После почти целого месяца изнурительного и изматывающего пути 25 сентября 1513 года Бальбоа достиг высокого холма, откуда он мог увидеть Южное море. Здесь он отдал приказ отряду остановиться, а сам один поднялся на вершину холма. Перед его зачарованным взглядом на западе блеснула синева нового моря, которое еще никогда не видели глаза европейца. Бальбоа стал первым из них, он стал его первооткрывателем! Потрясенный до глубины души представшим перед ним зрелищем нового великого открытия, Бальбоа бросился на колени и, подняв руки к небу, воздал Всевышнему радостную благодарственную молитву за то, что наделил именно его столь щедрой милостью открыть и увидеть то море, которое уже столько времени по поручению королей разных стран пытались отыскать многие мореплаватели и конкистадоры. После этого излияния благочестивой благодарности охваченный неописуемым восторгом Бальбоа позвал своих людей разделить вместе с ним чувства великой радости перед великим открытием, которое они тоже встретили на коленях. Писарь экспедиции составил список всех испанцев, которые присутствовали при этом эпохальном событии. Их оказалось 65 человек из тех 190, кто начинали поход. Список этот возглавлял заместитель главы экспедиции и его друг Франсиско Писарро. Священник Андрее де Вера произнес при общей поддержке благодарственную Те Deum, а Бальбоа объявил, что называет увиденный с вершины холма залив в честь архангела Михаила Сан-Мигель.
При завершении торжественной церемонии отряд заспешил к берегу неведомого моря, которого он достиг через 4 дня, наполненных новыми радостными ожиданиями и грезами уже теперь легкого пути. Это было достопамятное 29 сентября 1513 года. Оказавшись на великолепном песчаном берегу перед набегавшими лазурными волнами, Бальбоа высоко поднял флаг и королевское знамя Кастильи и Леона и в сопровождении 26 своих соотечественников вошел в теплые, ласковые воды нового для европейцев моря. Затем он поднял свой меч и совершил торжественную церемонию вступления во владение от имени испанской короны морем, землями, берегом и островами. Все участники пригубили соленую воду, чтобы будто нужно было убедиться, что она морская, и потом по сложившемуся обычаю стали обрубать ветки близлежащих деревьев и возводить кресты как символ владения.
Несколько освоившись с новой открытой местностью и дав немного передохнуть своим уставшим людям, Бальбоа отправился в плавание на юг в сопровождении примерно 60 человек. В ходе двухдневного плавания он открыл несколько островов и собрал немало сведений от местных жителей, у которых было обнаружено много золота, о золотоносных реках этого края. Испанцам удалось также обменять у них ножи и бусы на ряд золотых изделий. Завершив первое ознакомительное путешествие по этой небольшой части западного берега американского континента, экспедиция вернулась на его более освоенный восточный берег, где, достигнув деревни дружественного вождя Кареты, участники трудного, но действительно триумфального похода могли получить некоторый отдых. Отсюда их подобрал высланный за ними из Санта-Марии парусник и доставил в Дариен.
Торжествующий сделанным потрясающим открытием Бальбоа спешит сообщить о нем в своем докладе королю, ожидая, что за такое чрезвычайно важное достижение он будет утвержден в должности губернатора Санта-Марии-де-ла-Антигуа, как и было предложено Диего Колумбом около года до этого. К сожалению для Бальбоа и для многих других, эта эпохальная новость, которая подтверждала сообщение Христофора Колумба после его четвертого плавания о существовании узкого перешейка на новом континенте, достигла Испании лишь после отплытия оттуда Педро Ариаса де Авила, известного как Педрариас Давила, назначенного в качестве нового губернатора вместо столь успешно исполнявшего эти обязанности Васко Нуньеса де Бальбоа. В скором времени судьбы этих и других крупных первооткрывателей и конкистадоров переплетутся не только в Санта-Мария-де-ла-Антигуа, но и на других широтах американского континента с самыми неожиданными для большинства из них последствиями.