Израиль теперь был полноправным государством и признанной частью политического ландшафта Ханаана. Египту предстояло искать новые методы отношений с «мятежниками-хабиру» из страны холмов. Теперь они стали нацией под управлением могущественного монарха и полководца. За два десятилетия царство Израиль, выросшее из политического хаоса, стало наиболее мощным соседом Египта.
В Иерусалиме дворцовые интриги, характерные для израильского правления, продолжали подтачивать молодую монархию. Принц Амнон (старший сын Давида от Ахиноамы из Изрееля) изнасиловал прекрасную Фамарь (дочь Давида от Маахи, принцессы Гессура). Авессалом, брат Фамари (третий по старшинству сын царя), убил Амнона в отместку за бесчестье своей сестры и бежал из Иерусалима. Авессалом был изгнан в дом своего деда по материнской стороне в Гессуре. Потом ему разрешили вернуться в Иерусалим, но он встретился со своим отцом лишь спустя два года. Наконец, в 988 г. до н. э. (24-й год правления Давида) царь помирился со своим сыном… но Авессалом уже строил заговор с целью свержения своего отца и захвата Израильского царства. Он отбыл в старую столицу Давида в Хевроне, где стал собирать союзников. Четыре года спустя, переманив на свою сторону многих племенных вождей, Авессалом был готов нанести удар. В 985 г. до н. э. он объявил себя царем Хеврона и пошел на Иерусалим. Давид, осознавший, что все племена центральной страны холмов настроены против него, оставил собственную столицу и бежал через Иордан в старый дворец Иевосфея в Маханаиме в сопровождении своих самых преданных войск, состоявших главным образом из иностранных солдат, включая хурритов из Гефа, хеттов, критян и даже филифеев (бывших филистимлян). Тем временем Авессалом и другие мятежники вошли в Иерусалим, не встретив сопротивления.
Укрывшись за Иорданом, Давид призвал к оружию племена Гада и Манассии. Они оставались преданными царю, поскольку он спас их от аммонитян и арамейского угнетения. Развязка гражданской войны наступила в 984 г. до н. э., когда Авессалом с остальными израильскими племенами вошел в Трансиорданию, чтобы сокрушить последний очаг сопротивления самозваному царю Хеврона. Обе стороны встретились в «лесу Ефремовом», и снова началась ужасная резня. 20 000 израильтян полегли под деревьями, но закаленные войска Давида одержали очередную великую победу. До царя в Маханаиме дошла весть, что его сын Авессалом был убит при попытке к бегству. Давид оплакивал потерю сына в течение нескольких недель, а затем вернулся в Иерусалим. Понадобился еще целый год, прежде чем вожди племен изъявили готовность снова признать Давида своим царем, и в Израиле восстановился непрочный мир.
В следующем году (982 г. до н. э.) бубонная чума, разразившаяся в городах на низменной равнине и опустошившая царские семьи египтян и хеттов, наконец проникла на возвышенности. За три года опустошительного бедствия погибло до 70 000 израильтян и хабиру. Давид воззвал к Яхве, прося его об избавлении от эпидемии. В качестве акта примирения после мятежа Авессалома и для того, чтобы подчеркнуть потребность в стабильности в разноплеменном государстве, царь предпринял первый практический шаг к основанию государственного храма в столице Израиля. Если в государстве действительно наступил мир и внимание переключилось с военных дел на почитание национального божества и спасителя Израиля, то ужасное проклятие должно быть снято с земли.
Давид приобрел гумно, принадлежавшее старому иевуссейскому правителю Иерусалима Абди-Хебе. Мудро признав Давида своим сувереном после захвата Иерусалима в 1005 г. до н. э., арвана (правитель) иевусеев продолжал жить в своем поместье за пределами города и обрабатывать землю. Гумно Абди-Хебы было расположено на плоском участке обнаженного известняка на вершине горы Мориа к северу от «града Давидова». Прямо к югу от гумна в высочайшей точке горы находился скальный выступ, где Авраам собирался принести в жертву Яхве своего сына Исаака. Это место обладало для израильтян огромной святостью. Давид приобрел гумно за пятьдесят сиклей серебра и воздвиг алтарь Яхве на том месте, где впоследствии был построен храм Соломона. Чума постепенно прекратилась, и мир мало-помалу стал возвращаться в сердца Детей Яхве.
Период относительного затишья продолжался менее десяти лет, так как Давид состарился и встал неизбежный вопрос о престолонаследовании. Этот период был отмечен серией стычек с филистимлянами, старинными врагами Израиля, в холмах Сепела, граничивших с равниной, но Давид доверил все разбирательства своим опытным военачальникам. Теперь, когда ему было уже за семьдесят, настало время подготовиться к встрече со своим богом и обеспечить передачу царского престола в надежные руки.