В то самое время, как собор занимался делом Башкина и Артемия, неожиданно возникло другое дело, которым собор также должен был заняться, не оставляя и первого. В числе свидетелей, обличавших на соборе еретиков, находился дьяк Иван Михайлович Висковатый. В одно из соборных заседаний, когда царь завёл речь с митрополитом об иконописании, вдруг возвысил свой голос Висковатый и сказал: «Не следует изображать на иконах невидимого Бога и бесплотных сил, как ныне видим на иконе «Верую во единого Бога». Да как же писать? — спросил митрополит. «Писать бы на той иконе, — отвечал Висковатый, — сначала одни слова: Верую во единого Бога, Отца, Вседержителя Творца, небу и земли, видимым же всем и невидимым, а затем уже со слов: «И во единого Господа Иисуса Христа — до конца символа писать и изображать иконным письмом, по плотскому смотрению». Тогда митрополит сказал: «Ты мудрствуешь о св. иконах не гораздо: живописцы не описуют невидимого Бога, а изображают Его по видению пророческому и по древним образцам», и присовокупил: «Ты стал на еретиков, — смотри, не попадись и сам в еретики. Знал бы ты свои дела, которые на тебе положены». Это происходило 25 октября 1553 года. В следующем месяце Висковатый явился к митрополиту и подал ему подробное изложение своих мнений и недоумений о св. иконах и просил рассмотреть дело на соборе. Здесь надобно пояснить, что послужило поводом к недоумениям Висковатого. После страшных московских пожаров 1547 года, когда в Кремле погорели все церкви и в них иконы, вызваны были из Новгорода, Пскова и других городов иконописцы написать новые иконы для церквей и расписать царские палаты. На многих из этих икон, по указанию Сильвестра, изображены были события из священной истории: сотворение мира и человека, явление Пресвятой Троицы в виде трёх ангелов Аврааму, видение Ветхого деньми (Господа Саваофа) пророком Даниилом, страсти Христовы и прочее, также представлены были в лицах и образно содержание всего символа веры, содержание некоторых песен церковных, каковы: «Хвалите Господа с небес», «Достойно есть», «Единородный Сыне», «Во гробе плотски» и другие, а царские палаты расписаны были по стенам разными символическими изображениями. Так как некоторые из новых икон, особенно в придворной Благовещенской церкви, не похожи были на те, какие прежде в ней были и к которым все привыкли; так как одного из священников этой церкви — Сильвестра, по распоряжению которого и писаны новые иконы, Висковатый подозревал в единомыслии с Артемием, а другого священника — Симеона — признавал духовником Башкина, то и пришёл к мысли, не приведены ли в новых иконах под видимыми образами еретические мудрования. Увлёкшись такою мыслью, Висковатый начал критиковать новые иконы, порицал их вслух всего народа, к соблазну православных, и наконец изложил свои сомнения на бумаге и представил «список своея руки» митрополиту. По приказанию государя список Висковатого рассмотрен был на соборе. В продолжение двух соборных заседаний Висковатый читал этот список сам, а митрополит давал ему свои ответы.
Особенно соблазнялся Висковатый тем, что на новых иконах, представлявших сотворение мира и Адама, Сын Божий изображён в виде ангела с крылами: не скрывается ли тут, — думал Висковатый, — еретическая мысль единомышленников Башкина, будто Сын неравен Отцу и относится к числу служебных духов? Митрополит отвечал, что тут нет ничего еретического, что живописцы изображают так Сына Божия по пророчеству о Нём Исайи: велика совета Ангел, Бог крепок и изображают по древним образцам.
По обсуждении всего списка дьяка Висковатого, собор сначала отлучил было его от церкви — не столько за его сомнения и своевольные мудрования о св. иконах, сколько за то, что он разглашал свои мудрования посреди многих людей, на соблазн православным, и возмущал народ, а не обратился со своими недоумениями прямо к правителям церкви. Но чрез две недели, когда отлучённый подал собору своё «покаяние», в котором подробно сознавался в своих заблуждениях и просил прощения, собор возложил на него только трёхлетнюю эпитемию: один год он должен был стоять за церковными дверьми и исповедывать свои согрешения всем входящим в церковь; другой год — стоять в церкви, но только для слушания слова Божия (до литургии верных); третий — стоять в церкви с верными, но без причастия св. тайн, и уже по истечении трёх лет имел быть удостоен св. причастия. А чтобы на будущее время предостеречь Висковатого от подобных увлечений, собор напомнил ему 64-е правило шестого вселенского собора, которое гласит: «Не подобает мирянину пред народом произносити слово или учити и тако брати на себя учительское достоинство, но повиноватися преданному от Господа чину, отверзати ухо приявшим благодать учительского слова и от них поучатися божественному».