После торжественного проведения хвалебного молебна в благодарность Всевышнему и Деве Марии воодушевленные историческим открытием мореплаватели устремились в скалистые каньоны пролива. В канале между двумя расширениями пролива Магеллан послал с «Тринидада» лодку на берег — это был первый выход европейцев на южной оконечности американского континента. В этом месте высадившиеся обнаружили труп погибшего кита и кладбище местных обитателей, где около двухсот умерших покоились на поднятых сваях, но живых людей они нигде не встретили. Обилие высоких скал со всех сторон пролива и целый ряд гористых островов порой создавали впечатление, что этот водный проход ведет в тупик, но затем появлялись его новые, иногда многочисленные ответвления, уходившие в разные, а то и в противоположные направления. В одном из таких мест к югу от сегодняшнего мыса Пунта-Аренас Магеллан снова разделил экспедицию, направив «Сан-Антонио» и «Консепсьон» в два очень широких рукава, один из которых уходил на восток, а другой — на юго-восток. Сам же он вместе с «Викторией» продолжил путь по руслу, шедшему на юг. Рукава оказались тупиками, а южный канал вывел Магеллана к множеству островов и водных лабиринтов, где было трудно ориентироваться.
До разделения экспедиции ее руководитель провел совещание со своими капитанами, на котором возник вопрос о том, продолжать ли двигаться вперед или повернуть назад. Все во главе с Магелланом, кроме лоцмана «Сан-Антонио» португальца Эстебана Гомеса, твердо выступили за продолжение намеченного маршрута, и именно это решение было принято. Честолюбивый Гомес все время рассчитывал на получение капитанского поста, а после отстранения Картахены ждал, что он займет его место на «Сан-Антонио», но когда его занял Мескита, затаил обиду и злобу на Магеллана и его слабовольного родственника. Когда «Сан-Антонио» оказался в отрыве от остальных судов во время обследования одного из восточных рукавов пролива, Гомесу удалось подкупом привлечь на свою сторону несколько его крепких моряков, заковать в кандалы Мескиту и затем передать командование каравеллой своему сообщнику Герра. Подняв мятеж, Гомес и его приспешники повернули назад и в марте 1521 года достигли Севильи, где он сам и Мескита были брошены в тюрьму. Однако Гомесу удалось не только вскоре выйти из заключения, но и получить королевское поручение найти другой пролив через новый континент. Мескиту освободили только через два года, когда он смог доказать свою невиновность в мятеже и затем вернуться в Португалию по приглашению короля Дона Мануэля.
Продолжая путь дальше по проливу, Магеллан и его спутники увидели далекие огни ночных костров обитателей очень большого острова, который по этому случаю и был назван ими Огненной Землей. Продвигаясь вперед, они вскоре достигли мыса, который оказался самой крайней южной оконечностью американского континента — мыса Форвард, где сам пролив поворачивал свое центральное русло на северо-запад среди величественных заснеженных гор с живописными ледниками и водопадами, множества островов и бесконечного числа бухт, заливов и протоков. Весенняя антарктическая пора украшала берега широкими пестрыми коврами ярких цветов и сочного моха. Это были действительно захватывающие дух пейзажи, оживляемые массами незнакомых птиц. Воды кишели косяками знакомых и не виданных ранее путешественниками рыб. Около устья одной из рек, названной Магелланом рекой Сардин, что отражало обилие в ней этой рыбы, он остановился в ожидании двух других каравелл.
За эти четыре дня, как сообщает Пигафетта, «они отправили хорошо снабженную лодку в поисках мыса другого моря и вернулись на третий день и сообщили, что они увидели мыс огромного моря. И генерал-капитан от радости расплакался. Они назвали его мысом Желания, так как столь долго желали его увидеть. И они повернули назад в поисках двух других кораблей, но нашли только "Консепсьон"…» Ее капитан Серрану ничего не мог рассказать о «Сан-Антонио», а его тщательные поиски по водам пролива ничего не дали. Тогда, оставив на трех высоких вершинах флаги с письмами для пропавших и возведя небольшой крест у реки Сардин, Магеллан направил экспедицию к выходу из пролива в другое море.
«Они выплыли из этого пролива, — пишет Антонио Пигафетга, — в Тихое Море 28 ноября 1520 года…» Пролив между Атлантическим океаном и Южным морем, который оказался очень протяженным — длиной свыше 400 миль — и невероятно сложным для навигации, был наконец найден и даже пройден благодаря огромному опыту и силе воли Фердинанда Магеллана — одного из самых великих мореплавателей за всю историю человечества. Этим плаванием была открыта также самая южная часть американского континента. Теперь перед путешественниками лежал еще один океан, о подлинных размерах которого ни они сами и ни кто другой не имели никакого представления. Они скорее готовились к непродолжительному переходу от Нового Света к Островам Пряностей.