Кока и Кесада были быстро посажены на флагмане в кандалы, и дело оставалось за ликвидацией мятежа на «Сан-Антонио». Магеллан отправляет к нему лодку во главе с неутомимым Эспиносой, который по установленному порядку приветствовал его из нее от имени генерал-капитана и, раздавленный еще одним унизительным поражением Картахена заискивающе ответил ему лояльной утвержденной протоколом фразой. Тогда Эспиноса поднялся на борт и арестовал Картахену, находившегося в латах и в полном вооружении. С очень опасным мятежом было покончено ценой всего лишь одного раненного верного Магеллану человека.
На следующий день тело Мендосы было вынесено на берег и, согласно установленному порядку, под официальный клич «Предатель!» было подвергнуто четвертованию. Вслед за этим был проведен военно-полевой суд, который признал казненного Мендосу, Картахену, Коку, Элькано, Кесаду и слугу последнего Молину виновными в измене и приговорил их к смертному наказанию. Кесада был казнен его собственным слугой Молиной, за что тому была сохранена жизнь. Магеллан помиловал всех остальных приговоренных, заменив им смертную казнь на каторжные работы в течение всего зимнего пребывания в Сан-Хулиане, когда они, соединенные длинными цепями в одну команду, пилили дрова и откачивали воду на судах. Генерал-капитан снова пощадил от наказания Картахену, который, однако, и на этот раз не оправдал его доверия, опять занявшись вместе с одним из капелланов подстрекательством людей к мятежу. После очередного военно-полевого суда Картахена и его сообщник в рясе были признаны виновными в преступном деянии и приговорены к оставлению на береге.
Других мятежей в присутствии Магеллана на протяжении всей остальной части этой очень длительной и невероятно трудной экспедиции больше не возникало. Генерал-капитан проявил себя жестким, но справедливым руководителем и пользовался заслуженным авторитетом прежде всего у рядового состава как за эти качества, так и за его высочайшие знания навигации. Именно эти люди составляли ту основную опору, которая помогала ему бороться с мятежными капитанами его флотилии. Зная, что экипажи нельзя оставлять без дела, чтобы избежать их разложения в праздности на берегу, он все время занимал их ведением охоты и рыбной ловли, приготовлением одежды и продуктов из шкур и мяса местных животных, починкой корпусов судов и ремонтом их оснастки или разного рода полезными для всех другими делами.
Во время этой длительной стоянки в Сан-Хулиане Магеллан дал разрешение неутомимому и инициативному капитану Серрану в ответ на его просьбу отправиться на поиски провианта на юг и одновременно провести обследование побережья в поисках пролива на каравелле «Сантьяго». В ходе этой экспедиции 3 мая 1520 года во время неожиданно поднявшегося шторма «Сантьяго», стоявший на рейде недалеко от южного берега реки, названной Магелланом потом Санта-Крус, потерял якоря из-за порвавшихся от сильного ветра кабелей и был вынесен на прибрежную песчаную косу. Но через несколько дней потоки воды вынесли его снова в море, но он опять попал на мель, и на этот раз освободить его оказалось невозможно. Однако его груз несколько позже спасти все-таки удалось. После первой аварии два члена экипажа вызвались отправиться в Сан-Хулиан за помощью. Им пришлось использовать часть досок каравеллы для строительства лодки, без которой они не могли пересечь находившуюся на их пути реку, а затем по заснеженной пампе в течение 11 труднейших дней преодолевать пешком свыше 60 миль почти без еды и без какого-либо укрытия. Магеллан немедленно направил потерпевшим помощь, и после целого месяца страданий все люди были благополучно спасены. После этого инцидента в экспедиции осталось уже четыре судна.
В сентябре, когда приближалась местная весна, глава экспедиции принимает решение покинуть унылый Сан-Хулиан и дождаться потепления в районе реки Санта-Крус, куда его каравеллы прибыли 14 числа. После некоторого времени пребывания в этом новом месте ряд офицеров поставили перед Магелланом вопрос о прекращении поисков пролива и изменении маршрута к Островам Пряностей вокруг мыса Доброй Надежды. Генерал-капитан решительно отклонил это предложение, но пообещал вернуться к нему, если поиски дальше на юге континента пролива не обнаружат. Такой ответ не понравился ряду офицеров, а один из них — лоцман на «Сан-Антонио» Эстебан Гомес — пытался организовать новый мятеж, но не получил нужной поддержки у своих коллег. Погода постепенно теплела, и 17 октября Магеллан вывел свои четыре каравеллы из устья реки Санта-Крус, взяв курс вдоль побережья к новым южным широтам.