В июне продолжались ожесточенные бои на всем Юго-Западном направлении. Ватутин к тому времени возглавил Оперативное управление, одновременно занимая должность заместителя начальника Генерального штаба. В должности начальника Генштаба 26 июня приказом Ставки был утвержден Василевский. Вот как он описывает обстановку того времени: «После неудачи под Харьковом наши войска перешли к обороне. 28 июня гитлеровские войска группы генерал-полковника Вейхса перешли в наступление из районов восточнее Курска. Фашистское командование рассчитывало этим наступлением и ударами из Волчанска на Воронеж окружить и уничтожить войска Брянского фронта, прикрывавшие воронежское направление, а затем поворотом на юг, с дополнительным ударом из района Славянска, уничтожить войска Юго-Западного и Южного фронтов и открыть себе дорогу к Волге и на Северный Кавказ. С этой целью врагом была создана за счет группы армий «Юг» группа армий «Б» (под командованием возвращенного на советско-германский фронт генерал-фельдмаршала фон Бока) в составе 2-й и 6-й полевых, 4-й танковой немецких и 2-й венгерской армий. Для действий на северо-кавказском направлении была создана группа армий «А» во главе с прежним командующим оккупационными войсками на Балканах, одним из организаторов фашистских преступлений в Югославии и Греции генерал-фельдмаршалом В. Листом, в которую входили 11-я и 17-я полевые, 1-я танковая немецкие и 8-я итальянская армии. Всего противник сосредоточил для решения первой задачи к 1 июля 1942 года 900 тыс. солдат и офицеров, более 1200 танков, свыше 17 тыс. орудий и минометов, 1640 боевых самолетов. У нас в составе войск Брянского, Юго-Западного и Южного фронтов к тому времени насчитывалось в общей сложности 1715 тыс. человек, около 2,3 тыс. танков, 16,5 тыс. орудий и минометов, 758 боевых самолетов».
Приведенное Василевским соотношение сил говорит о том, что советские войска должны были успешно противостоять натиску врага. Но сказалась старая, еще не изжитая беда, о которой уже упоминалось — неумение воевать.
Война пришла на малую родину Николая Федоровича. Штаб Юго-Западного фронта располагался в знакомых ему Валуйках, а к родному селу рвались немецкие танки. Широкие наступательные действия противник развернул 28 июня. Армейская группа Вейхса нанесла из района Курска удар в воронежском направлении и, прорвав оборону на стыке 13-й и 40-й армий, уже в первые сутки продвинулась на 40 километров. Через два дня из района Волчанска перешла в наступление 6-я немецкая армия. Положение наших войск на воронежском направлении становилось катастрофическим. Командование Брянского и Юго-Западного фронтов вновь оказалось не на высоте.
«Еще в апреле и первой половине мая, — отмечал Василевский, — Брянский фронт дополнительно получил четыре танковых корпуса, семь стрелковых дивизий, одиннадцать стрелковых и четыре отдельные бригады, а также значительное количество артиллерийских средств усиления. Все эти соединения, поступившие из резерва Ставки, были неплохо укомплектованы личным составом и материальной частью.
В результате к концу июня командование Брянского фронта имело в своем резерве пять танковых и два кавалерийских корпуса, четыре стрелковых дивизии, четыре отдельные танковые бригады. Кроме того, в полосе этого фронта располагалась находившаяся в резерве Ставки полностью укомплектованная и предназначенная для нанесения контрудара 5-я танковая армия.
Можно ли после этого говорить, что Ставка обошла своим вниманием Брянский фронт? Таких сил и средств, которыми он располагал, было достаточно не только для того, чтобы отразить начавшееся наступление врага на курско-воронежском направлении, но и вообще разбить действовавшие здесь войска Вейхса. И если, к сожалению, этого не произошло, то только потому, что командование фронта не сумело своевременно организовать массированный удар по флангам основной группировки противника, а Ставка и Генеральный штаб, по-видимому, ему в этом плохо помогали».
Не только командующий Брянским фронтом генерал-лейтенант Голиков, но и командующий Юго-Западным фронтом маршал Тимошенко допускал серьезные просчеты и никак не мог организовать должного управления войсками. Тяжело было Ватутину, получая сводки с фронта, видеть ошибки своего бывшего командира, человека в военный талант которого он верил. Но обстановка не оставляла времени для сантиментов.
«Генеральный штаб быстро определил угрозу, возникшую на стыке двух фронтов, — пишет в своей книге «Генеральный штаб в годы войны» С.М. Штеменко. — Прежде всех забеспокоился Н.Ф. Ватутин... враг держал в руках оперативно-стратегическую инициативу. В данных обстоятельствах это было чрезвычайно большое преимущество, обеспечивающее гитлеровскому командованию свободу выбора направления удара и возможность создать решительное превосходство сил и средств на этом направлении.
Понимая, насколько сложно маневрировать наличными силами наших фронтов в создавшихся условиях, Н.Ф. Ватутин немедленно доложил И.В. Сталину об угрожающей обстановке...»