Валиханову стоило немалых трудов воссоздать всю генеалогию кашгарских ходжей и всю неприглядную историю этого теократического правления. Уже после смерти Махтуми А’зяма распри между двумя его сыновьями поделили все население Восточного Туркестана на две враждующие партии, на так называемых белогорцев и черногорцев. Обе партии еще существовали, когда Валиханов приехал в Кашгар. Беседуя и с теми и с другими, он не обнаружил противоречий в толковании учения Магомета, причиной распри была только борьба отдельных лиц за политическое преобладание. Но Кашгар дорого заплатил за противоборство белогорцев с черногорцами, за грызню между ходжами — претендентами на престол. Междоусобицы способствовали захвату Восточного Туркестана сначала джунгарами — тем самым Галдан-Цереном, врагом Аблая, а потом, к середине XVIII века, Поднебесной империей.
Однако ходжи, укрывшиеся у кокандского хана, сохранили огромное влияние на мусульман Восточного Туркестана. Этим не преминул воспользоваться Коканд, чтобы утвердить свое особое влияние в далекой от Пекина китайской провинции. В 1822 году с необычайной легкостью Джангиру-ходже удалось бежать из Коканда в горы к киргизам. В 1825-м он поднял в Кашгаре восстание против китайского владычества.
Гутковский и Боромбай многое знали о восстании Джангира-ходжи и рассказывали Чокану. Но только в Кашгаре он смог составить полную картину всех тех испытаний, которые выпали на долю кашгарцев. И в Кашгаре он узнал, что Джангира поддерживал не только хан Коканда, при ходже видели английских советников. Многие тысячи кашгарцев храбро сражались под знаменами ходжи, ему удалось одержать несколько крупных побед над китайскими войсками, но в конце концов восставшие были разбиты, а ходжа, выданный киргизами из рода чопбагыш, отвезен в Пекин и там казнен. Победители жесточайшим образом расправились с мирным населением Восточного Туркестана. И народ вновь стал ожидать прихода своих освободителей. В 1830 году брат Джангира-ходжи — Мад-Юсуф-ходжа при поддержке кокандских войск двинулся на Кашгар, захватил город, возвел себя в правители, затем покорил Янысар, Яркенд, Хотан. Но тут хан Коканда, обеспокоенный враждебными действиями Бухары, отозвал свое войско, ходжа тоже поспешил удалиться в Коканд, бросив повстанцев на произвол судьбы. Кашгарцы знали, что их ждет от китайцев. Семьдесят тысяч человек бежали вслед за ходжой в Коканд. А хан Коканда в обмен на обещание удерживать ходжей от борьбы за престол предков выторговал у Пекипа особые права в Кашгаре.
В 1847 году произошел «бунт семи ходжей», подавленный с обычной для китайских властей жестокостью. Спасаясь от расправы, 20 тысяч кашгарцев бежали из города и почти все погибли в горах Теректы от сильных морозов.
Обо всем этом Чокану рассказывали очевидцы событий. Но в их горестных повествованиях он не услышал ни единой нотки осуждения ходжей.
— Кто убьет ходжу, будет навеки проклят, — говорили Чокану и ученые ахуны, и простые ремесленники, приводя в пример Бадахшан. Владелец этой небольшой страны Султан-шах некогда убил ходжу, и с тех пор над Бадахшаном тяготеют несчастья.
В 1855 и в 1856 годах Кичикхан-тюря и Валихан-тюря предприняли несколько походов на Кашгар, но неудачно, им ни разу не удалось прорваться через китайские пикеты. А в 1857 году Валихан-тюря был с восторгом встречен кашгарцами. И все повторилось неотвратимо и закономерно, как уже было много раз. Поборы, бесчинства. И все равно 15 тысяч кашгарцев добровольно ушли за Валиханом-тюря в эмиграцию. Китайцы, захватив Кашгар, начали рубить головы участникам восстания, воздвигли аллею из отрубленпых голов, подвергли разорению деревни, осквернили святые для мусульман гробницы, отрубили голову почитаемому в народе шейху… Словом, делали все для того, чтобы Кашгар радостно отворил ворота следующему претенденту на престол предков.
Беседуя с кашгарцами о живущих в Коканде ходжах, Чокан пытался определить, кто же может возглавить следующее восстание. Ему называли несколько имен, во с наибольшим почтением кашгарцы произносили имя Бузрукхана-тюря, сына Джангира-ходжи. От ахунов Чокан узнал, что Бузрукхан ученый человек. По мнению Нормухаммеда-датхи, этот ходжа был слишком мягок и слабоволен.
Сведения, собранные Чоканом, давали исчерпывающий ответ на вопрос, сочувствует ли народ прежней магометанской династии. Да, Восточный Туркестан пойдет и завтра за любым ходжой. Но восстания ходжей в Кашгаре «не имеют достоинств национально-освободительного движения». Ходжи действуют по указке Коканда, и, таким образом, кашгарские мусульмане жертвуют достоянием и жизнью ради укрепления власти чужеземного хана.
Так он и написал по возвращении в своем отчете, где главное место заняли выношенные им в Кашгаре предложения по развитию русской торговли в Восточном Туркестане.