При сносе монастыря в конце 1929 года стараниями комиссии реставраторов во главе с В. К. Клейном и Н. Н. Померанцевым прах великих княгинь, цариц и царевен был перенесен в старинное подземелье у Архангельского собора. Покойных, как выяснилось при вскрытии гробниц, хоронили в льняных рубахах и шелковых саванах, в которые тело плотно пеленали и крест-накрест связывали шнуром. По кремлевскому преданию, тело третьей жены Ивана Грозного, Марфы Собакиной, оказалось нетронуто временем, и пораженные ученые и рабочие увидели как будто спящую красавицу XVI столетия. Специалисты будто бы даже предположили, что это косвенно подтверждает предание об отравлении царицы: яд мог оказать воздействие консерванта. Но как только воздух проник в открытый гроб, тело царицы рассыпалось. Правда, в подробном «Дневнике вскрытия захоронений бывшего Вознесенского монастыря в Московском Кремле», который вели члены специальной комиссии кремлевских музеев в августе-сентябре 1929 года (опубликован Т. Д. Пановой), ничего подобного не отмечено.
На новом месте гробницы (часть — с расколотыми крышками) простояли до конца XX века. Как писали СМИ, в конце 1980-х годов некие заграничные потомки великокняжеского рода обращались в кремлевские музеи с предложением принять деньги на перезахоронение их предков. Но им объяснили, что даже не зарытый прах считается захороненным, если лежит на земле, освященной храмом.
В 1990-е годы началось систематическое научное обследование и изучение останков Вознесенского некрополя. Оно сопровождается попытками научной реконструкции облика захороненных в бывшей великокняжеской и царской усыпальнице — Софьи Палеолог, Елены Глинской. Эксперты-криминалисты обнаружили следы ядов в останках Елены Васильевны, второй жены великого князя Василия III, и Анастасии Романовны, первой жены Ивана Грозного. Отдельные образцы тканей, одежда, сосуды, предметы из захоронений Вознесенского некрополя экспонируются в Оружейной палате и кремлевских музеях.
На рубеже веков в кремлевских музеях был даже разработан проект музеефикации великокняжеской усыпальницы. Сейчас, правда, речь идет уже лишь о приведении ее в порядок и возможности совершать заупокойные литии над прахом цариц. Вероятно, поначалу музейные работники проявили чрезмерный энтузиазм — ведь перед ними все же были захоронения цариц, а не черепки из археологического раскопа. «Программа исследования погребений» начиналась с оптимистических заявлений: «сложилась уникальнейшая ситуация — погребения доступны для комплексного изучения останков и погребального инвентаря. Ни одна страна Европы сегодня не располагает подобной возможностью в деле исследования останков представителей правивших когда-то династий средневекового периода».
Может быть, ни в одной стране Европы просто никому не приходит в голову взрывать усыпальницу ее покойных правителей, перетаскивать их прах с места на место, а еще через восемьдесят лет превращать их гробницы в источник для пополнения музейных коллекций и сочинения научных трудов?
Вознесенский монастырь видел в своих стенах многих знаменитых женщин русской истории. Великая княгиня Мария Ярославовна, вдова Василия Темного, постриглась в обители после его смерти, но и называясь «инокой Марфой», сохраняла влияние на московскую политику, выступая посредницей в переговорах между Иваном III и его мятежными братьями Андреем Большим Углицким и Борисом Волоцким.
Несколько дней жила в обители перед свадьбой с Лжедмитрием I Марина Мнишек. Это было соблюдением древней московской традиции: царская невеста до вступления в брак проводила некоторое время в Вознесенском монастыре. 14 ноября 1472 года византийская царевна Софья Палеолог, только что прибыв в Москву, меняла дорожные одежды на подвенечные перед свадьбой с великим князем Иваном III. А в 1488 году дочь молдавского государя Елена Стефановна, невеста сына Ивана III Ивана Ивановича, жила в Вознесенском монастыре у матери государевой, Великой инокини Марии Ярославовны.
В Вознесенском монастыре Лжедмитрий обустроил хоромы и для своей мнимой матери, царицы Марфы (Марии) Нагой. «Молодой царь, — замечает голландский торговый резидент в Москве 1601–1609 годов Исаак Масса, — ежедневно приезжал к ней как к своей матери и навещал вместе с тем молодых монахинь, живших с ней».