Тот же Нектарий обличал Артемия во многих богохульных и еретических речах; но Артемий называл всё это клеветою, и три старца-пустынника, на которых сослался Нектарий, как на слышавших те богохульные речи, действительно не подтвердили его слов и сказали, что «про Артемия хулы на божественное писание и христианский закон не слыхали ничего».
Третий свидетель, бывший игумен Троицкого Сергиева монастыря, Иона, писал на Артемия, что он говорил хулу о крестном знамении: «Нет-де в том ничего; прежде-де сего на челе своём знамение клали, а ныне, своим произволением, большие кресты на себе кладут; да и на соборе-де о том крестном знамении слово было, да не доспели ничего». Артемий отвечал, что про крестное знамение Ионе не говаривал, а про собор говорил, и именно про собор нынешний. И это поставлено Артемию в вину.
Четвёртый свидетель, келарь Троицкого Сергиева монастыря Адриан Ангелов, показал пред собором: «Говорил Артемий в Корнильеве монастыре, в келье игумена Лаврентия, что нет пользы петь панихиды и обедни по умершим, — тем они муки не избудут». Артемий отвечал: «Я говорил про тех, которые жили растленным житием и грабили людей, что когда начнут петь по них панихиды и обедни, то нет им пользы, и чрез то им муки не избыть». Собор обвинил Артемия за то, что он отнимает у грешников надежду спасения.
Затем старец Троицкого Сергиева монастыря Игнатий Курачов показал: «Я слышал от Артемия про канон Иисусов: таки Иисусе, таки Иисусе, а про акафист: радуйся да радуйся». На это Артемий дал такое объяснение: «Говорят в каноне: Иисусе сладкий, а как услышат слово Иисусово, что надобно исполнять Его заповеди, то в горесть прелагаются. Говорят в акафисте: радуйся да радуйся Чистая, а сами о чистоте не радят. Значит, только по обычаю говорят, а не по истине». Собор назвал такое объяснение «развратным и хульным».
Наконец обвинителем против Артемия выступил кирилло-белозерский игумен Симеон, который ещё до собора писал царю: «Как пришло повеление быть Артемию в Москве, он находился в нашей обители, и когда я сказал ему, что Матфея Башкина поймали в ереси, он, Артемий, молвил: не ведают того, что ересь. Сожгли Курицына да Рукаваго и нынче сами не знают, за что их сожгли». Артемий сначала утверждал, что не говорил про новгородских еретиков, но потом сказал: «Не упомню, так ли я говорил про новгородских еретиков, — я новгородских еретиков не помню и сам не знаю, за что их сожгли. Может быть, я сказал, что я не знаю, за что их сожгли и кто их судил, но не говорил, что они (то есть судившие) того не знают: я сказал только про себя».
Собор определил: чтобы Артемий не мог своим учением и писаниями вредить другим, живя, где захочет, сослать его в Соловецкую обитель; там поместить его в самой уединённой келье, лишить его всякой возможности переписываться или иначе сноситься с кем бы то ни было, даже с иноками, чтобы он не соблазнил кого-либо из них, и поручить наблюдение за ним только духовнику и игумену. В этом заключении оставаться Артемию до тех пор, пока он совершенно не покается и не обратится от своего нечестия. Если он истинно покается, и игумен донесёт о том, тогда собор рассудит и примет его в единение с церковью; а если не покается, то держать его в заключении до его кончины и только пред смертью удостоить его св. причастия.
Но Артемий недолго пробыл в Соловках, убежал оттуда и очутился в Литве. Там он ратовал за православие и писал опровержения против еретика Симеона Буднаго[52], отвергавшего Божество Иисуса Христа. Это оправдывает отзыв об нем князя Курбского, называющего Артемия «мудрым и честным мужем», жертвою лукавства злых и любостяжательных монахов, оклеветавших его из зависти за то, что царь любил его и слушал его советы.