В великий пост 1553 года к священнику придворного Благовещенского собора в Москве Симеону пришёл боярский сын Матвей Семёнович Башкин и умолял принять его на исповедь, а на исповеди говорил: «Ваше дело великое. Волыни сея любве никто же имать, как написано, да кто душу свою положит за други своя; а вы полагаете за нас души свои и бдите о душах наших». После того Башкин приезжал к Симеону на подворье да читал беседы Евангельские и, между прочим, говорил: «Ради Бога пользуй меня духовно; надобно не только читать написанное в беседах тех, а и совершать на деле. А всё начало от вас: прежде вам, священникам, следует показать начало собою и нас научить; да тут же в Евангелии и написано: «Научитесь от Мене, яко кроток есмь и смирен сердцем». А кому нужно быть кротким и смиренным? То всё на вас лежит — прежде вам должно творить да и нас учить». Чрез какое-то время Башкин прислал за Симеоном своего человека, и, когда Симеон приехал к Башкину, тот начал говорить: «В Апостоле написано, что весь закон заключается в словах «возлюбише искренняго своего, яко сам себе»; а мы Христовых же рабов у себя держим. Христос называет всех братиею, а у нас на них кабалы нарядные, на иных — полные, а иные беглых держат. Я благодарю Бога моего, что было у меня кабал полных, всё изодрал и держу у себя людей добровольно: кому хорошо у меня, тот живёт; а кому нехорошо, идёт себе, куда хочет. А вам, отцам, надобно посещать нас почаще и наставлять, как самим нам жить и как людей у себя держать и не томить их». Все эти речи Башкина, очевидно, не заключали в себе ничего предосудительного. Но, вероятно, он говорил многое и совсем в другом роде, потому что Симеон, когда наступил Петров пост, сказал товарищу своему по собору, известному Сильвестру: «Пришёл ко мне сын духовный необычен и великими клятвами умолил меня принять его на исповедь в великий пост; многие предлагал мне вопросы недоумённые; требует от меня поучения, а в ином и сам меня учит, и я удивился тому и весьма усомнился». Сильвестр отвечал: «Каков-то сын тот будет у тебя, а слава про него носится недобрая». Значит, про Башкина уже знали и толковали в обществе с невыгодной стороны, и Сильвестр слышал о нём от других ещё прежде. Царя не было тогда в Москве: он ездил для богомолья в Кириллов монастырь. Башкин снова пригласил к себе Симеона и показал ему Апостол, который был извощён (закапан воском) во многих местах, предлагал вопросы, а сам толковал «не по существу и развратно. Когда Симеон молвил: «Я сам того не знаю, о чём ты спрашиваешь». — Башкин отвечал: «Ты, пожалуй, спрашивай у Сильвестра — он тебе скажет, и ты пользуй мою душу. Я знаю, что тебе самому некогда ведать того за суетою мирскою: ни днём, ни ночью покою не знаешь». Симеон передал обо всем этом Сильвестру. Скоро возвратился в Москву царь, и Сильвестр вместе с Симеоном рассказали ему всё про Башкина; а протопоп Андрей и Алексей Адашев засвидетельствовали, что и они тоже про Башкина слышали. Государь велел Симеону представить книгу Апостол, извощенную Башкиным. Башкин извощил её всю, и Симеон принёс её к церкви, где и видел книгу царь и все слышали в ней и речь, и мудрование Башкина. Но дело пришлось отложить, потому что царь, получив известие о предполагаемом набеге крымцев на Россию, поспешил в Коломну. Впрочем, отъезжая, царь велел схватить Башкина, посадить его у себя в подклет и поручил его двум иосифовским старцам, Герасиму Ленкову да Филофею Полеву. Башкин не сознавался в ереси и исповедовал себя христианином, но скоро был постигнут гневом Божиим и начал, как свидетельствуют современники, бесноваться и, извесив свой язык, долгое время кричал разными голосами и говорил «непотребная и нестройная». Потом он пришёл в разум и слышал будто бы голос: «Ныне ты исповедуешь меня Богородицею, а врагов моих, своих единомышленников, таишь». Устрашённый этим голосом, Башкин начал каяться пред своим отцом духовным. Известили митрополита, и по его приказанию Башкин «своею рукою исписа и своё еретичество, и свои единомысленники о всём подлинно». Он указал как на своих советников — на Григория и Ивана Борисовых и на других и сознался, что принял своё злое учение от аптекаря Матфея, родом Литвина, да от Андрея Хотеева — латынников, и что заволжские старцы не только «не хулили его злобы», но ещё «утверждали его в том». Сущность еретичества Башкина и его единомысленников, по его показанию, состояла в том, что они: а) хулили Господа Иисуса Христа, исповедуя Его неравным Богу Отцу; б) св. тело Его и кровь в таинстве евхаристии считали простым хлебом и вином; в) Церковью называли только собрание верных, а церкви или храмы вещественные признавали за ничто; г) отвергали вообще св. иконы и называли их идолами; д) отвергали таинство покаяния и говорили: «Как перестанет человек грешить, хотя бы и не покаялся пред священником, ему нет более греха»; е) предания и жития св. отцов называли баснословием; ж) вселенские соборы укоряли в гордости, говоря: «Всё писали они для себя, чтоб им владеть всем — и царским, и святительским». Возвратившись в Москву и узнав, в чём состояла ересь Башкина, государь «содрогнулся душою» и велел схватить единомышленников его и созвать на них собор. Оказалось, что этих единомысленников было весьма много, особенно между заволжскими старцами-пустынниками. Тогда митрополит русский, «за повелением царёвым, повелел оных ругателей везде имати, хотягце истязати их о расколех их, ими ж Церковь возмущали, и где елико аще обретено их, везде имако и провожено до места главного московского, паче же от пустынь Завольских: бо и там прозябоша оная ругания». В Москве единомышленников Башкина размещали по монастырям и подворьям и несколько раз допрашивали на очных ставках с ним ещё до открытия собора.