Когда дело коснулось Литвы, то тут были задеты германские интересы, оговоренные в пакте. 25 сентября Сталин предложил германскому послу Ф. фон Шуленбургу обмен «германской» Литвы на «советское» Люблинское воеводство и часть Варшавского воеводства. Это уже был самый наглый, беззастенчивый торг, причем Сталин торговал литовской территорией. Постыднее ничего нельзя представить для Советского правительства, распинавшегося тогда на весь мир о защите прав трудящихся целых народов, рассуждавшего о единстве каждой национальности. И самое печальное, что в этом гнусном деле главную роль играл Сталин. Предложение было принято немцами и зафиксировано в секретном протоколе, прилагавшемся к договору «О дружбе и границе». Границы, как видим, Сталин и Гитлер кроили по собственному усмотрению в полном смысле слова.
30 сентября Молотов через литовского посла предложил Вильнюсу направить в Москву полномочного представителя по вопросам советско-литовских отношений. 3 октября министр иностранных дел Литвы Ю. Урбшис был уже в Москве. Обратите внимание — Литва «прибиралась» Сталиным к рукам одновременно с решением латышского вопроса. 3 октября — в один день! — Сталин и Молотов встретились с литовской и латышской делегациями.
Тут кремлевские лидеры действовали без церемоний и объявили Ю. Урбшису в лоб, что Германия согласилась считать Литву относящейся к сфере интересов СССР и что необходимо подписать два договора: о возвращении Вильно (Вильнюса) с областью Литве и — о взаимопомощи. Формой договор походил на два ранее подписанных с Эстонией и Латвией, срок договора устанавливался 20 лет. В данном случае количество советских войск на территории Литвы в период «большой войны» в Европе определялось в 50 тыс. человек, Урбшис смело квалифицировал этот проект договора как оккупацию Литвы. Сталин же отверг термин «оккупация», ответив, что «вводимые войска будут подлинной гарантией для этой страны», А Молотов даже пошутил насчет того, что «Эстония подписала точно такой договор и… не жалуется». Было подчеркнуто, что с Латвией тоже вскоре будет заключен такой договор — и это наверняка! — и что отказ Литвы нарушит почти созданную оборонительную систему.
Сталин так часто — обращаем внимание! — открыто говорил о немецкой угрозе, не опасаясь, что его слова через прибалтийские делегации могут быть известны в Берлине, потому что такой тактический маневр при расширении сфер влияния был оговорен с Риббентропом еще 23 августа и подтвержден 28 сентября. Сталин пошел литовцам на единственную уступку — снизил количество советских войск в Литве до 35 тысяч человек. А в итоге согласился разместить на территории Литвы 20 тысяч красноармейцев.
Тяжба об условиях договора продолжалась до 10 октября. Окончательный текст договора Молотов скомпоновал из различных статей советских и литовских проектов. 10 октября договор о передаче Литве Вильно и о взаимопомощи был подписан.
После подписания трех договоров с прибалтийскими странами в них создалось неадекватное восприятие навязанных Москвой пактов. Конечно же, эти народы единодушно не хлопали в ладоши по поводу ввода советских войск. Как отмечали даже западные наблюдатели из посольств, пакты вызвали энтузиазм в среде просоветски настроенной интеллигенции и рабочих активистов. Советские войска приветствовали национальные меньшинства: русские, белорусы, евреи — но опять же это были лица не из зажиточного слоя. В Литве было больше одобряющих, поскольку маленькой стране вернули Виленскую область. Но основная масса населения встретила пакты сдержанно, если не настороженно. Скорее всего, это было вызвано тем, что в октябре 1939 года в разгар западноевропейской войны Германии против Франции и Англии уже мало кто в Прибалтике верил в возможность полностью независимого существования. Такими людьми пакты оценивались, на радость правительств, как необходимая уступка обстоятельствам.
Примечательно, что первоначально СССР в отношении прибалтийских стран действительно проводил политику полного невмешательства в их внутренние дела. Как следует из архивных документов тех лет, Москва выжидала прояснения ситуации на Западном фронте, где Германия активно громила французскую армию и теснила английские части.
В приказе наркома обороны от 25 октября 1939 года, отданном войскам, вступившим в Прибалтику, в частности говорилось: «Разговоры о «советизации» прибалтийских республик в корне противоречат политике нашей партии и правительства и являются безусловно провокаторскими…». И опять же это было временное обещание, но — выполнялось оно… честно. Выполнение Советским Союзом обязательств не вмешиваться во внутренние дела прибалтийских республик отмечалось на декабрьской конференции Балтийской Антанты. По словам литовского посла в Эстонии П. Дсилидс, «все страны констатировали честное выполнение СССР пакта».