Разногласие нахи ученых (Сергеевич против Ключевского) по вопросу о том, была ли боярская дума «учреждением» в том строгом значении, какое это понятие получило в юридически-оформленном, бюрократическом строе управления, имеет свой глубокий смысл, как имело его и парадоксальное утверждение Сергеевича, будто указание в царском Судебнике нормального порядка издания новых узаконений по всех бояр приговору было попыткой законом ограничить царское самодержавие. Самодержавная власть стремилась превратить думу в высшее «приказное» учреждение, личный состав которого и вся деятельность целиком зависели бы от ее воли. При сохранении за боярской думой, в силу окрепших местнических традиций, аристократического характера, а за боярской средой самостоятельного общественно-политического влияния, это учреждение плохо укладывалось в рамки хоть и высшего, но исполнительного и совещательного органа приказного управления. Только разгром боярских традиций и боярской силы в суровые годы Грозного и в смутное время осуществил перерождение старой боярской думы в учреждение, которое стало и политически, и социально бесцветным орудием царской власти. Собрание «бояр всех» теряет в XVII веке реальное значение, вырождаясь в церемониальный момент торжественных выступлений царской власти. Подлинная государственная работа сосредотачивается либо в заседании ближних, комнатных бояр государева «верха», либо в деятельности отдельных боярских комиссий и административных заседаний «расправной палаты», как органов приказного дела. Такое перерождение боярской думы стало возможным и неизбежным при окончательном торжестве приказно-бюрократического строя всего управления в Московском государстве.