Все, что Чокан узнал из экономики, политической жизни, истории, географии, этнографии Кашгара — а собрал он там удивительный по полноте и глубине материал, — далось ему напряженнейшим трудом. Он составлял цельную картину жизни Кашгара по кусочкам, по обрывкам разговоров, по воспоминаниям об исторических событиях, по семейным преданиям. Работа, которой он занимался в Кашгаре, напоминала Чокану, как ему доводилось в Омске сопоставлять и собирать воедино факты из трудов европейских и русских ученых с документами, хранящимися в Омском архиве, с ханскими ярлыками, с повествованиями восточных писателей, с казахскими преданиями и казахской литературой. Не овладей он до поездки в Кашгар опытом исследования истории казахов и не имей он опыта постижения русской изустной истории и русского политического хабара, Валиханов никогда не смог бы написать свой всеобъемлющий труд о Кашгаре, который Егор Петрович Ковалевский назвал гениальным. А гениальность научного отчета Чокана Валиханова о поездке в Кашгар заключалась еще и в том, что, собирая и сопоставляя клочки сведений, он не везде и не всегда мог вести подробные записи. Сколько материалов, причем наиболее ценных, он хранил в памяти — в своей блистательной памяти сына кочевого, поэтического, памятливого народа!
Географический обзор. Исторический очерк. Народонаселение. Правительственная система и политическое состояние края. Промышленность и торговля. И все это о крае, про который до поездки Валиханова европейской науке не было известно почти ничего.
Еще до поездки в Кашгар Чокан встречал в трудах ориенталистов ссылки на «Тарихи-Рашиди» и небольшие отрывки из этого удивительного исторического труда, написанного в середине XVI века Мухаммедом Хайдаром и излагающего события с XIV по XVI век, происходившие в Восточном Туркестане и прилегающих к нему землях, в узбекском и казахском ханствах, у киргизов и уйгуров. Купленное Чоканом в Кашгаре сочинение уйгура Мухаммеда-Садыка Кашгарского «Тазкира-и'ходжаган» («История династии ходжей в Восточном Туркестане») продолжало повествование Мухаммеда Хайдара.
Кроме того, Чокан приобрел с помощью своих ученых друзей в Кашгаре еще четыре ценнейшие книги «Тазкира-и Султан Сутук Бугра-хан» неизвестного автора, содержащие жизнеописание султана Сутук Бугра-хана, гробница которого находилась неподалеку от Кашгара и служила местом паломничества. «Тазкира-и Туглук-Тимур-хан» — жизнеописание Туглук-Тимура, потомка Джагатая. «Рашахат айнель хаят» («Капли, просачивающиеся из источника жизни») — сочинение, содержащее жизнеописания и поучения шейхов и поэтов Средней Азии эпохи средневековья. «Абу-Муслим Марузи» — героический роман, в который вошли многие предания, запечатлевшие подлинные исторические события, происходившие в Хорасане и Мерве.
Изучение истории Кашгара дало Чокану полную картину деятельности ходжей.
То, что он узнал, было до путешествия Валиханова в Кашгар вовсе не известно русским и европейским востоковедам или малоизвестно. Поэтому необходимо здесь изложить вкратце добытые им — сенсационные в его время — исторические сведения.
Историю Восточного Туркестана Валиханов проследил начиная со второго века до рождества Христова. Она состояла из великого множества нашествий и междоусобиц. Оставалось только удивляться живучести и долготерпению здешнего коренного жителя, не покинувшего эту многострадальную землю. И кто бы ни подчинял себе Восточный Туркестан, крестьяне продолжали выращивать хлеб и хлопок, ремесленники — производить ткани и ковры, купцы — торговать с ближними и дальними странами. Впрочем, надо отдать должное и хитроумию завоевателей. И джунгары и китайцы оставляли в неприкосновенности древнюю систему внутреннего управления, всю иерархию местного чиновничества, чтобы было кому выколотить из народа любую непомерную дань.
Завоеватели неизменно являлись с востока. Горы защищали Восточный Туркестан с севера, запада и юга, оказав решающее влияние на судьбу страны. Даже знаменитому завоевателю Тимуру не удалось подчинить Восточный Туркестан своему владычеству. Однако шедший с запада и юга ислам сумел перешагнуть через горы и одержать победу над распространенным среди местного населения буддизмом. Обстоятельства победоносного продвижения религии, ее пути и методы Валиханов проанализировал с большим знанием вопроса. Ислам насаждался в Восточном Туркестане с мечом в руках, ислам пользовался покровительством одного из потомков Чингисхана — хана Туглук-Тимура, жившего в конце XIV века. Шло с запада и сильнейшее духовное влияние. В XIV и XV веках Бухара и Самарканд стали центрами религиозной учености Востока. Один из бухарских чудотворцев, потомок Магомета ходжа Махтуми А’зям, переехал в середине XVI века из Бухары в Кашгар, получил от кашгарских ханов богатые поместья. От этого святого и пошли кашгарские ходжи, составляющие особый привилегированный класс и добившиеся со временем светской власти.