Состав экипажей в своем большинстве был испанский, но в нем было немало португальцев, которых набрали в последнюю очередь из-за трудностей с нахождением испанцев, а также генуэзцы, сицилийцы, французы, немцы, фламандцы, один англичанин и несколько африканских негров. Магеллана сопровождал его раб-мулат из Малакки, уже ставший христианином под именем Энрике. Самым важным иностранцем среди членов экспедиции был Антонио Пигафетта из Виченцы в Ломбардии, который вступил на борт флагмана в качестве аристократа-добровольца, влекомый, по его собственным словам, желанием приобрести опыт и славу. Пигафетта прибыл в Испанию в свите папского посла при дворе Карла Пятого, где быстро подружился со своим итальянским коллегой по работе Петером Мартиром Дангиерой, служившим при дворе императора, занимаясь среди прочего описанием историй открытий в Новом Свете. Именно от него Антонио узнал о готовившейся экспедиции Магеллана и, заручившись разрешением Карла и своего посла, стал ее участником. Именно благодаря в первую очередь неутомимым наблюдениям и записям этого итальянского дипломата мир знает довольно подробно об этом невероятном героическом и страшно трудном путешествии.
Через шесть дней после выхода из Испании флотилия Магеллана прибыла в Тенерифе на Канарских островах, где пробыла почти неделю, пополняя запасы воды, продовольствия и других необходимых вещей перед длинным переходом через Атлантику. Накануне отправления к берегам Бразилии генерал-капитан получил сразу два очень неприятных сообщения. Одно из них было от его тестя Диогу Барбозы и было доставлено с вновь прибывшей из Испании каравеллой. В нем Барбоза предупреждал Магеллана о том, что три испанских капитана его каравелл — Картахена, Мендоса и Кесада — собирались его убить и взять экспедицию в свои руки. Как отмечал в своем дневнике Пигафетта, эти люди ненавидели его только потому, что он был португалец. В своем ответе тестю Магеллан благодарил его за предупреждение, но при этом заверил, что он выполнит свой долг, чего бы это ему не стоило. Второе сообщение было передано Магеллану поставщиком соленой трески, которая была закуплена для пополнения запасов провианта. Оно заключалось в том, что король Португалии направил в Атлантику две флотилии для перехвата экспедиции на пути к берегам Бразилии. Первое предупреждение заставило Магеллана, который переживал необоснованную враждебность своих трех капитанов, повысить бдительность по отношению к их поведению, а второе потребовало изменить маршрут дальнейшего пути на более южный курс перехода через океан, хотя это вызвало потерю времени и скорости, так как каравеллам пришлось оказаться и в сильных штормах, и в длительных штилях.
В первые же дни нахождения в полосе штилей Магеллан пригласил капитанов каравелл на совещание по поводу одного серьезного проступка квартирмейстера эскадры. При завершении встречи, надеясь спровоцировать резкую реакцию Магеллана, что стало бы предлогом для его убийства, капитан «Сан-Антонио» Картахена обвинил главу экспедиции в некомпетентности командования, якобы приведшей суда к пустой трате времени в невыносимой жаре тропиков без какого-либо продвижения вперед. Зная, что трое из четырех присутствующих капитанов готовили против него заговор с целью убийства, Магеллан подготовился к такому повороту дела и в ответ на резкую выходку своего подчиненного сохранил спокойствие. Выдержка генерал-капитана лишь подтолкнула Картахену, который принял ее за проявление слабости, к еще большей дерзости. Теперь он закричал на Магеллана, утверждая, что больше не будет подчиняться его приказам. Тогда Магеллан подал условленный знак своим верным людям, и в его кабину тут же ворвались хорошо вооруженные и с обнаженными мечами альгвасил «Тринидада» Гонсало Эспиноса, Дуарте Барбоза и Кристобаль Ребело. Когда они оказались рядом, Магеллан схватил Картахену за воротник рубашки и от имени короля в гневе объявил его мятежником и своим пленником. Перепуганный Картахена истошным воплем воззвал к своим сообщникам, как было условлено, вонзить кинжалы в их противника и тем самым объявил наличие их заговора. Но перед лицом новой ситуации Кесада и Мендоса не осмелились даже двинуться с места. Вслед за этим Эспиноса вытолкнул Картахену на главную палубу и посадил его в колодки, уготовленные как наказание для обычных матросов. Мендоса и Кесада, отказавшиеся исполнить заговор, теперь стали просить Магеллана смягчить наказание их сообщнику. Генерал-капитан согласился и отпустил Картахену на поруки Мендосы на борту «Виктории», а вместо него объявил о назначении капитаном «Сан-Антонио» Антонио де Коку. Так Магеллану удалось ликвидировать первый заговор своих противников.