета» и ряд других изданий стали помещать на своих страницах краткие заметки с заголовком «Состояние здоровья наркомвоенмора и председателя РВС СССР тов. М. В. Фрунзе». В них сообщалось, что для ликвидации болезненных явлений со стороны желудочно-кишечного тракта товарища Фрунзе, согласно заключению профессоров, поместили в Боткинскую больницу.
Кремлёвская больница в те годы не имела хирургического отделения, её только начинали обустраивать, насыщать современным по тем временам медоборудованием для полноценного лечения высшей номенклатуры страны. Государственных, партийных чиновников оперировали в Боткинской (в прошлом Солдатёнковской) больнице.
Эта больница была построена на деньги фабриканта Козьмы Терентьевича Солдатенкова в 1910годуна 12 гектарах земли на Ходынском поле, близ Петровского парка. Солдатенков умер в 1901 году, но оставил завещание, в котором изложил своё желание, чтобы за счёт пожертвованных им более двух миллионов рублей «устроить и содержать в Москве бесплатную больницу для всех бедных без различия сословий, званий и религий под названием “больница Солдатенкова”».
Больница имела семь корпусов: терапевтический, хирургический, дифтерийный, скарлатинный, инфекционный, «для смешанной инфекции» и приёмный. В ней применялись новейшие методы лечения, анестезия, наркоз, асептики. Здесь работали лучшие столичные медицинские специалисты, такие как знаменитый терапевт Фёдор Александрович Гетье (с 1919 года лечащий врач Ленина и Троцкого), крупнейший хирург своего времени Владимир Николаевич Розанов (заведующий хирургическим отделением больницы), известный патологоанатом Алексей Иванович Абрикосов и другие.
В 1920 году Солдатенковскую больницу переименовали в Боткинскую в честь выдающегося терапевта и клинициста Сергея Петровича Боткина.
28 октября палату № 19 в «Кремлёвке» Фрунзе сменил на палату № 33 в «Боткинке».
На следующий день в 12 часов 40 минут Михаила Васильевича начали оперировать. Очкин ввёл анестезию. Фрунзе плохо переносил наркоз, поэтому трудно засыпал. Для общего обезболивания вначале было применено 140 граммов эфира, Фрунзе не засыпал, и Очкин перешёл на анестезию хлороформом. Лишь через 30 минут приступили непосредственно к операции.