В 1907 году Франклин окончил Колумбийский университет, однако получать диплом не стал, вместо выпускных сдал экзамены нью-йоркской коллегии адвокатов и поступил стажером в юридическую фирму
Франклин без устали колесил по своему округу, встречаясь с избирателями, особенное внимание уделяя фермерам, традиционно сочувствующим республиканцам. В предвыборной кампании 1912 года он активно поддерживал Вудро Вильсона – и когда тот победил, в знак признательности назначил Рузвельта на давно намеченный им пост заместителя министра военно-морского флота США. На этом посту Рузвельт проработал семь лет, всячески заботясь о расширении и укреплении флота. Он принимал самое активное участие в создании резервного флота США и в написании конституции Гаити, которую США ввели там в 1915 году. Накануне Первой мировой войны он пытался баллотироваться в Сенат, но, проиграв еще на стадии первичных выборов, вернулся в министерство. Во время войны Рузвельт был ярым сторонником строительства подводных лодок, предлагая использовать их против немецких судов, а также составил план строительства минного заграждения через Северное море из Норвегии в Шотландию. В 1918 году он с инспекцией посетил американские военно-морские базы в Великобритании и Франции, впервые встретившись с Уинстоном Черчиллем.
Из поездки он вернулся с двусторонним воспалением легких; Элеонора, разбирая его чемоданы, нашла в них любовные письма, которые писал ее муж – и адресатом которых была не она. Много лет спустя она рассказала своему биографу Джозефу Лашу: «Земля ушла у меня из-под ног. Весь мир рухнул в одночасье. И я впервые честно взглянула на себя, на то, что меня окружало. Я как бы заново выросла в тот миг». Оказалось, что у Франклина уже несколько лет был роман с Люси Мерсер, которая работала секретарем самой Элеоноры. Высокая красавица с роскошными волосами и прекрасным бархатным голосом, она сначала заменяла миссис Рузвельт, пока та отдыхала с детьми, на приемах и балах, а затем и в постели Франклина. Они вместе совершили круиз по реке Потомак, а затем провели уикэнд в городке Вирджиния-Бич, зарегистрировавшись в мотеле как супруги.
Узнав обо всем, Элеонора послала за Сарой, а потом в ее присутствии предъявила Франклину ультиматум: если тот хочет оставаться с Люси, пусть разводится, если нет – он должен обещать никогда с ней больше не встречаться. Говорят, Франклин был склонен развестись, но Сара намекнула ему, что в таком случае она лишит его наследства, да и с политической карьерой можно будет распрощаться: никто никогда не проголосует за разведенного, бросившего жену с пятью детьми. И Франклин пообещал бросить Люси.
По мнению биографов, все это сильно изменило их брак. Элеонора, для которой плотская сторона брака, несмотря на все усилия мужа, всегда оставалась лишь тяжкой обязанностью, с этих пор окончательно переселилась в отдельную спальню. Из супругов они окончательно превратились в друзей и соратников, объединенных общими интересами, взаимным уважением, но не любовью… Одному из своих друзей она призналась: «У меня память как у слона. Я могу простить, но я не могу забыть». Со временем они зажили отдельными домами, хотя и оставались под одной крышей; когда в 1942 году Франклин – ввиду своего ухудшающегося здоровья – предложил ей вернуться и снова создать семью, она отказалась.