Его отец и дядя имели авантюристические наклонности, много путешествовали по суше и по морю, увлекались навигацией и паломничеством. Воспитание его самого, а также второго брата и двух сестер лежало в основном на плечах матери Альда де Мескита. Фердинанд лишился родителей, когда ему было всего 10–12 лет, и его двоюродные родственники определили мальчика в пажи к королеве Леоноре, жене короля Жоау Второго. После смерти Жоау Фердинанд был взят на службу к сменившему его Дону Мануэлю Первому. Уже в юношеском возрасте Магеллан проявлял большое честолюбие, целеустремленность и необычную твердость характера, что привлекло внимание монарха, который в силу этих качеств позволил ему отправиться в составе отряда Франсиску де Алмейда, назначенного первым португальским вице-королем в Индию.
Губернатор Алмейда относился к той редкой категории европейских правителей, которые были деловыми и честными исполнителями воли своих монархов и которых нельзя было упрекнуть в алчности и надменном обращении с подчиненными. Возглавляемая им флотилия из 20 парусников вышла из Лиссабона 25 марта 1505 года и через примерно три месяца плавания достигла города Килва на восточном берегу Африки, где Алмейда заложил новый форт, а затем прошел до Момбасы. Захватав этот стратегически очень важный порт на пути в Индию, он оставил там вооруженный отряд и отправился в Гоа, ставшей колонией Португалии на последующие 450 лет. Этот деятельный вице-король стрелялся закрепить португальское присутствие в регионе Индийского океана путем создания как можно более широкой сети торговых факторий по его побережью и завязывания дружественных отношений с местными правителями.
Однако само присутствие португальцев в этих землях и проводимая Алмейдой политика вызвали резкое недовольство со стороны уже давно обосновавшихся там арабов, что приводило к многочисленным морским и сухопутным сражениям как непосредственно с ними, так и с их местными союзниками. Большинство таких сражений заканчивались более успешно для европейцев, которые планомерно и настойчиво распространяли свое влияние в этих богатых краях. Магеллан, проявивший свои высокие боевые качества в целом ряде военных столкновений, был ранен в одном из них в ногу, что вызывало затем в его походке легкое прихрамывание.
В 1508 году в жизни Магеллана начинается новая глава в его более близком ознакомлении со странами восточной части Индийского океана Именно тогда он вместе со своим самым близким другом Франсиску Серрану отправляется из Кохина на берегу Малабара в составе небольшого отряда из четырех каравелл в Малакку, которая контролировала навигацию в одноименном проливе. Там ему однажды удалось предотвратить разгром этой небольшой флотилии, когда он, узнав о готовившемся малайцами заговоре против португальцев, сумел вовремя предупредить об этом основную часть экипажей, находившихся в тот момент на берегу, и тем самым спас их от неминуемой угрозы. За время нахождения в этих краях Магеллан накапливает большой опыт военачальника и морехода, совершенствует свои навигационные и географические знания, обогащается сведениями о все еще таинственных и богатых специями Островах Пряностей индонезийского архипелага.
Летом 1511 года новый губернатор Алфонсо де Албукерке посылает группу парусников во главе с Антонио Абреу на завоевание столь стратегически важной Малакки, Магеллан принимает участие в этой экспедиции и в осаде Малакки, которая сдалась португальцам через полтора месяца. Заняв таким образом твердую опору неподалеку от заветных островов, Албукерке, не теряя времени, снаряжает на разведку к ним небольшой отряд из трех каравелл под командованием того же Абреу, а капитанами двух других стали друзья Магеллан и Серрану. В конце 1511 года они успешно достигают Амбона и Банды — двух островов с невероятным обилием очень дорогого в Европе мускатного ореха. Полностью загрузив каравеллы этим богатством, португальцы отправились в обратный путь в Малакку. Но отставшее судно Серрану в дороге наткнулось на рифы и было совершенно разбито. Однако находчивому другу Магеллана удалось хитростью овладеть искавшим его пиратским судном и не только восстановить свой драгоценный груз на Амбоне, но и обогатить его новыми специями на одном из самых богатых пряностями островов — Тернате. Распорядившись своим потрясающим приобретением как настоящий негоциант, отправив его в Лиссабон, сам Серрану остался на полюбившемся ему Тернате в качестве неофициального представителя Португалии. Оттуда он успешно вел свои коммерческие дела и писал восторженные письма Магеллану о невероятных богатствах окружавших его островов в гвоздике, корице и мускатном орехе, а также об их экзотических красотах, великолепном климате и беззаботной жизни их приветливых обитателей. Экспедиция капитанов Абреу, Серрану и Магеллана положила начало эпохе процветания Португалии за счет обогатившей ее торговли дорогими в Европе специями с далеких восточных островов.