Якуб-бек тогда еще не объявил себя ханом. Выбросив из Кашгара ходжу Рашэддйна, опиравшегося на восставших дунган, Якуб-бек провозгласил власть чтимого кашгарцами ходжи Будрукхана. Кстати, китайцы все еще отсиживались в цйтадели, куда их загнал в 1863 году Рашэддин. Осенью 1865 года Якуб-бек предложит китайцам сдаться, и осажденные погибнут все до единого, взорвав цитадель. А Якуб-бек будет все меньше считаться с Бузрукханом, тот, боясь за свою жизнь, скроется из Кашгара, Якуб-бек посадит на ханский трон Катта-тюрю (о нем Валиханов тоже упоминал в своем Кашгарском отчете). Потом Якуб-бек отравит Катта-тюрю, будет обливаться слезами на похоронах, вновь призовет Бузрукхана, а в 1867 году отправит ученого ходжу в Мекку, объявит себя ханом, подавит дунганское восстание, принудив массы дунган бежать через Урумчи в Россию. Затем Якуб-бек, пользуясь слабостью Коканда, начнет раздвигать свое государство на север, в Ферганскую долину, пригласит к себе английских охотников на тигров, приютит сына Кенесары Садыка, будет мешать экспедиции Пржевальского и т. п. А в 1876 году придут китайские войска, разгромят Якуб-бека, и тысячи кашгарцев в 30-градусный мороз кинутся бежать через знакомый Валиханову Теректы, и вновь этот жуткий перевал будет усеян трупами, лишь немногих спасет и напишет о том рапорт начальник Ошского уезда майор Ионов.
Бегство через Теректы — вот что провидел Валиханов, наблюдавший из Капала и Тугерека за началом новой смуты. Недаром он писал в своей корреспонденции: «…нам как соседям с этим краем нельзя не обратить внимание на это движение и готовящийся переворот».
Меж тем султаны Старшего жуза во главе с Гази строчили доносы на штабс-ротмистра Валиханова, взявшегося защищать «степной пролетариат». Его обвиняли в распространении между казахами возмутительных слухов. Потом пораскинули умом и сочинили донос, что штабс-ротмистр Валиханов и полковник Тезек вступили в тайные сношения с Якуб-беком. Началось следствие, но дело пришлось закрыть из-за отсутствия «положительных улик», как было написано в одной бумаге. Это не значит, однако, что никто не приходил к Чокану от Якуб-бека. Могли и приходить. В Кашгаре знали, кто он такой. К нему и уговорщика могли подсылать, и убийцу. Существует версия, что Валиханов умер не от туберкулеза, его убили. Все возможно. Однако насчет его истинного отношения к Якуб-беку? Не стоило учинять следствия, достаточно было перечесть кашгарский отчет.
Кашгарский отчет Валиханова, затребованный срочно из архива, лежал на столе начальника Главного штаба генерал-адъютанта графа Гейдена, которому было поручено изучить вопросы кульджинского восстания. И возможно, не случайно именно Гейден докладывал 7 апреля 1865 года военному министру Д. А. Милютину о морах, принимаемых вследствие «вредного влияния, производимого на умы киргизов Семиреченской области штабс-ротмистром Валихановым». Никак невозможно перевести Валиханова в Западную Сибирь. Возражает командующий войсками Западносибирского военного округа генерал-лейтенант Хрущев: «…почет и уважение, которым пользуется род Валихановых между киргизами Сибирской степи, может породить также весьма вредные для спокойствия их последствия». Выход один: «…перевести штабс-ротмистра Валиханова на службу в какой-либо кавалерийский полк внутри империи, где по условиям окружающей его среды пребывание его не может повлечь за собой никаких вредных последствий».
Граф Гейден вышел от Д. А. Милютина с резолюцией: «Перевести в один из кавалерийских полков по выбору самого штабс-ротмистра Валиханова. Генерал-лейтенант Хрущев мог бы ныне же прислать его сюда курьером». 9 апреля распоряжение военного министра полетело телеграммой в Омск.
Почему Валиханов стал так вреден и опасен с точки зрения властей? Почему его торопятся выслать из Семиречья и категорически отказываются принять в Западной Сибири?