Успокоившись на месяц, Карл затребовал продовольствие и одежду для своих солдат и приветствовал присоединение новых кланов. Людовик XV прислал ему из Франции деньги и оружие. 8 ноября счастливый принц пешком переправился в Англию с 4500 человек; он осадил и захватил Карлайл; его приветствовали в Манчестере; он продвигался к Дерби, надеясь своим драматическим продвижением пробудить Англию принять его как законного короля. Он выпустил прокламацию, в которой клялся, что англикане и пресвитериане должны терпеть от него, римского католика, не больше вреда, чем они получили от Георга I, лютеранина.72 Англия не поверила ему и не предложила начать заново изнурительную борьбу молодой веры со старой. Хотя почти никто в Англии не восстал против Карла, лишь горстка английских рекрутов пришла ему на помощь. Английские якобиты играли в безопасности.
Георг II поспешил вернуться из Ганновера, чтобы защитить свой трон от угрозы, и приказал трем английским армиям сойтись у Дерби. Чарльз был за то, чтобы проигнорировать их и со своими шестью тысячами человек броситься на Лондон, но его шотландские вожди отказались следовать за ним. Они указали на то, что каждая из правительственных армий насчитывает десять тысяч человек, что они, находясь в его тылу, будут преследовать его и вскоре одолеют, и что восстания якобитов, которое он им обещал, нигде не видно; они настаивали на возвращении в Шотландию, где они могли бы собрать больше кланов и получить подкрепление из Франции. Чарльз уступил и возглавил печальное отступление от Дерби до Глазго. В близлежащем Фалкирке с девятью тысячами человек он разбил десятитысячное английское войско под командованием Хоули (17 января 1746 года). Но это была пиррова победа. Его армия была ослаблена потерями и дезертирством, припасы заканчивались, зарплату платили овсянкой, вожди ссорились, как кланы. Они снова советовали отступить. Принц умолял стоять; он не видел в дальнейшем отступлении ничего, кроме распада и гибели; почему они должны бежать от врага, не более сильного, чем тот, которого они победили? Он снова уступил; но теперь он знал, что побежден. Шотландская армия повернула назад, к Горным горам. Пессимизм ее вождей пронесся по рядам; дезертирство исчислялось тысячами; осталась не столько армия, сколько недисциплинированная и удрученная толпа.
Тем временем основные английские силы под командованием герцога Камберленда вошли в Шотландию , взяли под контроль восточное побережье и получили в Лейте подкрепление в виде пятисот гессенцев, привезенных Георгом II из Австрии. С 8 800 человек Камберленд двинулся на север, в графство Инвернесс. Там, на Каллоденском болоте, 16 апреля 1746 года, Карл столкнулся с семью тысячами человек, плохо вооруженных, плохо накормленных и плохо руководимых. Они сражались с шотландским мужеством, но были разбиты превосходящей артиллерией Камберленда, стрелявшей грапшотами - "мешками с шарами" (по словам шотландского поэта), которые "сбивали их, да, счет за счетом, как падает трава перед косилкой".73 Чарльз бешено скакал, пытаясь собрать своих отступающих людей, но они обратились в стремительное и индивидуальное бегство. Его помощники заставили его покинуть поле боя, схватив уздечку его лошади. Сломленный духом, он бежал с несколькими друзьями и скрывался от одного убежища к другому, повторяя, с ушедшей славой, историю Карла II. Наконец (20 сентября) он нашел судно, которое доставило его обратно во Францию.
Камберленд преследовал своих разбитых врагов с приказом "Никакой четверти": каждый мятежный шотландец должен был быть убит на месте. В домах проводились обыски; шотландцев, у которых находили оружие, без промедления расстреливали; кланы, верные Георгу II, расправлялись с кланами, присоединившимися к восстанию; сотни домов были сожжены.74 "Мягкие меры не помогут, - говорил герцог, - все, что мы сделали хорошего, - это лишь небольшое кровопускание, которое лишь ослабило безумие, но не излечило его".75 И действительно, мятежные кланы снова и снова пытались возобновить восстание. Еще десять лет якобиты Шотландии пели и мечтали о прошлых поражениях и грядущих победах, пока их вера не была сломлена вырождением их некогда прекрасного принца в Риме.
Договор Экс-ла-Шапель (1748) между Англией и Францией требовал изгнания Карла с французской земли. Он отказался повиноваться; его насильно выдворили французские войска; он вернулся под видом маскировки в Париж и даже, в 1750 году, в Лондон, тщетно пытаясь возродить дело якобитов, тщетно обещая отречься от католической веры.76 Признав в конце концов свое поражение, он впал в такое пьянство и разврат, что все крупные католические державы отреклись от него. Он умер в Риме в 1788 году в возрасте шестидесяти восьми лет. За тридцать лет до этого Вольтер написал справедливую эпитафию второму восстанию якобитов: