Удовлетворяя царским требованиям, собор постановил о поповских старостах, в Москве: сто священников — или как число вместит — избирают себе исполненного разума духовного рачителя божественному писанию, всякими добродетелями украшенного, он избирает себе десятских, и быть у одного старосты храмам сряду, чтоб священники могли удобнее собираться для совещаний о церковных чинах, духовных делах и о всяком благочестии. Должны устроить в Москве семь соборов и семь старост. Этих избранных старост приводят к митрополиту, который их испытывает и поучает, старосты и священники в соборном храме держат полное собрание божественных правил, с которыми старосты должны постоянно справляться. Относительно церковного благочиния и нравственности духовенства собор постановил, чтоб церковное и алтарное устроение было благообразно, чисто и непорочно: в жертвенник и алтарь отнюдь бы ничего не вносили — ни съестного, ни каких других вещей, кроме икон, крестов, священных сосудов, риз, покровов, свечей, ладана, просвир, масла и вина служебного, также, чтоб престол не был без покрова и царские двери без занавеса. У простой чади в миру дети родятся в сорочках, и был обычай приносить эти сорочки к священникам, которые клали их на престол до шести недель: собор определил — впредь такой нечистоты и мерзости в святые церкви не приносить. Собор постановил, чтоб просвирни были вдовы после одного мужа, не моложе 50-ти лет, в добрых делах свидетельствованные, отнюдь не должны они говорить над просвирами никаких речей; чтоб монахини при мирских церквах не жили в просвирнях. Чтоб звон церковный был по уставу. Чтоб священники уговаривали своих духовных детей чаще ходить в церкви, особенно по воскресеньям и господским праздникам; священники в церквах должны показывать собою пример всякой добродетели, благочестия, трезвости; также на пирах, во всенародном собрании и во всех мирских беседах священникам должно духовно беседовать и божественным писанием поучать на всякие добродетели; а праздных слов, кощунства, сквернословия и смехотворения отнюдь бы сами не делали и детям своим духовным делать запрещали, где же будут гусли, прегудники и потехи хульные, от этих игр священники должны удаляться, уходить домой, а сами на них отнюдь не дерзать; чтоб службы церковные священники отправляли чинно и в ризах. Какие меры употреблялись для исправления церковных служителей, забывавших свои обязанности, это видно из следующего рассказа новгородского летописца под 1572 годом: архиепископ Леонид велел дьяков своих певчих поставить на правёж и велел на них взять по полтине московской, за то, что не ходят в церковь к началу службы.
Относительно иконописания собор постановил: писать живописцам иконы с древних образов, как греческие живописцы писали и как писал Андрей Рублёв и прочие пресловутые живописцы, а от своего замышления ничего не изменять. Архиепископы и епископы по всем городам и весям и по монастырям испытывают мастеров иконных и их письма сами смотрят. Относительно изображений святых во Пскове в 1540 году было любопытное происшествие: к Успеньеву дню старцы, переходцы с иной земли, привезли образ св. Николая и св. Пятницы на рези в храмцах (киотах). Во Пскове таких икон на рези прежде не бывало, и многие невежественные люди поставили это за болванное поклонение: была в людях молва большая и смятение. Простые люди начали священникам говорить, а священники пошли к наместникам и дьякам с собора, что в людях большое смятение. Старцев схватили, а иконы послали к архиепископу в Великий Новгород. Владыка Макарий сам молился пред этими святыми иконами, молебен им соборно пел, честь им воздал, сам проводил до судна и велел псковичам эти иконы у старцев выменять и встречать их соборно.
На жалобу царя, что ученики учатся грамоте небрежно, собор отвечал: «Ставленников святители строго допрашивают: почему мало умеют грамоте?» — и они отвечают: «Мы учимся у своих отцов или у своим мастеров, а больше нам учиться негде». Но отцы их и мастера и сами мало умеют, тогда как прежде в Москве, Великом Новгороде и по иным городам многие училища бывали, грамоте, писать, петь и читать учили, и мы по царскому совету собором уложили: выбирать добрых священников, дьяконов и дьяков женатых, благочестивых, грамоте, читать и писать гораздых, и у них устроить в домах училища: учили б они детей со всяким духовным наказанием, более же всего учеников своих берегли и хранили во всякой чистоте и блюли их от всякого растления. В Новгороде Великом попы, дьяконы, дьяки, пономари и просвирни принимаются к церкви уличанами за большие деньги: на пономаре берут рублей 15, и иногда 20 и 30; и кто даст деньги, с тем идут к владыке всею улицею. А если владыка пришлёт к церкви попа хорошего поведения и грамоте гораздого, но если этот поп больших денег уличанам не даст, то они его не примут.