Хотя в правление Ксеркса и его преемников Вавилон и утратил свое значение культового центра, он тем не менее продолжал оставаться богатым городом. Земли Южной Месопотамии с ее разветвленной ирригационной системой приносили обильные урожаи; страна была густо населена, а ремесла в ней хорошо развиты и специализированы. Торговля местными продуктами и изделиями, которую монопольно вели большие торговые дома, приносила большой доход. Земля в основном находилась в руках крупных землевладельцев, получивших ее от царя за службу и, в свою очередь, сдававших в аренду. Однако высокие налоги и подати постепенно привели хозяйство в упадок, и во всех областях жизни стало заметно расширяться влияние иранцев. Вавилонские письмо, язык, культура и религия еще поддерживались в немногих сохранившихся храмах, тогда как населением соответствующие знания были постепенно утрачены.
Так как бремя, налагаемое тяжелыми, кровопролитными войнами и произволом сатрапов, продолжало расти, население Вавилонии все больше и больше воспринимало персидское владычество как насилие. Поэтому, когда из Греции на Восток двинулся новый завоеватель и стал приближаться к Месопотамии, его ждали как освободителя.: Этим «освободителем» был Александр Великий из Македонии, победивший в 331 году до нашей эры персов при Гавгамеле и затем вступивший в Вавилон. Как некогда Кира, его встретили ликованием, полагая, что Вавилон может на него рассчитывать. Молодой царь, создавший мировую империю, простиравшуюся до Индии, собирался сделать расположенный в центре этой империи Вавилон своей новой столицей. Он надеялся добиться внутренней консолидации колоссальной империи при помощи слияния религий и объединения разнообразных традиций. Поэтому он включил себя в преемственный ряд вавилонских царей и стал принимать официальное участие в культе прежнего бога города — Мардука. Зиккурат Этеменанки к этому времени, очевидно, совершенно обветшал; ведь после того как статуя Мардука была отправлена Ксерксом на переплавку, здесь не велось никаких строительных работ.
Александр решил выстроить Башню заново, потому что ее восстановление, очевидно, казалось делом невозможным. Но предварительно следовало убрать мощные наслоения строительных обломков. Многие греческие, а позже и римские авторы, описывавшие походы Александра, упоминали Вавилон и его постройки. Так, например, у грека Страбона (60 год до нашей эры — 20 год нашей эры) можно прочесть следующие замечания, касающиеся Башни: «Там же (в Вавилоне. —
В последующей традиции, как и здесь, у Страбона, а также у Диодора и Арриана, Башня считалась гробницей Бела, так как подлинное ее назначение забылось, а представления о характере вавилонской религии оказались утрачены.
У Арриана из Никомедии (около 130 года нашей эры) можно, кроме того, узнать, что расчистка развалин Башни в отсутствие Александра, отправившегося в поход в Индию, велась крайне вяло. Поэтому царь, вернувшись, приказал поставить на эту работу все свое войско. Тот факт, что работы, упоминаемые в письменных источниках, были действительно выполнены, подтверждается данными раскопок. Как уже неоднократно говорилось выше, на месте Вавилонской башни в настоящее время найдено сравнительно мало строительных обломков. Имевшиеся здесь ранее и убранные при Александре остатки Башни обнаружены теперь к западу от Этеменанки. Имеется в виду группа холмов Хомера, достигающих в северной части высоты 16 метров. С помощью вертикальной штольни Кольдевею удалось показать, что эти холмы состоят из нагромождений строительных обломков, тогда как следы самого строения отсутствуют. По-видимому, производя разборку развалин, строительный мусор отправляли сюда по Евфрату, который в греческие времена еще протекал по искусственно измененному руслу, и здесь сгружали. При раскопках холмов обнаружены битый кирпич, остатки асфальта и куски штукатурки, а также обломки кирпичей с надписями времени Навуходоносора II. Очень важным свидетельством является найденный в фундаменте Этеменанки фрагмент цилиндрической надписи Навуходоносора II. Объем сваленных в Хомера строительных обломков, как теперь подсчитали, составляет 300000 кубометров; на их переброску некогда действительно могли уйти 600000 человеко-дней, о плате за которые говорится у Страбона.