Собрались все до одного святители московской митрополии: новгородский Феодосий, ростовский Никандр, суздальский Трифон, смоленский Гурий, рязанский Кассиан, тверской Акакий, коломенский Феодосий, сарский Савва и пермский Киприан, с честными архимандритами, игуменами, духовными старцами, пустынниками и множеством прочего духовенства. Собравшиеся прежде всего совершили торжественное молебствие в соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы, а потом перешли в царские палаты. Это было 23 февраля 1551 года. Царь сел на своём престоле, и когда водворилось глубокое молчание и взоры всех устремились на державного, он внезапно встал с своего места и со светлым взором и весёлым лицом, приблизившись к святителям, сказал: «Молю вас, святейшие отцы мои, если я обрёл благодать перед вами, утвердите на мне любовь свою, как на присном вашем сыне, и не обленитесь изречь слово единомысленно о православной нашей вере и о благосостоянии святых Божиих церквей, и о нашем благочестивом царстве, и о устроении всего православного христианства. Я весьма желаю и с радостию соглашаюсь быть сослужебным вам поборником веры во славу Св. Животворящей Троицы и в похвалу нашей благочестивой веры и церковных уставов. Почему повелеваю, чтобы отныне удалилось от нас всякое разногласие и утвердилось между нами согласие и единомыслие». Затем царь предложил собору «своея руки писание», которое и было прочитано вслух всех. Здесь Иоанн, именем Тривпостасного Бога, Пресвятой Девы Богородицы и всех святых, особенно отечественных, снова умолял собравшихся пастырей потрудиться для утверждения истинной веры Христовой, для исправления церковного благочиния и царского благозакония, и всякого земского строения. Призывал не только духовных, но и князей, бояр, воинов и вообще православных христиан покаяться вместе с ним и обратиться на путь добродетели, указывая на примеры, древние и современные, страшных казней Божиих за грехи. Со слезами воспоминал о смерти своего отца, своей матери, об умерщвлении своих дядей, о своеволии и злоупотреблениях бояр, правивших царством, о своём сиротстве и отрочестве, проведённом в пренебрежении, без всякого научения и в пороках, о казнях Божиих, постигших Россию за беззакония, и в особенности о великом московском пожаре. «Тогда, — замечает государь, — страх вошёл в мою душу и трепет в мои кости, и смирился дух мой, и я умилился и познал мои согрешения, и прибег к св. церкви, и испросил у вас, святителей, благословения и прощения моих злых дел, а по вашему благословению преподал прощение моих злых дел, а по вашему благословению преподал прощение и моим боярам в их грехах против меня, и начал, по вашему благому совету, устроять и управлять вручённое мне Богом царство».
О чём же происходили совещания Стоглавого собора? Предметы для занятий собора были указаны в вопросах царя и были вообще многочисленны и разнообразны; но круг их ещё расширялся самими отцами собора при их совещаниях. Можно сказать, что круг этот обнимал собою всю обширную область церковной жизни и касался более или менее всех её сторон: и учения, и богослужения с его обрядами, и управления, или святительского суда, и поведения духовенства, белого и монашествующего, особенно устройства монастырей, и поведения мирян, их суеверий, нравов и обычаев. Стоглавый собор имел в виду обновить всю русскую церковь, исправить все недостатки, какие существовали в ней, и указать ей путь для правильного развития.
Царские вопросы, предложенные собору, были собственно не вопросы (за исключением весьма немногих), а указания на разные недостатки в церкви, на которые царь хотел обратить внимание собора и требовал соборного решения. Одни из вопросов кратки, но другие довольно обширны и содержат живые обличения недостатков и беспорядков. Вопросы называются царскими не потому, что они были написаны самим царём, а потому что изложены от имени царя и им предложены собору.
Царь подал святителям следующий список беспорядкам, для прекращения которых требовал их содейстия: