Внедрение в ЦК 2

В Томск Пепеляев прибыл в начале марта 1918 года. Там он встретил своего давнего друга, капитана Достовалова, который ввёл Пепеляева в тайную офицерскую организацию и возглавляемую полковниками Вишневским и Самароковым. Пепеляев был выбран начальником штаба этой организации, которая планировала свержение большевиков, захвативших власть в городе.

26 мая 1918 года готовившийся к антибольшевистскому восстанию отряд Пепеляева, скрывавшийся в Иоанно-Предтеченском монастыре города Томска, неожиданно столкнулся с «визитом» практически всего личного состава губернского ВЧК, прибывшим для репрессий монахов и реквизиции монастырских ценностей. В ходе вспыхнувшего боестолкновения пепеляевцы полностью уничтожили отряд чекиста Кривоносенко. На следующий день руководители томского губернского совдепа спешно покинули Томск на нескольких пароходах, вывозя собранные на них реквизированные ценности «томской буржуазии». На период с 28 мая по 2 июня власть в губернской столице де-факто никем не осуществлялась. 2 июня 1918 года власть переходит к Западно-Сибирскому комиссариату ВПАС, в конце месяца формируется Временное Сибирское правительство (ВСП) под руководством Петра Вологодского. В последующие дни новое правительство региона было поддержано населением, вооружёнными формированиями офицерства бывшей Русской армии, а также чехословацким корпусом, находившимся на всём протяжении сибирской части Транссиба. Томским офицерством и формированием военной власти командовал подполковник Анатолий Пепеляев, который создал и возглавил в июне 1918 года 1-й Средне-Сибирский корпус ВСП. Поддержал идею создания штурмовых частей.

Со своим корпусом Пепеляев двинулся по Транссибу на восток, чтобы освобождать Сибирь от большевиков.

Западнее Читы части корпуса Пепеляева соединились с забайкальскими казаками Семёнова. Встреча самих военачальников произошла в конце августа или начале сентября на станции Оловянная.

За этот поход Пепеляев был произведён в полковники.

По приказу образованной в Уфе Директории корпус Пепеляева перебрасывался на запад Сибири, а сам Анатолий Николаевич производился в генерал-майоры, благодаря чему он становился самым молодым генералом в Сибири (27 лет).

С октября 1918 его части находились на Урале. В ноябре Пепеляев начал пермскую операцию против 3-й армии красных. Во время этой операции произошёл переворот в Омске, который привёл к власти адмирала Колчака. Пепеляев сразу признал верховную власть адмирала, так как не поддерживал эсеров, входивших в Директорию.

25 декабря 1918 войска Пепеляева заняли брошенную большевиками Пермь, взяв в плен около 20 000 красноармейцев, которых по приказу Пепеляева всех отпустили по домам. В связи с тем, что освобождение Перми пришлось как раз на 128-ю годовщину взятия крепости Измаил Суворовым, солдаты прозвали Анатолия Николаевича «Сибирским Суворовым». За взятие Перми был награжден орденом Святого Георгия 3 степени.

В январе Пепеляев был произведён в генерал-лейтенанты.

В декабре 1919 года произошёл конфликт между Анатолием Николаевичем и Колчаком. Когда поезд верховного правителя России прибыл на станцию Тайга, он был задержан пепеляевскими войсками. Пепеляев прислал Колчаку ультиматум о созыве Сибирского земского собора, отставке главнокомандующего Сахарова, которого Пепеляев уже приказал арестовать, и о расследовании сдачи Омска. В случае невыполнения Пепеляев грозил арестом Колчака. В тот же день в Тайгу прибыл брат Пепеляева, Виктор Николаевич, который был премьер-министром в колчаковском правительстве. Он «помирил» генерала с адмиралом. В результате Сахаров был смещён с должности главнокомандующего.

В декабре Пепеляев был выбит из Томска и бежал по Транссибу. Вместе с ним бежали его жена, сын и мать. Но так как Анатолий Николаевич заболел сыпным тифом и был помещён в санвагон, он был разлучён со своей семьёй. В январе 1920 Пепеляев был доставлен в Верхнеудинск, где он и выздоровел. В марте Пепеляев из остатков 1-й армии создал Сибирский партизанский отряд, с которым ушёл в Сретенск. Но так как он находился в подчинении у атамана Семёнова, а тот сотрудничал с японцами, Пепеляев решил покинуть пределы России и уже в начале апреля 1920 вместе с семьёй выехал в Харбин. Там он зарабатывал на жизнь, будучи плотником, извозчиком, грузчиком и рыболовом. Организовал артели плотников, извозчиков и грузчиков.