Другими словами, прямо даёт всем понять, что и впредь откажет в благословении царю и великому князю во имя, разумеется, истины, если царь и великий князь не вернёт свою милость конюшему Фёдорову, уличённому в государственном преступлении, а заодно не отменит опричнины с её новой организацией войска, о чём злорадные заговорщики охотно и своевременно доводят до сведения царя и великого князя. Собственно, умному Иоанну, государю предусмотрительному и терпеливому, никакие доказательства не нужны, чтобы запутавшийся в родственных и внутрицерковных интригах Филипп предстал перед открытым церковным судом. В поместительных сундуках его исполнительных дьяков хранится целый ворох челобитных грамот от многих землепашцев, звероловов и рыбарей, в которых достаточно ярко расписаны злоупотребления и беззакония соловецких приказчиков, руководимых соловецким игуменом. Как свои пять пальцев изучил он и тёмную монастырскую жизнь, которая давно утратила благочестие первоначального христианства и вызывает непримиримое отвращение в его богомольной душе. Вот что он пишет об этой жизни спустя несколько лет в послании Кириллову Белозерскому монастырю:
Что же говорить о Соловецком монастыре, который в течение каких-нибудь двадцати лет расстроился так, как не снилось ни одному из старинных, даже столичных монастырей? Мог ли он так необъятно разбогатеть законным путём, добровольными жертвами, благочестивым трудом смиренных иноков, с соблюдением всех крепких правил заповеданного отцами-основателями монастырского обихода? А если разбогател незаконно, о чём наперебой твердят челобитья, не усердным трудом, а притеснением и прямым грабежом беззащитных сидельцев на монастырской земле, мог ли заповеданный обиход не скатиться до обихода мирского, то есть до паскудства и мерзости обыденной жизни, в которой смиренные иноки обязаны служить светлым примером воздержания и бескорыстия не проникшимся истинной верой, порочным мирянам? А если так, кто же в этом непотребстве виной, как не игумен, поставленный не на послабление, а на твёрдость в исполнении принятых от чудотворцев уставов? Разумеется, всё это было известно Иоанну и прежде, когда он выдвигал Филиппа Колычева на митрополичий престол. При выборе митрополитов он находится в том же безысходном тупике, как и при назначении воевод: ненадёжны, недостойны они в своём подавляющем большинстве, а других не имеется, другие могли народиться только тогда, когда высшая церковная власть отойдёт от мирских государевых дел и займётся исключительно духовным благополучием церкви, которая переживает приблизительно тот же затянувшийся кризис, что и удельное войско, составленное из удельных служилых людей. При таком положении дел у него едва ли остаётся сомнение в том, что Филипп ему не помощник, что, следовательно, с Филиппом необходимо расстаться, причём расстаться законным путём, иначе и с этой стороны дело может закончиться смутой. Всё-таки, может быть, для облегчения совести, может быть, ещё не решив, как именно расстаться с Филиппом законным путём, он отправляет явное следствие по первой весенней воде, небольшое, всего двое духовных лиц, воевода и сопровождение из десятка конных служилых людей, что в своём манускрипте отмечает добросовестный летописец: