Для начала Молотов навязал Литве отставку министра внутренних дел К. Скучаса и начальника департамента полиции А. Повилайтиса, а затем потребовал их отдачи под суд. Затем Молотов добился формирования в Литве правительства, которое «было бы способно и готово обеспечить частное проведение в жизнь советско-литовского договора и… решительное обуздание договора». Это означало отставку буржуазного правительства и создание просоветского. На наш взгляд, такую акцию можно назвать бескровным переворотом, совершенным извне и по согласию… свергаемого правительства. Впрочем, история знает и не такие парадоксы внешней политики. Молотов поставил жесткий срок для ответа — до 10 часов утра 15 июня. Задержка ответа означала немедленные силовые действия с советской стороны. Это был ультиматум, и Урбшис дал удовлетворяющий Молотова ответ за 15 минут до истечения назначенного времени.
А 16 июня Молотов сделал латвийскому и эстонскому посланникам аналогичные заявления. Поздно вечером 16 июня правительства поставленных на колени двух республик дали положительные ответы. Для видимости соблюдения международного законодательства Сталин и Молотов назначили комиссию для переговоров при формировании новых правительств. Эта комиссия действовала совместно с советскими посланниками, заранее проинструктированными. Уполномоченными в этом деле были: в Литве — В. Г. Деканозов, в Эстонии — А. А. Жданов, в Латвии — А. Я. Вышинский. Все — одиозные личности, верные подручные Сталина, активные распорядители террора в СССР.
Уполномоченные привезли из Москвы заранее утвержденные списки кандидатов в члены будущих правительств. Эти кандидатуры были также обсуждены с советскими полпредами в Прибалтике, хорошо знавшими местные просоветские кадры, Для видимости с президентами Литвы, Латвии и Эстонии были устроены обсуждения этих кандидатов на власть. Носили они чисто формальный характер, так как спорить против неугодных кандидатур загнанные в угол президенты не имели никакой возможности: представители Москвы дали им сразу понять, что вопрос предрешен. Предрешена судьба каждой из небольших балтийских стран.
После «одобрения» кандидатур министром-президентом Латвии стал А. Кирхенштейн, премьер-министром, а затем исполняющим обязанности президента Литвы — Ю. Палецкис и премьер-министром Эстонии — И. Варес. В соответствии с «договоренностью», более крупные советские воинские силы вошли в Литву 15-го, а в Латвию и Эстонию — 17 июня 1940 г.
Иностранные наблюдатели, включая германских посланников, отмстили в своих донесениях оборонительный характер советских акций в Прибалтике. Например, германский посланник в Таллине Фровайн сообщал в Берлин, что «поведение русских военных создает впечатление торопливости, нервозности, как будто опасаются нападения». При новых правительствах отношения СССР с Прибалтикой утратили международный характер: все основные действия правительств осуществлялись по директивам из Кремля и его представителей на местах.
Однако как ни старались Молотов и его доверенные полпреды подобрать самых покорных людей из числа прибалтийских левых, среди последних в силу национальной психологии все равно жила тяга хотя бы к ограниченной, но — самостоятельности. В правительствах нашлись люди, «тихо» выступавшие в пользу статуса, схожего с тем, который имела Финляндия в Российской империи: речь идет о широкой внутренней автономии при строе, в целом близком к строю метрополии. Это означало, что прибалтийские страны были бы довольны, находясь под военным и внешнеполитическим протекторатом. А в этом желании содержался намек на установление социал-демократических и народно-демократических режимов, в своей политике ориентировавшихся на Москву.
Но дело в том, как нам известно, что Сталин не мог терпеть социал-демократов, видя в них проводников буржуазной идеологии. В этом смысле он был закоренелым консерватором и не собирался менять своего давно устоявшегося мнения. Германский посол в Таллине докладывал в Берлин, что среди членов правительства и профсоюзных лидеров республики есть люди, «тормозящие процесс советизации». Иными словами, несмотря на полную зависимость прибалтийских республик от СССР, советскому правительству все же требовалось какое-то время для овладения внутриполитической ситуацией в этом регионе.