По отношению к церковному управлению предложено было исправить порядок, схожий с управлением наместников и волостелей в земском деле. Владыка в своей епархии напоминал собою удельного князя. У него был совет из собственных бояр, которые управляли и судили в епархии с докладом владыке. Судьями от владыки были его наместники и десятильники; при них были недельщики и доводчики, как и в земстве. Белое духовенство и монастыри были обложены множеством разнообразных пошлин[39], от которых некоторые освобождались по благоволению владыки. Владыки раздавали свои земли в поместья детям боярским: эти земли переходили от владельца к владельцу не по наследству, а по воле архиерея. Дети боярские были обязаны службою владыке, хотя в то же время призывались и на государственную службу. Суд у святителей, соответственно подлежащим этому суду предметам, был двух родов: духовный — в делах, относившихся к области веры и благочестия, как над духовенством, так и над мирскими людьми, и мирской — над лицами, исключительно состоявшими в церковном ведомстве. Собор не решился отменить суда бояр и десятильников, потому что и при великих чудотворцах Пётр, Алексей и Ион были десятильники, но учредил из священников старост и десятских, которые между прочими обязанностями должны были присутствовать на суде десятильников; да кроме того, на этот суд допускались ещё и земские старосты и целовальники вместе с земским дьяком. Всякое дело писалось в двух экземплярах, и одна сторона поверяла другую. Собор обратил внимание и на книги. Издавна переводились книги с греческого языка, отчасти с латинского, переписывались старые сочинения и переводы и продавались. Как переводы, так и переписки исполнялись плохо. Тогда всё письменное без разбора относили к Церкви, и оттого-то книги отречённые и апокрифные считались по невежеству наравне с каноническими книгами священного писания, и нередко приписывалось отцам церкви то, чего те никогда не писали. Это неизбежно вело к заблуждениям. Собор устанавливал род духовной цензуры, поверяя её поповским старостам и десятским. Книгописцы состояли под их надзором. Старосты и десятские имели право посматривать и одобрять переписанные книги и отбирать из продажи неисправленные.
Относительно беспорядков в богадельных избах собор отвечал: да повелит благочестивый царь всех больных и престарелых описать по всем городам, отдельно от здоровых строев, и в каждом городе устроить богадельни мужские и женские, где больных, престарелых и неимущих куда голову подклонить, довольствовать пищею и одеждою, а богомольцы пусть милостыню и всё потребное им приносят, да приставит к ним здоровых строев и баб стряпчих, сколько будет пригоже; священникам добрым, целовальникам или городским людям добрым смотреть, чтоб им насильства и обиды от стряпчих не было; священники должны приходить к ним в богадельни, поучать их страху Божию, чтоб жили в чистоте и покаянии, и совершать все требы.
Одним из важнейших вопросов, поднятых Стоглавым собором, был вопрос о выкупе пленных.