Впоравшись з Ужгородом, Рим взявся за Мукачево. Трансільванське князівство давно стояло на заваді завойовницьким планам Австрії, не кажучи вже про те, що Семигородщина була кріпостю протестантства у Східній Європі. До того часу, поки на семигородському престолі сиділи протестанти, угорський католицизм, а разом з ним і німецька влада Габсбургів трималися тут на тоненькій ниточці, яку раз у раз обривали підтримувані Семигородщиною повстання. Мечем не можна було нічого зробити хоч би тому, що за спиною семигород- ського князя стояла могутня ще тоді Туреччина. Тим-то Ватікан і тут вдається до хитрощів. В результаті довгих зусиль єзуїтським зрадникам вдається одружити трансільванського князя Юрія II на католичці Софії Баторій. Після досить несподіваної смерті Юрія II Софія запрошує єзуїтів і з їх допомогою покатоличує свого сина, наслідника престолу. З огляду на його неповноліття, вся влада над Семигородщиною та її провінціями переходить в руки Софії Баторій. Для православних Мукачівської єпархії пробила чорна година.
На вимогу єзуїтів, княгиня вигнала православного єпископа Зейкана, а на його місце призначила запроданця Розтопчинського. Таким чином, троянський кінь унії потрапив також і в мури Мукачева.
Правда, радість єзуїтів та їх уніатських прихвосників недовго тривала. Коли закарпатці почули про повстання словаків проти німецько-католицьких гнобителів, вони й собі піднялися на боротьбу. Мукачівський монастир повернувся в руки православних. Разом з католицькими феодалами втекли під опікунські крила Габсбургів і уніатські ренегати.
В 1685 році турки під командуванням Кара Мустафи облягають Відень. Здавалося, настав кінець пануванню папи та Габсбургів. Смертельно наляканий Ватікан мобілізує всю свою агентуру, він закликає всі католицькі держави поспішати на допомогу Габсбургам. Єзуїтам вдається умовити також наляканого могутністю Туреччини польського короля Яна III Собєського, і той з великим військом іде на виручку Габсбургові. Турки зазнають нищівної поразки. Німецькі війська вдираються до Угорщини й чинять криваву розправу з некатолика- ми. В місті Еперієс імператор Леопольд винищує майже всіх його жителів, там же він карає на смерть всю протестантську верхівку. Прагнення мадярського народу до визволення від німецько-римського ярма були потоплені в крові.